Sejak pengoperasian jalur ganda Yogyakarta–Solo, ruas Srowot–Ketandan per 2001 dan selesai di ruas Brambanan–Delanggu pada 15 Desember 2003, stasiun ini memiliki lima jalur kereta api dengan jalur 2 dan 3 merupakan sepur lurus serta jalur 5 merupakan jalur parkir KA barang.[4][5] Bangunan lama stasiun tetap dipertahankan. Peron stasiun dibuat tinggi.[6]
Untuk mendukung pengoperasian jalur ganda, sistem persinyalan mekanik di stasiun ini diganti dengan sistem persinyalan elektrik buatan PT Len Industri (Persero) yang sudah dipasang sejak tahun 2013 dan kemudian mulai dioperasikan pada 12 Februari 2019.[7][8]
Sejak 10 Februari 2021, bertepatan dengan berlakunya grafik perjalanan kereta api tahun 2021, stasiun ini bersama dengan tiga stasiun lain (Stasiun Gawok, Stasiun Delanggu, dan Stasiun Srowot) mulai melayani penumpang KRL Lin Yogyakarta.[9]
^Subdit Jalan Rel dan Jembatan (2004). Buku Jarak Antarstasiun dan Perhentian. Bandung: PT Kereta Api (Persero).
^PT Kereta Api Indonesia (Persero) (2018). Selayang Pandang Daop 6 Yogyakarta(PDF). e-PPID PT Kereta Api Indonesia. Diarsipkan dari versi asli(PDF) tanggal 2020-10-07. Diakses tanggal 2020-10-05.Parameter |url-status= yang tidak diketahui akan diabaikan (bantuan)
^Mohamad, Ardyan (21 Juni 2013). "Kalahkan Siemens, BUMN Elektronik Raup Pendapatan Rp23 Triliun". Merdeka.com. Diakses tanggal 5 Oktober 2017. Saat ini, masih ada pesanan proyek dari Kemenhub untuk menggarap persinyalan kereta di jalur Jogja-Solo, Duri-Tangerang, dan Parung-Maja.