uk CTCF

CTCF
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	1X6H, 2CT1
Ідентифікатори
Символи	CTCF, MRD21, CCCTC-binding factor, FAP108, CFAP108
Зовнішні ІД	OMIM: 604167 MGI: 109447 HomoloGene: 4786 GeneCards: CTCF
Пов'язані генетичні захворювання
	autosomal dominant non-syndromic intellectual disability 21, syndromic intellectual disability
Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding; • GO:0001106 transcription corepressor activity; • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity; • zinc ion binding; • зв'язування з іоном металу; • chromatin insulator sequence binding; • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding; • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific; • GO:0001948, GO:0016582 protein binding; • nucleic acid binding; • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific; • sequence-specific DNA binding; • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific; • chromatin binding;
Клітинна компонента	• нуклеоплазма; • хромосома; • ядерце; • центромера; • condensed chromosome; • клітинне ядро;
Біологічний процес	• GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated; • Епігенетичне успадкування; • regulation of centromeric sister chromatid cohesion; • chromosome segregation; • transcription, DNA-templated; • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated; • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated; • protein localization to chromosome, centromeric region; • negative regulation of cell population proliferation; • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization; • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II; • GO:1901313 positive regulation of gene expression; • Метилювання ДНК; • regulation of gene expression by genetic imprinting; • maintenance of DNA methylation; • negative regulation of gene expression; • regulation of histone methylation; • regulation of histone acetylation; • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	Більше даних
Ортологи
	10664
	13018
	ENSG00000102974
	ENSMUSG00000005698
	P49711
	Q61164
	NM_001191022; NM_006565; NM_001363916
	NM_181322; NM_001358924
	NP_001177951; NP_006556; NP_001350845
NP_851839; NP_001345853; NP_001390652; NP_001390653; NP_001390654;
	NP_001390655; NP_001390656; NP_001390657; NP_001390658; NP_001390659; NP_001390660; NP_001390661
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

CTCF (англ. CCCTC-binding factor) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 16-ї хромосоми.^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 727 амінокислот, а молекулярна маса — 82 785^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MEGDAVEAIV	EESETFIKGK	ERKTYQRRRE	GGQEEDACHL	PQNQTDGGEV
VQDVNSSVQM	VMMEQLDPTL	LQMKTEVMEG	TVAPEAEAAV	DDTQIITLQV
VNMEEQPINI	GELQLVQVPV	PVTVPVATTS	VEELQGAYEN	EVSKEGLAES
EPMICHTLPL	PEGFQVVKVG	ANGEVETLEQ	GELPPQEDPS	WQKDPDYQPP
AKKTKKTKKS	KLRYTEEGKD	VDVSVYDFEE	EQQEGLLSEV	NAEKVVGNMK
PPKPTKIKKK	GVKKTFQCEL	CSYTCPRRSN	LDRHMKSHTD	ERPHKCHLCG
RAFRTVTLLR	NHLNTHTGTR	PHKCPDCDMA	FVTSGELVRH	RRYKHTHEKP
FKCSMCDYAS	VEVSKLKRHI	RSHTGERPFQ	CSLCSYASRD	TYKLKRHMRT
HSGEKPYECY	ICHARFTQSG	TMKMHILQKH	TENVAKFHCP	HCDTVIARKS
DLGVHLRKQH	SYIEQGKKCR	YCDAVFHERY	ALIQHQKSHK	NEKRFKCDQC
DYACRQERHM	IMHKRTHTGE	KPYACSHCDK	TFRQKQLLDM	HFKRYHDPNF
VPAAFVCSKC	GKTFTRRNTM	ARHADNCAGP	DGVEGENGGE	TKKSKRGRKR
KMRSKKEDSS	DSENAEPDLD	DNEDEEEPAV	EIEPEPEPQP	VTPAPPPAKK
RRGRPPGRTN	QPKQNQPTAI	IQVEDQNTGA	IENIIVEVKK	EPDAEPAEGE
EEEAQPAATD	APNGDLTPEM	ILSMMDR

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, активаторів, регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, розходження хромосом, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, ДНК. Локалізований у ядрі, хромосомах, центромерах.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
Vostrov A.A., Quitschke W.W. (1997). The zinc finger protein CTCF binds to the APBbeta domain of the amyloid beta-protein precursor promoter. Evidence for a role in transcriptional activation. J. Biol. Chem. 272: 33353—33359. PMID 9407128 doi:10.1074/jbc.272.52.33353
Klenova E.M., Morse H.C. III, Ohlsson R., Lobanenkov V.V. (2002). The novel BORIS + CTCF gene family is uniquely involved in the epigenetics of normal biology and cancer. Semin. Cancer Biol. 12: 399—414. PMID 12191639 doi:10.1016/S1044-579X(02)00060-3
Chao W., Huynh K.D., Spencer R.J., Davidow L.S., Lee J.T. (2002). CTCF, a candidate trans-acting factor for X-inactivation choice. Science. 295: 345—347. PMID 11743158 doi:10.1126/science.1065982
Ishihara K., Oshimura M., Nakao M. (2006). CTCF-dependent chromatin insulator is linked to epigenetic remodeling. Mol. Cell. 23: 733—742. PMID 16949368 doi:10.1016/j.molcel.2006.08.008
Majumder P., Gomez J.A., Chadwick B.P., Boss J.M. (2008). The insulator factor CTCF controls MHC class II gene expression and is required for the formation of long-distance chromatin interactions. J. Exp. Med. 205: 785—798. PMID 18347100 doi:10.1084/jem.20071843