Awalnya stasiun ini memiliki tiga jalur kereta api dengan jalur 2 merupakan sepur lurus. Setelah jalur ganda pada petak stasiun ini hingga Stasiun Petarukan resmi dioperasikan mulai 30 Oktober 2008[4] dan kemudian segmen hingga Stasiun Larangan mulai 9 September 2009,[5] jalur 2 dijadikan sebagai sepur lurus untuk arah Semarang saja, jalur 3 dijadikan sebagai sepur lurus hanya untuk arah Cirebon, dan jalur 4 ditambahkan di sisi utara stasiun sebagai sepur belok baru. Selain itu, ditambahkan kanopi yang diyakini merupakan pindahan dari Stasiun Demak,[6] sehingga tampak sebagai stasiun yang cukup besar.
Keunikan stasiun ini adalah diperdengarkannya lagu Ande-ande Lumut versi instrumental setiap kali terjadi kedatangan, keberangkatan, dan penyusulan antarkereta api.
Layanan kereta api
Berikut ini adalah layanan kereta api yang berhenti di stasiun ini sesuai Gapeka 2023.[7]