KA Bengawan hanya berhenti di Cikarang, Haurgeulis, Jatibarang, Cirebon Prujakan dan Bumiayu
KA Fajar Utama Yogyakarta hanya berhenti di Cikampek (arah Yogyakarta), Haurgeulis, Terisi (arah Yogyakarta), Jatibarang (arah Jakarta), Ciledug (arah Yogyakarta), Ketanggungan, Gombong dan Kebumen
KA Senja Utama Yogyakarta hanya berhenti di Jatibarang untuk mengarah Yogyakarta
KA Sawunggalih Pagi dan Kutojaya Utara mengarah Jakarta hanya berhenti di Kutowinangun
KA Sawunggalih Pagi hanya berhenti di Cikarang (arah Kutoarjo), Haurgeulis, Terisi, Jatibarang dan Ciledug
KA Sawunggalih Malam mengarah Kutoarjo hanya berhenti di Cikarang dan Kutowinangun
KA Gajahwong mengarah Jakarta hanya berhenti di Prupuk
KA Bogowonto hanya berhenti di Cikarang dan Jatibarang
KA Progo mengarah Jakarta hanya berhenti di Karanganyar, Prupuk, Ketanggungan dan Haurgeulis
Semua layanan kereta api mengarah Pasar Senen berhenti di Jatinegara
Kereta api Jaka Tingkir pertama kali beroperasi pada 8 Desember 2013 dengan titik keberangkatan di Stasiun Solo Jebres.[2] Sebelumnya, terdapat rencana bahwa stasiun tersebut akan dijadikan sebuah museum dan pemberhentian kereta api ekonomi yang hendak melewati lintas utara (Semarang) sehingga titik keberangkatan kereta api ini dan Bengawan dipindahkan ke Stasiun Solo Purwosari pada 1 Februari 2014.
Kereta api Jaka Tingkir diluncurkan untuk membantu pengoperasian kereta api Progo, Gajahwong, Bogowonto, dan Mataram Premium yang memiliki lintasan yang sama. Pada awal pengoperasiannya, kereta api ini hanya melayani lintas pelayanan tertentu—sebagai contoh, kereta api ini melayani dari Solo Purwosari menuju Pasar Senen pada hari Senin dan melayani lintas sebaliknya pada hari Selasa. Sejak ia mendapat rangkaian kereta buatan PT INKA, kereta api ini bisa beroperasi setiap hari.
Sejak 1 Desember 2018, lintas pelayanan kereta api ini sempat diperpendek sehingga ia hanya melayani lintas Yogyakarta Lempuyangan–Pasar Senen—karena sebagian rangkaian keretanya telah digunakan untuk pengoperasian Kereta api Joglosemarkerto dan Kereta api Kamandaka secara penuh.[3] Lintas pelayanan diubah seperti semula mulai 1 Desember 2019 seiring dengan penerapan Gapeka 2019.[4]
Per 24 April 2022, Kereta api Jaka Tingkir akan dijalankan kembali setelah tidak beroperasi selama dua tahun. Kereta api Jaka Tingkir direncanakan akan beroperasi menggunakan rangkaian kereta ekonomi premium berbahan baja nirkarat. Jadwal Perjalanan Kereta api Jaka Tingkir dari Stasiun Solo Purwosari berangkat Jam 23.45 dan akan tiba di Stasiun Pasar Senen Jam 08.37 namun Perjalanan Kereta api Jaka Tingkir kembali menggunakan Jadwal lama selama 7,5 tahun, pada bulan Desember 2014 yaitu Jam 12.50 berangkat dari Stasiun Pasar Senen dan tiba di Stasiun Solo Purwosari Jam 21.28.
Mulai 9 Desember 2024, satu hari setelah ulang tahun ke-11 kereta api ini resmi menggunakan kereta ekonomi generasi terbaru berbahan baja nirkarat buatan PT INKA Madiun.
Tarif
Tarif kereta api ini berkisar antara Rp150.000,00–Rp270.000,00 bergantung pada jarak tempuh, subkelas/posisi tempat duduk di dalam kereta, serta hari-hari tertentu seperti akhir pekan dan libur nasional. Selain itu, berlaku pula tarif khusus yang hanya dapat dipesan mulai dua jam sebelum keberangkatan kereta api ini pada stasiun yang berada dalam rute berikut.
