Ke arah timur dari stasiun ini, tepatnya beberapa meter sebelum memasuki Stasiun Tanjung Priuk, terdapat percabangan rel menuju Pasoso-Depot Pertamina Cilincing. Jalur yang menuju Depot Pertamina sudah ditutup sejak tahun 1990-an, di jalur 4 dahulu terdapat wesel menuju gardu listrik namun kini telah dicabut, sedangkan jalur yang menuju Pasoso/Pelabuhan Tanjung Priok masih aktif untuk aktivitas bongkar muat angkutan peti kemas/kontainer.
Mulai tanggal 25 Juni2016 Stasiun Ancol diaktifkan kembali dan sampai saat ini hanya melayani perjalanan KRL relasi Jakarta Kota-Tanjung Priuk PP.
[3]
Pemerintah Provinsi DKI Jakarta telah mengusulkan pembangunan stasiun baru, yaitu Stasiun JIS, di petak jalan antara stasiun ini dengan stasiun Tanjung Priuk. Usul ini sedang dibahas bersama dengan Ditjen Perkeretaapian. Stasiun tersebut akan dibangun untuk menunjang akses menuju Jakarta International Stadium, serta terintegrasi dengan perpanjangan Lin 1 LRT Jakarta.[4]
Tata letak
Stasiun ini memiliki empat jalur kereta api tanpa memiliki sepur belok sama sekali; terdiri dari jalur dwiganda dengan jalur ganda di sisi utara yang mengarah dari Jakarta Kota-Kampung Bandan dan jalur ganda di sisi selatan yang mengarah dari Rajawali.