Pada masa pengoperasiannya di Jepang, KRL ini dijalankan di jalur Tōyō Rapid Railway dan sering melayani perjalanan antar-jalur di Tokyo Metro Tozai Line serta East Japan Railway Company (JR East) Chuo-Sobu Line, di mana layanan di Chuo-Sobu Line pada koridor Nakano - Mitaka yang diberikan adalah layanan lokal saja, sedangkan layanan pada jalur Tōyō Rapid Railway yang diberikan adalah layanan lokal, Rapid (setara dengan layanan ekspres di Indonesia), Commuter Rapid (layanan ekspres khusus komuter) dan Tōyō Rapid (layanan ekspres khusus yang melayani jalur Tozai dan jalur Tōyō Rapid dalam sekali perjalanan).
KRL ini bersama dengan KRL Tokyo Metro seri 5000 oleh pecinta / penggemar kereta api di Indonesia dijuluki "Piyuts" yang berasal dari suara remnya yang khas. KRL ini dipensiunkan pada tahun 2019 setelah semakin banyak KRL yang lebih baru dan lebih muda di lintas Jabodetabek, seperti KRL JR East seri 205 dan Tokyo Metro seri 05.
Awalnya, KRL ini dibangun dan mulai dioperasikan pada tahun 1960-an sebagai KRL Tokyo Metro (dahulu Eidan Subway) seri 5000. Ada dua jenis KRL Tokyo Metro seri 5000, yaitu yang menggunakan bodi stainless steel dan aluminium. KRL Tokyo Metro 5000 ini beroperasi di Jalur Tokyo Metro Tozai dengan rute Nakano - Nishi-Funabashi, meskipun sempat beroperasi juga di jalur Chiyoda selama beberapa tahun.
Selama tiga puluh tahun lebih, KRL ini menjadi armada utama di jalur tersebut meskipun sejak tahun 1988 KRL ini mulai tergeser dengan adanya KRL Tokyo Metro seri 05. Sebagian KRL Tokyo Metro seri 5000 yang tergeser inilah yang nantinya dirombak menjadi Toyo Rapid seri 1000. Awalnya KRL ini juga tidak menggunakan AC, namun AC dipasang pada tahun 80-an akhir tanpa menghilangkan kipas angin yang sudah ada sejak KRL ini awal beroperasi.
Bersamaan dengan peresmian jalur Toyo Rapid Railway Line rute Nishi Funabashi - Toyo-Katsutadai pada tahun 1996, sejumlah 12 rangkaian KRL Tokyo Metro seri 5000 dimodifikasi menjadi KRL Toyo Rapid seri 1000 sebagai armada baru untuk jalur ini, meskipun pada akhirnya hanya 10 rangkaian yang beroperasi karena dua rangkaian sisanya dijadikan donor suku cadang sebelum akhirnya dirucat.
Perubahan secara fisik yang diterapkan pada rangkaian Tokyo Metro 5000 yang diubah menjadi Toyo Rapid 1000 ini di antaranya adalah bentuk muka yang dibuat lebih rata (konstruksi baja anti karat yang tidak memiliki bentuk gelombang pada sisi bawah muka KRL) serta kaca pada pintu otomatis di sisi kiri-kanan kereta dibuat lebih besar, sehingga penumpang dapat memandang ke luar dari dalam kereta dengan lebih leluasa jika penumpang berada di dekat pintu. Lalu, lampu depan KRL pun bentuknya menjadi kotak. Peremajaan berbagai komponen pada kereta ini juga dilakukan.
Seiring bertambahnya usia KRL, ditambah dengan KRL penggantinya yaitu Toyo Rapid seri 2000 yang desainnya mirip dengan KRL Tokyo Metro seri 05N juga sudah beroperasi sejak tahun 2004, maka sesuai dengan program peremajaan KRL di jalur ini dan dikarenakan KRL ini adalah modifikasi dari KRL Tokyo Metro seri 5000, maka KRL Tōyō Rapid seri 1000 dipensiunkan pada tahun 2006, bersamaan dengan dihentikannya operasional dari KRL Tokyo Metro seri 5000.
Akhirnya, tiga rangkaian KRL Toyo Rapid seri 1000 yang tersisa (1060F, 1080F dan 1090F) diboyong ke Indonesia, dan dengan demikian tidak ada lagi rangkaian KRL Tōyō Rapid seri 1000 yang tersisa di Jepang.
Penggunaan di Indonesia (2007-2022)
KRL Toyo Rapid seri 1000 ini dioperasikan di Indonesia sejak tahun 2007, bersama dengan KRL Tokyo Metro seri 5000. Indonesia merupakan satu-satunya pengguna kereta ini di luar Jepang. Pada awalnya, masing-masing rangkaian akan dioperasikan dengan 10 kereta dalam satu rangkaiannya, namun hanya dioperasikan dengan formasi 8 kereta dalam satu rangkaian akibat terbatasnya panjang peron dan kurangnya daya listrik pada jalur elektrifikasi di Jabodetabek (saat itu). Akhirnya, 2 kereta sisa yang tidak digunakan dari masing-masing rangkaian disimpan dan menjadi donor suku cadang sebelum akhirnya ditumpuk di Stasiun Purwakarta, bersama kereta-kereta sisa dari rangkaian Tokyo Metro seri 5000.
KRL ini awalnya dioperasikan untuk layanan kelas Ekonomi AC tujuan Bogor, Bekasi, dan Depok, meskipun KRL ini lebih sering melayani lintas Bekasi. Setelah penyeragaman layanan KRL (dimana layanan Ekspres dihapuskan dan layanan Commuter Line yang pada dasarnya sama seperti Ekonomi AC dijadikan layanan standar untuk KRL di Jabodetabek), KRL ini melayani perjalanan Commuter Line di semua lintasan Jabodetabek.
Sejak 2015, biasanya KRL ini beroperasi di jalur Jatinegara-Bogor/Depok mengingat di jalur Bogor/Depok/Bekasi-Jakartakota perannya telah tergeser oleh KRL JR East 205, dan pada akhir tahun 2015, rangkaian 1060F mangkrak dan tidak beroperasi lagi akibat kerusakan maupun langkanya suku cadang, menyisakan dua rangkaian yaitu rangkaian 1080F dan 1090F.
Sejak tahun 2018, rangkaian 1090F dijadikan donor untuk memperpanjang rangkaian 1080F dan 5017F menjadi 10 kereta, sehingga rangkaian ini akhirnya tidak beroperasi lagi. Pada tahun 2019, hanya satu rangkaian lagi yang beroperasi, yaitu 1080F. Seiring dengan datangnya JR East 205 dari Jepang, tepatnya dari jalur Musashino, KRL ini pun menjadi surplus, hingga akhirnya satu-satunya set KRL ini yaitu 1080F dihentikan operasionalnya pada September 2019 lalu.
Pada 20 Januari 2022 tepatnya pada dini hari, setelah sekian lamanya hampir 12 tahun beroperasi melayani masyarakat Jabodetabek. KRL Toyo Rapid seri 1000 ini akhirnya benar-benar pensiun dan pamit meninggalkan wilayah Jabodetabek untuk selamanya menuju tempat peristirahatan terakhirnya di Stasiun Pasirbungur. Rangkaian pertama yang dibawa adalah rangkaian 1080F yang dihela oleh Lokomotif seri CC 201 89 02 THB. Pengiriman KRL Toyo Rapid seri 1000 ini terus berlanjut hingga pada 24 Januari, rangkaian 1090F akhirnya ikut ditarik keluar dari Dipo KRL Depok dihela oleh Lokomotif seri CC 201 77 17 CN menuju tempat peristirahatan terakhirnya di Stasiun Pasirbungur. KRL ini meninggalkan banyak sekali kenangan khususnya kepada para pecinta Kereta Api Indonesia yang menjuluki KRL ini dengan julukan "Piyuts". Julukan ini diberikan karena KRL ini memiliki suara rem yang khas saat berhenti sama seperti saudaranya yaitu KRL Tokyo Metro seri 5000. Kini KRL Toyo Rapid seri 1000 bersama dengan saudaranya yaitu Tokyo Metro seri 5000 telah mengakhiri karirnya di Indonesia untuk selamanya, serta semua rangkaiannya sudah selesai ditumpuk di Stasiun Pasirbungur.
Livery
Livery di Jepang (1995-2006)
Sejak awal beroperasinya, KRL Toyo Rapid seri 1000 menggunakan livery baru untuk menggantikan livery garis biru yang sudah digunakan sejak awal beroperasi di Tokyo Metro Tozai Line. Livery yang digunakan adalah garis merah-putih-jingga pada bodinya. Kemudian, logo Toyo Rapid pun ditambahkan pada bagian atas kereta. Seiring dengan dihilangkannya kaca jendela kecil dan juga diubahnya lampu kabin kereta dari bulat menjadi kotak, maka wajah kereta pada bagian atas hingga batas garis merah-putih-jingga diwarnai hitam.
Livery di Indonesia (2006-2019)
KRL ini pada masa awal beroperasinya di Indonesia menggunakan livery bawaan dari Toyo Rapid, yaitu strip merah-orange dengan wajah KRL bagian atas berwarna hitam, namun dengan penambahan cowcatcher pada bagian depan kereta. Khusus untuk set 1090F, logo Toyo Rapid di wajah KRL diganti dengan logo Divisi Jabotabek dan diberi logo Divisi Jabotabek di bagian samping bodi kereta, sementara dua rangkaian lainnya yaitu rangkaian 1060F dan 1080F tidak dipasang logo Divisi Jabotabek dan mempertahankan logo Toyo Rapid yang ada pada bagian wajah atas kereta.
Kemudian, setelah pemeliharaan akhir (PA), KRL set 1060F menggunakan warna hijau-kuning, sedangkan set 1080F dan 1090F menggunakan warna biru-kuning.
Seiring waktu, semua set KRL akhirnya menggunakan warna biru-kuning hingga tahun 2016, yang masih beroperasi yaitu set 1080F dan 1090F akhirnya menggunakan warna merah-kuning khas KCJ. Rangkaian 1060F mangkrak sehingga tidak dicat merah-kuning, dan seiring waktu KRL ini juga dipasang logo PT Kereta Commuter Indonesia. Warna merah-kuning ini digunakan hingga rangkaian 1080F dan 1090F akhirnya berhenti beroperasi, dan rangkaian 1080F sempat dicopot logo Toyo Rapidnya pada masa-masa akhir kedinasannya.
Susunan rangkaian
Di Jepang, KRL Toyo Rapid seri 1000 dioperasikan dengan formasi 10 kereta sebagai berikut.
Nomor
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
Penomoran
KuHa 1001
MoHa 1002
MoHa 1003
MoHa 1004
MoHa 1005
SaHa 1006
MoHa 1007
MoHa 1008
MoHa 1009
KuMoHa 1000
Kodifikasi
TC
M1
M2
M1
Mc2
Tc
M1
M2
M1
MC2
Di Indonesia, pada awalnya KRL Toyo Rapid seri 1000 dioperasikan dengan formasi 8 kereta dengan melepas kereta 7 dan 8 sebagai berikut.
Nomor
1
2
3
4
5
6
7
8
Penomoran
KuHa 1001
MoHa 1002
MoHa 1003
MoHa 1004
MoHa 1005
SaHa 1006
MoHa 1009
KuMoHa 1000
Kodifikasi
TC
M1
M2
M1
Mc2
Tc
M1
MC2
Namun mulai 2017, rangkaian 1080F dioperasikan dengan formasi 10 kereta dengan susunan sebagai berikut.
Nomor
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
Penomoran
KuHa 1001
MoHa 1002
MoHa 1003
MoHa 1004
MoHa 1005
SaHa 1006
MoHa 1004
MoHa 1005
MoHa 1009
KuMoHa 1000
Kodifikasi
TC
M1
M2
M1
Mc2
Tc
M1
Mc2
M1
MC2
Pemanjangan formasi di atas menjadikan rangkaian 1090F berformasi 6 kereta dengan susunan sebagai berikut.
06F/1060F. Merupakan rangkaian pertama yang tidak beroperasi. Telah dirucat di Stasiun Cikaum.
08F/1080F. Merupakan rangkaian terakhir yang pensiun. Kini rangkaian 1080F telah dirucat di Stasiun Pasirbungur bersama dengan rangkaian 1090F dan 5817F.
09F/1090F. Merupakan rangkaian kedua yang pensiun setelah menjadi rangkaian donor untuk 1080F dan 5817F. Kini rangkaian 1090F telah dirucat di Stasiun Pasirbungur bersama dengan rangkaian 1080F [2]
Daftar rangkaian formasi 10 Kereta
Susunan rangkaian
Nomor
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
1060F**
1061
1062
1063
1064
1065
1066
1067
1068
1069
1060
1080F*
1081
1082
1083
1084
1085
1086
1087
1088
1089
1080
1090F*
1091
1092
1093
1094
1095
1096
1097
1098
1099
1090
Catatan:
Rangkaian 1060F merupakan modifikasi dari rangkaian 5036F, dengan formasi asli 5836-5306-5671-5283-5656-5903-5307-5672-5308-5036.
Rangkaian 1080F merupakan modifikasi dari rangkaian 5022F, dengan formasi asli 5822-5264-5643-5341-5107-5907-5265-5644-5266-5022.
Rangkaian 1090F merupakan modifikasi dari rangkaian 5020F, dengan formasi asli 5820-5258-5639-5343-5109-5909-5259-5640-5260-5020.
Tanda (*) adalah tanda untuk Rangkaian Toyo Rapid 1000 (rangkaian 1080F dan 1090F) yang sudah dibawa menuju ke Pasirbungur karena kesulitan suku cadang, hingga pada akhirnya kedua rangkaian tersebut harus afkir serta ditanahkan.
Tanda (**) adalah tanda untuk Rangkaian Toyo Rapid 1000 pertama (rangkaian 1060F) yang sudah dibawa menuju ke Cikaum karena kesulitan suku cadang, hingga pada akhirnya rangkaian tersebut harus afkir serta ditanahkan.
Kasus
KRL ini bersama dengan KRL Tokyo Metro 5000 diketahui sebagai barang hasil korupsi yang dilakukan oleh Soemino Eko Saputro (mantan Direktur Jenderal Perkeretaapian). Pada saat KRL ini tiba di Indonesia, ia mengatakan bahwa KRL Toyo Rapid 1000 dan Tokyo Metro 5000 adalah "hibah", tetapi kenyataannya KRL ini adalah hasil dari pembelian secara terselubung oleh Departemen Perhubungan, dan anehnya KRL ini dibeli dari tempat pemotongan besi tua (scrapyard), di mana KRL tersebut sebelumnya akan dibesituakan, tetapi karena dibeli oleh Departemen Perhubungan maka KRL ini akhirnya tidak jadi dibesituakan dan dikapalkan ke Indonesia.[3]
Akibat dari kontroversi ini, publik tidak hanya merasa dibohongi oleh Saputro, tetapi ia sendiri pun akhirnya diperiksa oleh Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK).[4][5]Sumitomo, yang ditunjuk sebagai pengekspor, diperkaya oleh Saputro sebesar Rp1,8 miliar dan KOG Japan sebesar Rp15 miliar. Total kerugian negara akibat perbuatan Saputro adalah sebesar Rp20 miliar.[3] Saputro dipenjara 3 tahun dan didenda Rp100 miliar.[6]
*dioperasikan oleh PT KAI Commuter Jabodetabek (hingga 20 September 2017) dan PT Kereta Commuter Indonesia (hingga saat ini)
**dioperasikan oleh PT Kereta Api Divisi Angkutan Perkotaan Jabotabek (hingga 15 September 2008) & PT KA Commuter Jabodetabek (hingga 2 Juli 2011)
***operasional dialihkan dari swakelola perusahaan induk karena berfokus pada layanan antarkota dan aglomerasi.
****operasional dialihkan dari KAI Bandara