Stasiun berperon pulau ini memiliki empat jalur kereta api tanpa wesel silang. Empat jalur merupakan pertemuan sepasang jalur ganda dari arah barat laut (Kampung Bandan-Jakarta Kota/Angke) dan timur laut (Tanjung Priok). Dari situ, semua jalurnya bergerak ke selatan menuju Jatinegara. Jalur ke arah Stasiun Kemayoran merupakan jalur dwiganda. Jalur rel ke Tanjung Priok kini sudah bersih, tak seperti tahun-tahun sebelumnya. Walaupun jalur ke Tanjung Priok difasilitasi dengan kabel LAA, jalur ini tidak melayani KRL Commuter Line dan hanya melayani perjalanan KA Peti Kemas dari dan ke Stasiun Tanjung Priok atau Stasiun Pasoso.
Peron stasiun ini sudah ditinggikan dan dipanjangkan serta ditambahkan atap kanopi di atasnya agar para pengguna KRL tidak kepanasan maupun basah kuyup kehujanan. Didepan stasiun ini terdapat banyak pedagang kaki lima, sehingga penumpang KRL yang turun disini bisa singgah untuk makan sembari menunggu angkutan umum.
C06
P Lantai peron
Jalur 4
←
Jalur berjalan langsung kereta api ke arah Tanjung Priok
Jalur 3
Jalur berjalan langsung kereta api ke arah Kemayoran
^Sugiana, A.; Lee, Key-Seo; Lee, Kang-Soo; Hwang, Kyeong-Hwan; Kwak, Won-Kyu (2015). "Study on Interlocking System in Indonesia"(PDF). Nyeondo Hangugcheoldohaghoe Chungyehagsuldaehoe Nonmunjib (Korean Society for Railway) (46). Diarsipkan(PDF) dari versi asli tanggal 2020-02-27. Diakses tanggal 2020-05-09.
