Pada tahun 2006 PT Kereta Api membeli 16 rangkaian baru dan rangkaian lama dijadikan kereta semi ekspres, kemudian KA Semi ekspress diubah menjadi KRL Ekonomi AC. Kereta ini merupakan cikal bakal kereta berpenyejuk udara lainnya. Di bulan Juli 2011, semua KRL Ekspres dihapus dan diganti KRL Commuter Line AC yang awalnya tiketnya cukup mahal (hampir seperti harga karcis Pakuan Ekspres). Di KRL Commuter Line, penerus jalur ini adalah Lin Bogor.
Kereta Rel Listrik (KRL) Bogor Ekonomi AC adalah rangkaian KRL Ekonomi ber-AC yang dijalankan pada rute Bogor - Jakarta Kota dan sebagian untuk rute Bogor - Tanah Abang. Kereta ini merupakan rangkaian kereta hibah dari Jepang. Untuk mencapai Stasiun Jakarta Kota, kereta ini memakan waktu sekitar 80-100 menit. KRL untuk tujuan Stasiun Jakarta Kota ini berhenti disetiap stasiun yang dilewatinya, kecuali Stasiun Gambir (Untuk KRL larut malam, KRL ini berhenti di Stasiun Gambir).
Keterangan: ** = Minggu/Libur - BATAL ***** = Jalan hanya hari Sabtu dan Minggu/Libur
Tarif: Bogor - Jakarta Kota/Tanah Abang: Rp. 5.500,- (Mulai 1 Oktober 2010 menjadi Rp. 7.000,-)
Bogor - Ancol (Rp. 7.000)
KRL Bogor Ekonomi
Kereta Rel Listrik (KRL) Bogor Ekonomi merupakan rangkaian Kereta kelas Ekonomi (KL-3) yang melayani rute dari Bogor ke Jakarta Kota, Tanah Abang, dan Angke. Sama seperti KRL Bogor Ekonomi AC, rangkaian ini butuh waktu 80-100 menit untuk perjalanannya dari stasiun awal ke stasiun akhir.
Tarif: Kisaran harga tiket antara Rp. 1.500 s.d. Rp. 2.000,- (Mulai 1 Oktober 2010 menjadi Rp. 3.500,-)
Penghentian operasi KRL Bogor Ekonomi, Bogor Ekonomi AC dan Pakuan Ekspres
Saat ini, KRL Bogor Ekonomi, Bogor Ekonomi AC, dan Pakuan Ekspres telah dihentikan operasinya, dilebur dan digantikan oleh KRL Commuter Line sebagaimana yang disebutkan di atas, yang pelayanannya seperti KRL Bogor Ekonomi AC. Rute juga ditambah menjadi dua rute KRL Bogor, yaitu rute Bogor-Manggarai-Juanda-Jakarta Kota (Red Line) dan rute Bogor-Manggarai-Sudirman-Tanah Abang-Kampung Bandan-Pasar Senen(yang berhenti hanya yang ke arah Bogor)-Jatinegara (Yellow line).
Hanya berisi layanan kereta api yang dioperasikan oleh induk perusahaan. Untuk layanan yang dioperasikan oleh anak perusahaan, lihat Templat:KAI Commuter untuk layanan KAI Commuter, Templat:KAI Bandara untuk layanan KAI Bandara dan Templat:KCIC untuk layanan KCIC/Whoosh
*dioperasikan oleh PT KAI Commuter Jabodetabek (hingga 20 September 2017) dan PT Kereta Commuter Indonesia (hingga saat ini)
**dioperasikan oleh PT Kereta Api Divisi Angkutan Perkotaan Jabotabek (hingga 15 September 2008) & PT KA Commuter Jabodetabek (hingga 2 Juli 2011)
***operasional dialihkan dari swakelola perusahaan induk karena berfokus pada layanan antarkota dan aglomerasi.
****operasional dialihkan dari KAI Bandara