Pada awalnya, Stasiun Klakah memiliki banyak jalur kereta api, tetapi kini hanya tersisa empat jalur saja dengan jalur 2 merupakan sepur lurus. Dari jalur 3, terdapat percabangan jalur ke arah selatan yang berakhir di Pasirian, tetapi jalur tersebut dinonaktifkan sejak akhir 1980-an akibat tingkat okupansi penumpang yang rendah. Jalur cabang tersebut juga mempunyai cabang di Lumajang menuju Rambipuji yang juga telah dinonaktifkan. Selain itu, di sebelah tenggara stasiun ini juga terdapat bekas depo lokomotif dan juga memiliki rel menuju gudang di sebelah barat laut stasiun.
G
Bangunan utama stasiun
Peron sisi
Jalur 1
← Sepur belok (jarang digunakan) →
Peron pulau
Jalur 2
← Sepur lurus sekaligus jalur utama pemberhentian kereta api →
Peron pulau
Jalur 3
← Sepur belok untuk jalur pemberhentian kereta api →
Jalur 4
← Sepur belok (jarang digunakan) →
Bangunan stasiun ini sempat direnovasi pada 2013, antara lain dengan mengganti atap seng, perbaikan lantai, perpipaan, dinding, pintu kayu, serta plafon.[5]
Sejak 17 Agustus 2013 hingga 6 Mei 2015, PT KAI pernah menerapkan kebijakan bahwa semua KA harus melintas langsung di semua stasiun yang terletak di wilayah Lumajang untuk membersihkan stasiun dan KA dari pedagang asongan.[6][7]
Ke arah timur stasiun ini, sebelum Stasiun Randuagung, terdapat Stasiun Buwek yang telah dinonaktifkan karena lokasinya yang kurang strategis dan jarak antarstasiun yang tidak terlalu jauh dengan Stasiun Klakah—bangunan stasiun hingga kini masih ada, tetapi kondisinya sudah rusak serta hampir tertutup oleh tumbuhan dan semak belukar.
Layanan kereta api
Berikut ini adalah layanan kereta api yang berhenti di stasiun ini sesuai Gapeka 2023 revisi per 1 November 2024.
^"Pemugaran Stasiun Klakah". Heritage KAI. 2013. Archived from the original on 2016-08-10. Diakses tanggal 2021-03-11.Pemeliharaan CS1: Url tak layak (link)
Untuk melihat daftar stasiun secara lengkap, dapat mengklik "(Kategori/Daftar)" pada masing-masing daerah atau pranala artikel. Templat ini meringkas daftar stasiun yang dioperasikan oleh KAI (hanya stasiun utama yang diswakelola oleh perusahaan induk) dan operator KA lainnya (hanya pranala).