Pada awalnya, stasiun ini hanya memiliki dua jalur kereta api dengan jalur 2 merupakan sepur lurus. Tata letak stasiun ini mengalami perubahan saat pembangunan jalur ganda ruas Larangan–Ciledug pada 16 Desember 2014,[3] yaitu adanya tambahan dua jalur baru di sisi barat daya emplasemen stasiun dengan jalur 3 merupakan sepur lurus arah Prupuk, jalur 2 dijadikan sepur lurus arah Cirebon saja, serta jalur 4 merupakan sepur belok. Sepur badug yang tersambung dengan wesel di jalur 1 stasiun telah dibongkar, sedangkan bangunan stasiun peninggalan Staatsspoorwegen hingga kini masih dipertahankan.
Stasiun Ketanggungan memiliki sebuah menara air yang dahulu digunakan untuk menampung air sebelum dipasok ke ketel lokomotif uap—saat ini hanya digunakan untuk memenuhi kebutuhan air bersih di stasiun, seperti toilet dan tempat wudu. Menara tersebut berbentuk segi enam dan berukuran lebih kecil dari menara air yang terdapat di Stasiun Sindanglaut.[4]
Ke arah barat stasiun ini, sebelum Stasiun Ciledug, terdapat Stasiun Ketanggungan Barat yang dinonaktifkan setelah jalur ganda pada pada ruas tersebut dioperasikan.
Per September 2023 di emplasemen stasiun ini sudah dibangun peron dan kanopi (overcapping) agar para penumpang tidak lagi kepanasan ataupun kehujanan saat menunggu maupun naik turun kereta api.
Layanan kereta api
Berikut ini adalah layanan kereta api yang berhenti di stasiun ini sesuai Gapeka 2023 revisi per 1 November 2024.
