Stasiun ini hanya memiliki dua jalur kereta api dengan jalur 1 merupakan sepur lurus.
Dahulu, stasiun ini memiliki empat jalur kereta api. Saat itu, jalur 4 berada di sebelah timur jalur 3—saat ini menjadi ruko stasiun dan kantor jasa ekspedisi pengiriman barang yang dikelola oleh PT Herona Express dan PT KA Logistik. Selain itu, jalur 4 dahulu merupakan jembatan timbang dan depo kereta api, tetapi jalur tersebut dihilangkan saat pengoperasian depo dipindahkan ke Stasiun Malang sejak tahun 1990-an.
Dahulu, terdapat dua stasiun dengan nama "Kepanjen" pada zaman kolonial Belanda, yaitu Stasiun Kepanjen milik Staatsspoorwegen (SS) dan milik Malang Stoomtram Maatschappij (MS) untuk pengoperasikan trem uap—berlokasi di belakang Masjid Agung Baiturrahman Kepanjen (saat ini menjadi SMP Islam). Trem tersebut merupakan transportasi antardesa/kecamatan, baik angkutan orang maupun barang/rempah-rempah hasil rampasan Belanda.[3] Saat itu, trem tersebut melayani jalur kereta api Kepanjen–Gondanglegi; jalur tersebut telah dinonaktifkan oleh pekerja romusa Jepang pada tahun 1943 dan tidak dicatat dalam daftar Nama, Kode, dan Singkatan Stasiun dan Perhentian koleksi Totok Purwo.[4][5]
Layanan kereta api
Berikut ini adalah layanan kereta api yang berhenti di stasiun ini sesuai Gapeka 2023.[6]
Untuk melihat daftar stasiun secara lengkap, dapat mengklik "(Kategori/Daftar)" pada masing-masing daerah atau pranala artikel. Templat ini meringkas daftar stasiun yang dioperasikan oleh KAI (hanya stasiun utama yang diswakelola oleh perusahaan induk) dan operator KA lainnya (hanya pranala).