PRDM9
Ідентифікатори
Символи
PRDM9 , MEISETZ, MSBP3, PFM6, PRMD9, ZNF899, PR domain 9, PR/SET domain 9, KMT8B
Зовнішні ІД
OMIM : 609760 MGI: 2384854 HomoloGene: 104139 GeneCards: PRDM9
Онтологія гена
Молекулярна функція
• GO:0102674, GO:0102675 methyltransferase activity • transferase activity • зв'язування з іоном металу • nucleic acid binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • recombination hotspot binding • histone-lysine N-methyltransferase activity • sequence-specific DNA binding • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • chromatin DNA binding • histone methyltransferase activity (H3-K4 specific) • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity
Клітинна компонента
• нуклеоплазма • внутрішньоклітинний • клітинне ядро • хромосома
Біологічний процес
• meiotic gene conversion • positive regulation of reciprocal meiotic recombination • histone lysine methylation • Метилювання • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • GO:0007126 мейоз • transcription, DNA-templated • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • histone H3-K4 methylation
Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види
Людина
Миша
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (мРНК)
RefSeq (білок)
Локус (UCSC)
Хр. 5: 23.44 – 23.53 Mb
Хр. 17: 15.54 – 15.56 Mb
PubMed search
[ 1]
[ 2] Вікідані
PRDM9 (англ. PR/SET domain 9, PR domain zinc finger protein 9 ) – білок, який кодується геном PRDM9, розташованим у людей на короткому плечі 5-ї хромосоми.[ 3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 894 амінокислот , а молекулярна маса — 103 376[ 4] . Фермент, який здатен додавати три метильні групи до 4-го лізину H3-гістону (H3K4-3me, див. табл "Порівняння еу- та гетерохроматину ")[ 5] . Структурно Prdm9 має домен KRAB, та декілька тандемних цинкових пальців C2H2, що здатні зв'язуватися з ДНК [ 6] . Функції Prdm9 полягають у триметилюванні H3K4 під час мейотичної профази , що є потрібною стадією для проходження мейозу. Проте білок Prdm9 не здатен до ди- та моно-метилювання 4-го лізину H3-гістону [en] .
Цей білок за функціями належить до трансфераз , активаторів , регуляторів хроматину , метилтрансфераз .
Задіяний у таких біологічних процесах, як регуляція транскрипції , мейоз .
Білок має сайт для зв'язування з іоном цинку , S-аденозил-L-метіоніном .
Локалізований у ядрі , хромосомах .
Послідовність амінокислот
10 20 30 40 50
MSPEKSQEES PEEDTERTER KPMVKDAFKD ISIYFTKEEW AEMGDWEKTR
YRNVKRNYNA LITIGLRATR PAFMCHRRQA IKLQVDDTED SDEEWTPRQQ
VKPPWMALRV EQRKHQKGMP KASFSNESSL KELSRTANLL NASGSEQAQK
PVSPSGEAST SGQHSRLKLE LRKKETERKM YSLRERKGHA YKEVSEPQDD
DYLYCEMCQN FFIDSCAAHG PPTFVKDSAV DKGHPNRSAL SLPPGLRIGP
SGIPQAGLGV WNEASDLPLG LHFGPYEGRI TEDEEAANNG YSWLITKGRN
CYEYVDGKDK SWANWMRYVN CARDDEEQNL VAFQYHRQIF YRTCRVIRPG
CELLVWYGDE YGQELGIKWG SKWKKELMAG REPKPEIHPC PSCCLAFSSQ
KFLSQHVERN HSSQNFPGPS ARKLLQPENP CPGDQNQEQQ YPDPHSRNDK
TKGQEIKERS KLLNKRTWQR EISRAFSSPP KGQMGSCRVG KRIMEEESRT
GQKVNPGNTG KLFVGVGISR IAKVKYGECG QGFSVKSDVI THQRTHTGEK
LYVCRECGRG FSWKSHLLIH QRIHTGEKPY VCRECGRGFS WQSVLLTHQR
THTGEKPYVC RECGRGFSRQ SVLLTHQRRH TGEKPYVCRE CGRGFSRQSV
LLTHQRRHTG EKPYVCRECG RGFSWQSVLL THQRTHTGEK PYVCRECGRG
FSWQSVLLTH QRTHTGEKPY VCRECGRGFS NKSHLLRHQR THTGEKPYVC
RECGRGFRDK SHLLRHQRTH TGEKPYVCRE CGRGFRDKSN LLSHQRTHTG
EKPYVCRECG RGFSNKSHLL RHQRTHTGEK PYVCRECGRG FRNKSHLLRH
QRTHTGEKPY VCRECGRGFS DRSSLCYHQR THTGEKPYVC REDE
Див. також
Примітки
Література
Jiang G.L., Huang S. (2000). The yin-yang of PR-domain family genes in tumorigenesis. Histol. Histopathol . 15 : 109—117. PMID 10668202
(1) Основні домени
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)(1.4) NF-1 (1.5) RF-X (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1) Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4 )
підродина 1 підродина 2 підродина 3 підродина 4 підродина 5 підродина 6 підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4 (2.3) Cys2 His2 з доменом цинкових пальців(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер(2.5) Цинкові пальці іншого складу (2.6) WRKY
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс (3.2) Парний бокс (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль(3.4) Фактори теплового шоку(3.5) Триптофановий кластер (3.6) Домен транскрипційний енхансер
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR(4.2) STAT(4.3) p53 (4.4) MADS(4.6) TATA(4.7) Високомобільна група (4.9) Grainyhead (4.10) Домен холодового шоку (4.11) Runt
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y) (0.3) Pocket домен (0.5) AP2/EREBP-подібні(0.6) Інші