Muhadjir menempuh pendidikan sarjana muda di IAIN Malang, kemudian meraih gelar sarjana di IKIP Negeri Malang (saat ini menjadi Universitas Negeri Malang). Ia lalu menempuh pendidikan pascasarjanaUniversitas Gadjah Mada dengan gelar Magister Administrasi Publik (MAP) pada tahun 1996. Kemudian pada 2008, Muhadjir berhasil menyelesaikan pendidikan strata tiga bidang sosiologi militer di Program Doktor Universitas Airlangga. Selain itu dia juga beberapa kali mengikuti kursus di luar negeri antara lain di National Defence University, Washington, D.C. pada tahun 1993, dan di Victoria University, British Columbia, Kanada pada tahun 1991. Muhadjir saat ini tercatat sebagai Guru Besar Sosiologi Jurusan Pendidikan Luar Sekolah Fakultas Ilmu Pendidikan Universitas Negeri Malang. Selain itu, ia juga menjadi pengajar di Direktorat Pascasarjana Universitas Muhammadiyah Malang[2] pada bidang Sosiologi.
Sejak 2015, Muhadjir menjadi Ketua Pimpinan Pusat Muhammadiyah periode 2015 sampai 2020. Muhadjir pernah mendapatkan tanda jasa yaitu Satayalancana Karya Satya XX pada 2010. Ia menduduki jabatan sebagai rektor di UMM sebanyak tiga kali. Muhadjir menjabat sebagai rektor pada periode 2000–2004, 2004–2008, dan periode 2008–Februari 2016. Selain itu, Muhadjir juga aktif menulis sejumlah buku di antaranya Bala Dewa, Seperti Menyaksikan Dahlan Muda, dan juga Muhammadiyah dan Pendidikan di Indonesia. Semasa muda, Muhadjir aktif sebagai wartawan kampus hingga mendirikan surat kabar kampus UMM, BESTARI pada 1986. Ia pernah menjabat sebagai Ketua Umum Persatuan Wartawan Indonesia Perwakilan Malang Raya, dan juga merupakan penulis artikel lepas di beberapa media massa nasional.[3]
Ketua Pimpinan Pusat Muhammadiyah Periode 2015-2020 (Bidang Pendidikan Tinggi, Penelitian dan Pengembangan)
Anggota Dewan Riset Daerah (DRD) Jawa Timur: 2014–sekarang
Anggota Tim Visi Indonesia Berkemajuan, Pimpinan Pusat Muhammadiyah: 2014
Wakil Ketua Pengurus Pusat Himpunan Indonesia untuk Pengembangan Ilmu-Ilmu Sosial (HIPIIS): 2013–2017
Ketua Perhimpunan Keluarga Besar Pelajar Islam Indonesia (PKB-PII) Jawa Timur: 2012–2016
Ketua Umum Pengurus Pusat Badan Kerjasama Perguruan Tinggi Islam Swasta (BKS-PTIS): 2011–2014
Penasehat Persatuan Wartawan Indonesia (PWI) Perwakilan Malang Raya: 2011–2014
Anggota Dewan Pakar Ikatan Cendekiawan Muslim se-Indonesia (ICMI) Jawa Timur: 2010–2015
Penasehat Badan Pengurus Cabang Perhimpunan Hotel dan Restoran Indonesia Kabupaten Malang: 2010–2015
Pembina Badan Pembina Olahraga Mahasiswa Indonesia (BAPOMI) Provinsi Jawa Timur: 2010–2014
Anggota Dewan Pembina Ma’arif Institute for Culture and Humanity: 2010–sekarang
Penasehat Ikatan Sarjana Administrasi Pendidikan Jawa Timur: 2010–sekarang
Penasehat Perhimpunan Hubungan Masyarakat Indonesia, Malang Raya: 2009–2012
Dewan Penasehat Persatuan Wartawan Indonesia (PWI) Malang Raya: 2008–2011
Badan Narkotika Nasional Republik Indonesia. Penasehat Panitia Kegiatan Sosialisasi P4GN (Pencegahan, Pemberantasan, Penyalahgunaan dan Peredaran Gelap Narkoba) Dan Penyuluhan Sadar Narkoba Untuk 1000 Anggota Indonesia Lawyer Club, 25 Januari 2007, Surabaya
Anggota Badan Pelaksana Harian Pendidikan Ulama Tarjih Muhammadiyah (PUTM) PP. Muhammadiyah, tahun 2006–2011
Ketua Litbang Tapak Suci Putera Muhammadiyah, tahun 2006–2011
Anggota Majelis Tarjih dan Tajdid PP Muhammadiyah, tahun 2005–2010
Wakil Ketua Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Jawa Timur, tahun 2005–2010
Ketua Bidang Kemahasiswaan Badan Kerjasama Perguruan Tinggi Islam Swasta Se-Indonesia (BKS-PTIS), tahun 2005–2009
Wakil Ketua Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Jawa Timur, tahun 2000–2005
Ketua Badan Pendidikan Kader/Pembina Angkatan Muda Muhammadiyah (BPK/P-AMM) Muhammadiyah Wilayah Jawa Timur, tahun 1997–2001
Wakil Ketua Badan Pendidikan Kader/Pembina Angkatan Muda Muhammadiyah (BPK/P-AMM), PP Muhammadiyah, tahun 1995–2000
Ketua Team Pembinaan Mahasiswa Perguruan Tinggi Muhammadiyah, Majelis DIKTI-LITBANG PP Muhammadiyah, tahun 1986–1994
Ketua Bidang Cendekiawan DPD Golkar Malang, tahun 1984–1989
Ketua Umum Himpunan Mahasiswa Islam (HMI) cabang Malang, tahun 1980
Ketua Bidang Pendidikan KNPI Kodya Malang, tahun 1978–1983
Ketua Pelajar Islam Indonesia (PII) Daerah Malang, tahun 1978
Anggota Tapak Suci Putra Muhammadiyah, tahun 1975-1980[4]