uk CLOCK

CLOCK
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	4H10
Ідентифікатори
Символи	CLOCK, KAT13D, bHLHe8, clock circadian regulator
Зовнішні ІД	OMIM: 601851 MGI: 99698 HomoloGene: 3603 GeneCards: CLOCK
Онтологія гена
Молекулярна функція	• transferase activity; • DNA binding; • sequence-specific DNA binding; • protein dimerization activity; • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity; • histone acetyltransferase activity; • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding; • transcription factor activity, RNA polymerase II core promoter proximal region sequence-specific binding; • E-box binding; • core promoter sequence-specific DNA binding; • GO:0001948, GO:0016582 protein binding; • chromatin DNA binding; • acyltransferase activity; • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific; • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific;
Клітинна компонента	• цитоплазма; • chromatoid body; • внутрішньоклітинна мембранна органела; • transcription regulator complex; • хромосома; • нуклеоплазма; • клітинне ядро; • гіалоплазма;
Біологічний процес	• negative regulation of glucocorticoid receptor signaling pathway; • positive regulation of inflammatory response; • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated; • Фотоперіодизм; • regulation of insulin secretion; • ритмічний процес; • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II; • DNA damage checkpoint signaling; • regulation of type B pancreatic cell development; • transcription by RNA polymerase II; • circadian regulation of gene expression; • transcription, DNA-templated; • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated; • response to redox state; • cellular response to DNA damage stimulus; • positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity; • циркадний ритм; • Сперматогенез; • regulation of hair cycle; • cellular response to ionizing radiation; • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated; • GO:0072468 сигнальна трансдукція; • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II; • proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process; • histone acetylation; • protein acetylation; • regulation of circadian rhythm;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	Більше даних
Ортологи
	9575
	12753
	ENSG00000134852
	ENSMUSG00000029238
	O15516
	O08785
	NM_001267843; NM_004898
	NM_007715; NM_001289826; NM_001305222
	NP_001254772; NP_004889
	NP_001276755; NP_001292151; NP_031741
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

CLOCK (англ. Clock circadian regulator) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 4-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 846 амінокислот, а молекулярна маса — 95 304^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MLFTVSCSKM	SSIVDRDDSS	IFDGLVEEDD	KDKAKRVSRN	KSEKKRRDQF
NVLIKELGSM	LPGNARKMDK	STVLQKSIDF	LRKHKEITAQ	SDASEIRQDW
KPTFLSNEEF	TQLMLEALDG	FFLAIMTDGS	IIYVSESVTS	LLEHLPSDLV
DQSIFNFIPE	GEHSEVYKIL	STHLLESDSL	TPEYLKSKNQ	LEFCCHMLRG
TIDPKEPSTY	EYVKFIGNFK	SLNSVSSSAH	NGFEGTIQRT	HRPSYEDRVC
FVATVRLATP	QFIKEMCTVE	EPNEEFTSRH	SLEWKFLFLD	HRAPPIIGYL
PFEVLGTSGY	DYYHVDDLEN	LAKCHEHLMQ	YGKGKSCYYR	FLTKGQQWIW
LQTHYYITYH	QWNSRPEFIV	CTHTVVSYAE	VRAERRRELG	IEESLPETAA
DKSQDSGSDN	RINTVSLKEA	LERFDHSPTP	SASSRSSRKS	SHTAVSDPSS
TPTKIPTDTS	TPPRQHLPAH	EKMVQRRSSF	SSQSINSQSV	GSSLTQPVMS
QATNLPIPQG	MSQFQFSAQL	GAMQHLKDQL	EQRTRMIEAN	IHRQQEELRK
IQEQLQMVHG	QGLQMFLQQS	NPGLNFGSVQ	LSSGNSSNIQ	QLAPINMQGQ
VVPTNQIQSG	MNTGHIGTTQ	HMIQQQTLQS	TSTQSQQNVL	SGHSQQTSLP
SQTQSTLTAP	LYNTMVISQP	AAGSMVQIPS	SMPQNSTQSA	AVTTFTQDRQ
IRFSQGQQLV	TKLVTAPVAC	GAVMVPSTML	MGQVVTAYPT	FATQQQQSQT
LSVTQQQQQQ	SSQEQQLTSV	QQPSQAQLTQ	PPQQFLQTSR	LLHGNPSTQL
ILSAAFPLQQ	STFPQSHHQQ	HQSQQQQQLS	RHRTDSLPDP	SKVQPQ

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до трансфераз, активаторів, ацилтрансфераз, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції, пошкодження ДНК, біологічні ритми, поліморфізм. Білок має спеціальну ділянку для зв'язування з ДНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Rutter J., Reick M., Wu L.C., McKnight S.L. (2001). Regulation of clock and NPAS2 DNA binding by the redox state of NAD cofactors. Science. 293: 510—514. PMID 11441146 DOI:10.1126/science.1060698
Ward S.M., Fernando S.J., Hou T.Y., Duffield G.E. (2010). The transcriptional repressor ID2 can interact with the canonical clock components CLOCK and BMAL1 and mediate inhibitory effects on mPer1 expression. J. Biol. Chem. 285: 38987—39000. PMID 20861012 DOI:10.1074/jbc.M110.175182
Ye R., Selby C.P., Ozturk N., Annayev Y., Sancar A. (2011). Biochemical analysis of the canonical model for the mammalian circadian clock. J. Biol. Chem. 286: 25891—25902. PMID 21613214 DOI:10.1074/jbc.M111.254680
Richards J., Gumz M.L. (2013). Mechanism of the circadian clock in physiology. Am. J. Physiol. 304: R1053—R1064. PMID 23576606 DOI:10.1152/ajpregu.00066.2013
Eckel-Mahan K., Sassone-Corsi P. (2013). Metabolism and the circadian clock converge. Physiol. Rev. 93: 107—135. PMID 23303907 DOI:10.1152/physrev.00016.2012

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:2082 (англ.) . Процитовано 30 серпня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)
↑ UniProt, O15516 (англ.) . Архів оригіналу за 11 вересня 2017. Процитовано 30 серпня 2017.

Див. також

Хромосома 4

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

[1] Human PubMed Reference:.

[2] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-3] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:2082 (англ.) . Процитовано 30 серпня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)

[UniProt-4] UniProt, O15516 (англ.) . Архів оригіналу за 11 вересня 2017. Процитовано 30 серпня 2017.

[1]

[2]

[3]

[4]