NR6A1
Ідентифікатори
Символи
NR6A1 , CT150, GCNF, GCNF1, NR61, RTR, hGCNF, hRTR, nuclear receptor subfamily 6 group A member 1
Зовнішні ІД
OMIM : 602778 MGI: 1352459 HomoloGene: 36308 GeneCards: NR6A1
Онтологія гена
Молекулярна функція
• DNA binding • sequence-specific DNA binding • protein homodimerization activity • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • zinc ion binding • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific • зв'язування з іоном металу • steroid hormone receptor activity • GO:0038050, GO:0004886, GO:0038051 nuclear receptor activity • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
Клітинна компонента
• нуклеоплазма • клітинне ядро • transcription regulator complex
Біологічний процес
• GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • transcription, DNA-templated • gamete generation • Сперматогенез • transcription initiation from RNA polymerase II promoter • проліферація • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • intracellular steroid hormone receptor signaling pathway • intracellular receptor signaling pathway • steroid hormone mediated signaling pathway • transcription by RNA polymerase II
Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види
Людина
Миша
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (мРНК)
RefSeq (білок)
Локус (UCSC)
Хр. 9: 124.52 – 124.77 Mb
Хр. 2: 38.61 – 38.82 Mb
PubMed search
[ 1]
[ 2] Вікідані
NR6A1 (англ. Nuclear receptor subfamily 6 group A member 1 ) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 9-ї хромосоми.[ 3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 480 амінокислот , а молекулярна маса — 54 383[ 4] .
Послідовність амінокислот
10 20 30 40 50
MERDEPPPSG GGGGGGSAGF LEPPAALPPP PRNGFCQDEL AELDPGTISV
SDDRAEQRTC LICGDRATGL HYGIISCEGC KGFFKRSICN KRVYRCSRDK
NCVMSRKQRN RCQYCRLLKC LQMGMNRKAI REDGMPGGRN KSIGPVQISE
EEIERIMSGQ EFEEEANHWS NHGDSDHSSP GNRASESNQP SPGSTLSSSR
SVELNGFMAF REQYMGMSVP PHYQYIPHLF SYSGHSPLLP QQARSLDPQS
YSLIHQLLSA EDLEPLGTPM LIEDGYAVTQ AELFALLCRL ADELLFRQIA
WIKKLPFFCE LSIKDYTCLL SSTWQELILL SSLTVYSKQI FGELADVTAK
YSPSDEELHR FSDEGMEVIE RLIYLYHKFH QLKVSNEEYA CMKAINFLNQ
DIRGLTSASQ LEQLNKRYWY ICQDFTEYKY THQPNRFPDL MMCLPEIRYI
AGKMVNVPLE QLPLLFKVVL HSCKTSVGKE
Кодований геном білок за функцією належить до рецепторів .
Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція , регуляція транскрипції , альтернативний сплайсинг .
Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку , ДНК .
Локалізований у ядрі .
Література
Kapelle M., Kraetzschmar J., Husemann M., Schleuning W.-D. (1997). cDNA cloning of two closely related forms of human germ cell nuclear factor (GCNF). Biochim. Biophys. Acta . 1352 : 13—17. PMID 9177477 DOI :10.1016/S0167-4781(97)00043-2
Agoulnik I.Y., Cho Y., Niederberger C., Kieback D.G., Cooney A.J. (1998). Cloning, expression analysis and chromosomal localization of the human nuclear receptor gene GCNF. FEBS Lett . 424 : 73—78. PMID 9537518 DOI :10.1016/S0014-5793(98)00142-2
Schneider-Hirsch S., Bauer U.M., Heiermann R., Rentrop M., Maelicke A. (1998). Cloning of the human NCNF gene. J. Recept. Signal Transduct . 18 : 1—13. PMID 9493564 DOI :10.3109/10799899809039161
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res . 14 : 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI :10.1101/gr.2596504
Yan Z., Kim Y.-S., Jetten A.M. (2002). RAP80: a novel nuclear protein that interacts with the retinoid-related testis-associated receptor. J. Biol. Chem . 277 : 32379—32388. PMID 12080054 DOI :10.1074/jbc.M203475200
Suesens U., Borgmeyer U. (1996). Characterization of the human germ cell nuclear factor gene. Biochim. Biophys. Acta . 1309 : 179—182. PMID 8982251
Примітки
Див. також
(1) Основні домени
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)(1.4) NF-1 (1.5) RF-X (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1) Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4 )
підродина 1 підродина 2 підродина 3 підродина 4 підродина 5 підродина 6 підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4 (2.3) Cys2 His2 з доменом цинкових пальців(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер(2.5) Цинкові пальці іншого складу (2.6) WRKY
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс (3.2) Парний бокс (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль(3.4) Фактори теплового шоку(3.5) Триптофановий кластер (3.6) Домен транскрипційний енхансер
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR(4.2) STAT(4.3) p53 (4.4) MADS(4.6) TATA(4.7) Високомобільна група (4.9) Grainyhead (4.10) Домен холодового шоку (4.11) Runt
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y) (0.3) Pocket домен (0.5) AP2/EREBP-подібні(0.6) Інші