KA Bengawan hanya berhenti di Cikarang, Haurgeulis, Jatibarang, Cirebon Prujakan dan Bumiayu
KA Fajar Utama Yogyakarta hanya berhenti di Cikampek (arah Yogyakarta), Haurgeulis, Terisi (arah Yogyakarta), Jatibarang (arah Jakarta), Ciledug (arah Yogyakarta), Ketanggungan, Gombong dan Kebumen
KA Senja Utama Yogyakarta hanya berhenti di Jatibarang untuk mengarah Yogyakarta
KA Sawunggalih Pagi dan Kutojaya Utara mengarah Jakarta hanya berhenti di Kutowinangun
KA Sawunggalih Pagi hanya berhenti di Cikarang (arah Kutoarjo), Haurgeulis, Terisi, Jatibarang dan Ciledug
KA Sawunggalih Malam mengarah Kutoarjo hanya berhenti di Cikarang dan Kutowinangun
KA Gajahwong mengarah Jakarta hanya berhenti di Prupuk
KA Bogowonto hanya berhenti di Cikarang dan Jatibarang
KA Progo mengarah Jakarta hanya berhenti di Karanganyar, Prupuk, Ketanggungan dan Haurgeulis
Semua layanan kereta api mengarah Pasar Senen berhenti di Jatinegara
Sebelum Beroperasi Kereta api Mataram, Pada tahun 2016, PT KAI melakukan penambahan layanan kereta api di lintas tersebut dengan nama KLB Ekonomi LPN-PSE yang dioperasikan libur akhir pekan, beroperasi menggunakan rangkaian kereta kelas ekonomi plus buatan PT. INKA keluaran 2016.
Mulai 15 Juni 2017, PT KAI meluncurkan kereta api Mataram Premium sebagai kereta api tambahan saat musim mudik lebaran 2017. Karena memiliki tingkat okupansi penumpang yang tinggi, kereta api tersebut dioperasikan secara reguler. PT KAI kemudian melakukan penyesuaian layanan kereta api ini dengan mengubah layanan kelas ekonomi premium menjadi kelas eksekutif dan bisnis mulai 17 Februari 2019, serta lintas pelayanan diperpanjang hingga Stasiun Solo Balapan mulai 1 Desember 2019. Saat ini, KA Mataram beroperasi dengan menggunakan rangkaian 2 kereta kelas eksekutif, 7 kereta kelas ekonomi premium, 1 kereta makan, serta 1 kereta pembangkit.
Hanya berisi layanan kereta api yang dioperasikan oleh induk perusahaan. Untuk layanan yang dioperasikan oleh anak perusahaan, lihat Templat:KAI Commuter untuk layanan KAI Commuter, Templat:KAI Bandara untuk layanan KAI Bandara dan Templat:KCIC untuk layanan KCIC/Whoosh