Pemberontakan PKI 1948
Bagian dari Revolusi Nasional Indonesia
Sekelompok orang yang diborgol ditahan oleh TNI, Madiun, September 1948
Tanggal 18 September – 19 Desember 1948 Lokasi Madiun dan Magetan, Jawa Timur Status Kemenangan Indonesia Pemberontakan ditumpas
Pihak terlibat
Indonesia TNI POLRI	Front Demokrasi Rakyat PKI PSI PBI SOBSI Pesindo
Tokoh dan pemimpin
Soekarno Mohammad Hatta Soedirman Gatot Soebroto Abdul Haris Nasution	Musso  Amir Sjarifoeddin  D.N. Aidit M.H. Lukman Njoto
Korban
1.920 tewas (termasuk warga sipil) di Madiun 108 tewas (termasuk warga sipil) di Magetan[1]	tidak diketahui terbunuh 24.000–35.000 Pemberontak ditangkap[2][3]

Bagian dari seri mengenai
Sejarah Indonesia
Prasejarah Manusia Jawa 1.000.000 BP Manusia Flores 94.000–12.000 BP Bencana alam Toba 75.000 BP Kebudayaan Buni 400 SM
Kerajaan Hindu-Buddha Kerajaan Kutai 400–1635 Kerajaan Tarumanagara 450–900 Kerajaan Kalingga 594–782 Kerajaan Melayu 671–1347 Kerajaan Sriwijaya 671–1028 Kerajaan Sunda 662–1579 Kerajaan Galuh 669–1482 Kerajaan Mataram 716–1016 Kerajaan Bali 914–1908 Kerajaan Kahuripan 1019–1045 Kerajaan Janggala 1045–1136 Kerajaan Kadiri 1045–1221 Kerajaan Singasari 1222–1292 Kerajaan Majapahit 1293–1478
Kerajaan Islam Penyebaran Islam 800–1600 Kesultanan Peureulak 840–1292 Kerajaan Haru 1225–1613 Kesultanan Ternate 1257–1914 Kesultanan Samudera Pasai 1267–1521 Kerajaan Kaimana 1309–1963 Kesultanan Gowa 1320–1905 Kesultanan Limboto 1330–1863 Kerajaan Pagaruyung 1347–1833 Kesultanan Brunei 1368–1888 Kesultanan Gorontalo 1385–1878 Kesultanan Melaka 1405–1511 Kesultanan Sulu 1405–1851 Kesultanan Cirebon 1445–1677 Kesultanan Demak 1475–1554 Kesultanan Bolango 1482–1862 Kesultanan Aceh 1496–1903 Kesultanan Banten 1526–1813 Kesultanan Banjar 1526–1860 Kerajaan Kalinyamat 1527–1599 Kesultanan Johor 1528–1877 Kesultanan Pajang 1568–1586 Kesultanan Mataram 1586–1755 Kerajaan Fatagar 1600–1963 Kesultanan Jambi 1615–1904 Kesultanan Bima 1620–1958 Kesultanan Palembang 1659–1823 Kesultanan Sumbawa 1674–1958 Kesultanan Kasepuhan 1679–1815 Kesultanan Kanoman 1679–1815 Kesultanan Siak 1723–1945 Kesunanan Surakarta 1745–1946 Kesultanan Yogyakarta 1755–1945 Kesultanan Kacirebonan 1808–1815 Kesultanan Deli 1814–1946 Kesultanan Lingga 1824–1911
Kerajaan Kristen Kerajaan Bolaang Mongondow 1320–1950 Kerajaan Larantuka 1515–1904 Kerajaan Siau 1510–1956 Kerajaan Sikka Kerajaan Manado 1500–1670 Kerajaan Tagulandang 1570–1942 Kerajaan Manganitu 1600–1944
Kolonialisme Eropa Portugis 1512–1850 VOC 1602–1800 Jeda kekuasaan Prancis dan Britania 1806–1815 Hindia Belanda 1800–1949
Kemunculan Indonesia Kebangkitan Nasional 1908–1942 Pendudukan Jepang 1942–1945 Revolusi Nasional 1945–1949
Kemerdekaan Hari Patriotik 23 Januari 1942 1942 Revolusi Nasional Indonesia 1945–1949 Masa Kemerdekaan 1945–1949 Republik Indonesia Serikat 1949–1950 Demokrasi Liberal 1950–1959 Demokrasi Terpimpin 1959–1965 Transisi 1965–1966 Orde Baru 1966–1998 Reformasi 1998–sekarang
Menurut topik Arkeologi Mata uang Ekonomi Militer
Garis waktu
Portal Indonesia
l b s

Pemberontakan PKI 1948 adalah konflik bersenjata antara pemerintah Republik Indonesia dan kelompok oposisi sayap kiri yaitu Front Demokrasi Rakyat (FDR) selama Revolusi Nasional Indonesia.^[4] Front Demokrasi Rakyat terdiri atas Partai Komunis Indonesia, Partai Sosialis, Partai Buruh Indonesia, SOBSI dan Pesindo. Konflik ini dimulai pada tanggal 18 September 1948 di Madiun, Jawa Timur, dan berakhir tiga bulan kemudian ketika sebagian besar pemimpin dan anggota FDR ditahan dan dieksekusi oleh pasukan TNI.

Pendapat mengenai pemicu konflik berbeda-beda. Menurut Kreutzer, jatuhnya kabinet Amir Sjarifoeddin pada Januari 1948 merupakan cikal bakal Peristiwa Madiun.^[5] Sebelumnya, pada pertengahan tahun 1947, Partai Sosialis terpecah menjadi dua faksi; satu faksi dipimpin oleh Amir Sjarifoeddin dan faksi yang lebih kecil dipimpin oleh Sutan Sjahrir. Oposisi kelompok Sjarir semakin besar karena Sjarifoeddin sangat menekankan keselarasan mereka dengan Rusia dan kesejahteraan kelas.^[6] Sjahrir percaya bahwa doktrin Marxis tentang kesejahteraan kelas tidak dapat diterapkan di masyarakat Indonesia karena tidak ada borjuasi Indonesia seperti itu, dan bahwa Indonesia harus mempertahankan netralitas positif, sehingga Indonesia dapat berkontribusi pada perdamaian dunia. Mereka benar-benar berpisah segera setelah pembentukan kabinet presidensial Hatta.^[6]

Masa jabatan perdana menteri Sjarifoeddin berakhir pada 28 Januari 1948. Sebelumnya, Sjahrir, Dr. Leimena, dan beberapa aktivis politik mendekati Hatta dan memintanya menjadi perdana menteri berikutnya. Hatta setuju dengan syarat mendapat dukungan PNI dan Masyumi. Didorong oleh kebutuhan untuk membentuk kabinet dengan dukungan nasional (baik sayap kanan maupun sayap kiri), Hatta menawarkan kepada fraksi Sjarifoeddin beberapa posisi di kabinet.^[7] Mereka menolak tawaran Hatta dan menuntut posisi kunci, termasuk posisi Sjarifoeddin sebagai Menteri Pertahanan (Dalam kabinet sebelumnya, Sjarifoeddin adalah Perdana Menteri dan Menteri Pertahanan) sebagai imbalan atas dukungan mereka terhadap pemerintahan Hatta.^[8] Perundingan gagal, dan pada 31 Januari 1948, Hatta akhirnya membentuk kabinet tanpa golongan sayap kiri.^[9] Dua orang anggota Partai Sosialis dimasukkan ke dalam kabinet atas permintaan kuat Sjahrir. Sjahrir dan kedua anggota kabinet itu dikeluarkan dari Partai Sosialis dan membentuk partai mereka sendiri yang disebut Partai Sosialis Indonesia (PSI). Partai baru ini segera memberikan dukungannya kepada pemerintahan Hatta. Program pemerintahan Hatta didasarkan pada dua prioritas; pelaksanaan Perjanjian Renville, dan rasionalisasi tentara Indonesia.^[10]

Golongan sayap kiri (tanpa faksi Sjahrir) secara bertahap masuk ke oposisi. Pada awalnya mereka mencoba untuk mendapatkan tempat di pemerintahan dengan menunjukkan kesediaan untuk bekerja sama. Namun, upaya mereka gagal ketika menghadapi kenyataan pahit bahwa tidak ada anggota fraksi yang masuk dalam kabinet. Pada rapat massa di Surakarta pada tanggal 26 Februari 1948, Golongan sayap kiri mengalami reorganisasi dan muncul sebagai Front Demokrasi Rakyat (FDR) yang dipimpin oleh Amir Sjarifoeddin yang terdiri dari Partai Sosialis, PKI, PBI, Pesindo, dan federasi serikat buruh SOBSI. Beberapa minggu kemudian setelah pertemuan itu, program FDR berubah secara radikal. Program baru tersebut antara lain memerintahkan:

1. Penentangan Perjanjian Renville;
2. Penghentian perundingan dengan Belanda;
3. Nasionalisasi semua perusahaan asing.

Penentangan kuat mereka terhadap kabinet Hatta jelas terlihat dari tujuan pertama program tersebut. Sementara tujuan utama kabinet Hatta adalah untuk melaksanakan perjanjian Renville, FDR adalah untuk menolaknya.^[11][12]

FDR memiliki dua basis kekuatan utama: di dalam tentara dan di antara buruh. Dalam kapasitasnya sebagai Menteri Pertahanan dari 3 Juli 1947 hingga 28 Januari 1948, Sjarifoeddin telah berhasil membangun oposisi pribadi yang kuat di dalam tubuh Angkatan Darat.^[13] Ia mampu mengamankan loyalitas perwira di angkatan darat TNI. Perwira-perwira militer yang setia itu sering kali mengetahui lokasi sejumlah senjata dan amunisi yang disimpan di daerah pegunungan untuk mengantisipasi aksi militer Belanda selanjutnya. Yang lebih penting lagi adalah posisi kuat yang dibangun Sjarifoeddin sendiri di dalam organisasi pelengkap Angkatan Darat yang dinamakan TNI-Masjarakat. Didirikan pada awal Agustus 1947 (ketika Sjarifoeddin menjadi Perdana Menteri), organisasi ini bertujuan untuk menyelenggarakan pertahanan rakyat secara lokal untuk mendukung tentara.^[14] Meskipun TNI adalah organisasi nasional, TNI-Masjarakat yang dipimpin oleh Kolonel Djoko Sujono adalah organisasi militer berbasis lokal.^[15] Jelas bahwa selama kepemimpinannya, Sjarifoeddin berhasil membangun organisasi militer nasional dan lokal yang kuat yang siap menghadapi Belanda.

Selain itu, FDR jelas memiliki posisi dominan di dalam SOBSI (Sentral Organisasi Buruh Seluruh Indonesia), yang sejauh ini merupakan organisasi buruh terbesar di Indonesia. Anggota organisasi ini sebagian besar adalah buruh perkotaan dan perkebunan dengan Republik, dan anggotanya diperkirakan antara 200.000 dan 300.000.^[14]

Dari sudut pandang pemerintah Indonesia, rasionalisasi merupakan solusi dari masalah ekonomi dengan mengurangi jumlah kekuatan militer. Sebulan setelah pembentukan kabinetnya, Hatta memulai program rasionalisasi berdasarkan Keputusan Presiden No.9 tahun 1948. Tujuan utama dari rasionalisasi tersebut adalah untuk menata kembali organisasi-organisasi militer dan untuk memobilisasi tenaga kerja produktif dari sektor pertahanan ke sektor produksi. Menurut Hatta, ada tiga cara untuk mencapai tujuan tersebut;

1. Demobilisasi perwira militer yang ingin kembali ke pekerjaan sebelumnya (guru, pegawai swasta),
2. Mengirim perwira militer kembali ke kementerian pembangunan dan pemuda,
3. Demobilisasi ratusan perwira militer untuk kembali ke masyarakat desa.^[16]

Pada tahun 1948, Republik Indonesia menghadapi situasi kritis di mana terjadi pasokan tenaga kerja yang berlebihan karena pengungsi yang sangat besar melarikan diri ke Republik dari daerah-daerah yang dikuasai Belanda seperti Surabaya (berdekatan dengan Madiun, Surabaya saat itu masih di bawah penjajahan Belanda). Selain itu, setidaknya ada 200.000 tentara berlebih di Republik sementara jumlah senjata dan amunisi mereka tidak mencukupi. Untuk mengantisipasi masalah-masalah kritis ekonomi, militer, dan politik yang muncul dari situasi ini, Hatta dan kabinetnya segera memutuskan untuk memulai program rasionalisasi. Pada tahap awal reorganisasi, ada 160.000 tentara yang tersisa. Program ini diharapkan hanya menyisakan 57.000 tentara reguler pada akhirnya.^[17]

Pada tanggal 15 Mei 1948, TNI-Masjarakat salah satu basis utama kekuatan FDR didemobilisasi.^[18] Perwira militer yang berorientasi Barat dan pro-pemerintah menginginkan tentara yang lebih kecil, lebih disiplin, dan lebih dapat dipercaya di bawah kepemimpinan mereka. Mereka memandang TNI-Masjarakat sebagai organisasi militer yang kurang terlatih dan tidak berpendidikan yang sangat terkait dengan organisasi komunis. Pemerintah menginginkan Angkatan Darat dipimpin oleh perwira profesional yang telah menjalani pelatihan militer yang serius. Dua organisasi militer pro-pemerintah, Divisi Siliwangi Jawa Barat dan Korps Polisi Militer secara resmi diakui dan diberi status hukum.^[19] Demobilisasi TNI-Masjarakat berarti pengaruh FDR di pemerintahan semakin melemah dan ini memperdalam kebencian FDR terhadap pemerintah. Dari sudut pandang FDR, rasionalisasi merupakan upaya untuk menghancurkan kekuasaan FDR.

FDR bukan satu-satunya kelompok yang menentang rasionalisasi Hatta. Di antara satuan militer yang mulai menentang pemerintahan Hatta adalah Divisi IV, yang lebih dikenal dengan Divisi Senopati, yang ditempatkan di Solo dan ditempatkan di bawah komando Kolonel Sutarto.^[20] Seperti FDR, Divisi IV juga kecewa dengan rasionalisasi Hatta dan memprotes program tersebut pada tanggal 20 Mei 1948. Keputusan Hatta untuk memasukkan Divisi IV ke dalam Divisi I akan menempatkan Kolonel Sutarto pada posisi perwira cadangan.^[21] Sutarto dan prajuritnya mengabaikan instruksi itu dan mulai mengatur kembali divisi mereka sendiri. Mereka mengubah Divisi IV menjadi satuan militer siap tempur yang mendapat dukungan dari mayoritas penduduk Solo dan pengikut FDR. Mereka menamakan unit ini Divisi Pertempuran Panembahan Senopati. Sutarto dibunuh secara misterius pada 2 Juli 1948. Bagi mereka yang pro-FDR, pembunuhan ini dianggap sebagai bagian dari program rasionalisasi Hatta.^[22]

Kecewa dengan rasionalisasi Hatta, FDR/PKI mulai mencari dukungan dari petani dan buruh dengan mengadvokasi reformasi pertanahan dan mengorganisir pemogokan buruh.^[23] Salah satu basis kekuatan utama FDR/PKI adalah SOBSI. Sangat didominasi oleh komunis, SOBSI mengorganisir sejumlah pemogokan untuk memprotes pemerintah. Pemogokan paling penting terjadi di Solo. Buruh perkebunan memprotes pemerintah sebagai tanggapan atas memburuknya kondisi ekonomi menyusul blokade ekonomi oleh Belanda dan kegagalan pemerintah untuk menghilangkan feodalisme dan menghentikan operasi spekulatif pasar gelap.^[24] Pemogokan di areal tebangan Delanggu diorganisir oleh SARBUPRI (serikat buruh perkebunan yang berorientasi komunis), dan sekitar 20.000 buruh mogok selama sekitar 35 hari. Pemerintah menuduh para pemimpin FDR dan SARBUPRI membahayakan Republik dengan mengorganisir pemogokan. Mereka menanggapi tuduhan ini dengan mengatakan bahwa pemerintahlah yang membahayakan Republik dengan kebijakan ekonominya yang tidak efektif dan tidak tepat. Yang diinginkan oleh para pemimpin FDR dan SOBSI dari pemerintah adalah implementasi yang lebih baik dari regulasi dan reformasi agraria yang ada.^[25] Pemogokan berakhir pada tanggal 18 Juli 1948, dengan pemerintah bersedia menerima permintaan buruh untuk tekstil dan beras sepanjang dua meter yang akan diberikan setiap bulan di samping gaji mereka.^[26]

Peristiwa Madiun harus ditempatkan dalam konteks internasional di mana dua negara adidaya berperan dalam pengambilan keputusan pemerintah Indonesia. Suripno adalah seorang komunis muda yang menjadi wakil Republik Indonesia pada Kongres Federasi Pemuda Demokratis Dunia di Praha tahun 1947. Ia juga diberi mandat untuk menghubungi Uni Soviet. Pada Januari 1948, ia bertemu dengan seorang duta besar Rusia dan membahas hubungan konsuler masa depan antara Rusia dan Indonesia.^[27] Pemerintah Soviet akhirnya mengambil inisiatif dengan memberi tahu Suripno bahwa Perjanjian Konsuler telah diperbaiki.^[28] Alih-alih menerima perjanjian itu, pemerintah Hatta memutuskan untuk menghentikan hubungan bilateral. Suripno kemudian diminta kembali ke Indonesia. Pada tanggal 11 Agustus 1948 Suripno tiba di Jogjakarta dengan sekretarisnya yang ternyata adalah Musso, seorang tokoh komunis senior Indonesia. Saat dimintai laporan resmi kepada Menteri Luar Negeri Haji Agus Salim, Suripno memuji sikap politik Rusia yang selalu mengakui Indonesia sebagai negara berdaulat.^[29]

Hatta berulang kali menolak Perjanjian Konsuler karena cenderung mencari bantuan kepada kekuasaan Amerika Serikat. Pada 21 Juli, Soekarno, Hatta, Menteri Dalam Negeri, Menteri Penerangan, dan perwakilan AS mengadakan pertemuan di sebuah hotel di Sarangan, Madiun. Belanda dan AS memiliki tujuan yang sama yaitu menguasai sumber daya alam. Pada 17 September, Menteri Luar Negeri Belanda menyatakan bahwa ekspansi komunis di Indonesia merupakan hambatan utama bagi kekuatan barat untuk memperoleh sumber daya. Belanda ingin AS percaya bahwa Indonesia adalah benteng komunis. AS memutuskan untuk memasukkan Hatta dan asosiasinya dalam satu front anti-komunis internasional yang akan didirikan di Asia Timur dan Tenggara untuk menantang Uni Soviet. Upaya Belanda untuk mengembalikan kekuasaannya atas Indonesia, dengan membawa para pemimpin Indonesia dan perwakilan AS ke dalam konflik gagal.^[30]

Kembalinya Musso menjadi katalisator Peristiwa Madiun.^[31] Soekarno secara resmi mengundang Musso di istana kepresidenannya di Jogjakarta. Menurut laporan wartawan, pertemuan itu sangat emosional. Mereka saling berpelukan dan mata mereka dipenuhi air mata. Musso sebenarnya adalah senior politik Soekarno dan mereka adalah teman baik ketika mereka tinggal di Surabaya.^[32]

Kembalinya Musso menjadi titik balik perjalanan politik FDR. Selama konferensi partai pada tanggal 26-27 Agustus 1948, mereka mengadopsi garis politik baru. Mereka membentuk badan baru yang terdiri dari partai-partai sayap kiri. Anggota biro politik baru ini adalah pimpinan FDR (Maruto Darusman, Tan Ling Djie, Harjono, Setiadjit, Djoko Sujono, Aidit, Wikana, Suripno, Amir Sjarifoeddin, dan Alimin) dengan Musso sebagai ketua. Pengangkatan kembali ini dijadikan alasan yang sah oleh musuh-musuh FDR/PKI untuk melancarkan "kampanye anti-PKI". Pemerintah menyiapkan beberapa strategi untuk menghilangkan Komunis. Salah satu tuduhan terbesar pemerintah adalah bahwa Musso mempromosikan keterlibatan Republik dalam konflik Soviet-Amerika.^[33]

Para pemimpin FDR melakukan perjalanan propaganda ke Jawa Tengah dan Jawa Timur. Tujuan utama mereka adalah untuk mempromosikan ide-ide politik Musso. Pemimpin PKI lainnya tetap berada di Jogjakarta mencoba berunding dengan pemimpin PNI dan Masyumi untuk membentuk kabinet baru yang akan mencakup perwakilan FDR.^[34] Situasi di dalam FDR masih kacau balau bahkan setelah penyatuan beberapa kekuatan politik. Misalnya, beberapa anggota PKI dan Partai Sosialis di Bojonegoro menentang keputusan rapat tanggal 26-27 Agustus 1948. Sebagai struktur baru, FDR secara teknis tidak cukup kuat untuk menghadapi tantangan dari luar.^[34]

Selama periode ini, terjadi bentrokan kecil yang melibatkan kelompok militer pro-Hatta di satu sisi dan kelompok bersenjata pro-FDR di sisi lain.^[34] Setelah pembunuhan Kolonel Sutarto, perkembangan politik di Solo semakin intens. Munculnya Divisi Siliwangi yang loyal kepada pemerintah dan anti-kiri,^[35] juga menjadi salah satu penyebab ketidakstabilan politik di Solo yang menjadi basis Divisi Senopati. Kekuatan FDR mulai berkurang setelah beberapa kasus pembunuhan dan penculikan perwira kiri.^[36] Kreutzer memberikan contoh kasus penculikan dan pembunuhan pada minggu-minggu sebelum Peristiwa Madiun. Pada 1 September, dua anggota PKI Solo diculik dan kemudian diinterogasi tentang kegiatan dan organisasi PKI di Solo. Namun pada hari yang sama, anggota Pesindo menculik beberapa pemimpin pro-pemerintah. Mereka dituduh menculik anggota PKI.^[37] Enam hari kemudian, pada tanggal 7 September, hampir semua perwira dan sejumlah prajurit berpangkat rendah Tentara Laut Republik Indonesia (TLRI, Angkatan Laut Republik) pimpinan Komandan Yadau diculik dan dibawa ke markas Divisi Siliwangi, sebuah unit militer pro-pemerintah. Pada tanggal 9 September, Suadi, penerus Sutarto sebagai Panglima Divisi Senopati, memperoleh persetujuan resmi Panglima TNI Soedirman untuk menyelidiki pembunuhan dan penculikan orang di Jogjakarta dan Solo. Namun tak lama setelah penyelidikan dimulai, sejumlah petugas yang diberi perintah untuk menginterogasi para tersangka juga diculik. Pada 13 September di Blitar, Malang Selatan, satuan pemerintah menangkap sejumlah anggota Pesindo. Pada 16 September, markas Pesindo diserang. Solo, kota kedua Republik setelah Jogjakarta, menjadi tempat konflik yang kompleks antara pemerintah dan kelompok kiri selama dua minggu pertama bulan September.^[35][37]

Solo sekarang didominasi oleh sayap kanan pro-pemerintah. Hal ini menjadikan Madiun sebagai FDR benteng penting terakhir setelah Jogjakarta dan Solo dikuasai oleh Republik Indonesia, dan Surabaya berada di bawah kendali Belanda. Sayangnya, kelompok antikomunis dan pemerintah pro-Hatta sudah menyusup ke Madiun sejak awal September.^[38]

Khawatir dengan apa yang terjadi di Solo, para pemimpin FDR lokal di Madiun mulai merasa tidak nyaman dan mereka melaporkan hal ini kepada para pemimpin FDR di Kediri. Kemudian ia mendapat perintah untuk melucuti senjata para agitator di Madiun untuk menghindari kemungkinan pertumpahan darah di daerah tersebut. Pukul 3 pagi tanggal 18 September 1948, FDR mulai merebut pejabat pemerintah daerah, sentral telepon, dan markas tentara dengan Soemarsono dan Djoko Sujono sebagai pemimpin operasi.^[39] Itu adalah pertempuran singkat yang berakhir dengan dua perwira setia terbunuh dan empat terluka. Dalam hitungan jam, Madiun sudah dikuasai FDR. Dua anggota FDR, Setiadjit dan Wikana, mengambil alih pemerintahan sipil dan mendirikan Front Pemerintah Nasional Daerah Madiun. Soemarsono kemudian mengumumkan melalui radio lokal, "Dari Madiun kemenangan dimulai".^[39][40]

Setelah mendengar tentang apa yang terjadi pada 18 September, Musso dan Sjarifoeddin kembali ke Madiun. Mereka segera mendiskusikan situasi dengan Soemarsono, Setiadjit, dan Wikana setibanya mereka. Pukul sepuluh malam tanggal 19 September 1948, Presiden Soekarno menyatakan bahwa pemberontakan Madiun adalah upaya untuk menggulingkan Pemerintah Republik Indonesia dan Musso telah membentuk "Republik Soviet Indonesia". Dia juga menyatakan bahwa orang Indonesia harus memilih antara dia dan Hatta atau Musso dan partai komunisnya. Soekarno diikuti oleh Sultan Hamengkubuwono IX yang memiliki pengaruh sangat kuat di kalangan masyarakat Jawa. Dalam sambutannya, Ia meminta rakyat untuk membantu Soekarno dan Hatta dan memberi mereka mandat penuh untuk menumpas gerakan komunis.^[41] Pukul 23.30 di hari yang sama, Musso membalas Soekarno. Dia menyatakan perang terhadap pemerintah Indonesia. Ia berusaha meyakinkan rakyat Indonesia bahwa Soekarno dan Hatta adalah budak Imperialisme Amerika, pengkhianat, dan pengedar Romusha.^[42] Ketegangan meningkat antara Soekarno-Hatta dan para pemimpin FDR.

Beberapa pemimpin FDR memutuskan untuk pergi ke arah yang berbeda dari Musso. Pada tanggal 20 September 1948, mereka menyatakan kesediaan mereka untuk berdamai dengan pemerintah Indonesia. Sore harinya, Kolonel Djoko Sujono, Komandan Militer di Madiun, menyiarkan melalui radio bahwa apa yang terjadi di Madiun bukanlah kudeta, tetapi merupakan upaya untuk mengoreksi kebijakan pemerintah yang "menggiring revolusi ke arah yang berbeda".^[43] Ia diikuti oleh Soemarsono, pemimpin awal pemberontakan. Soemarsono membuat pengumuman publik serupa bahwa peristiwa Madiun bukanlah kudeta, tetapi upaya untuk mengoreksi tujuan politik pemerintahan Hatta. Dalam upayanya meyakinkan pemerintah, pada tanggal 23 September 1948, Amir Sjarifoeddin menyatakan bahwa konstitusi FDR adalah negara Republik Indonesia; bendera mereka tetap merah putih; dan lagu kebangsaan mereka tetap Indonesia Raya. Pemberontakan ini menewaskan mantan Gubernur Jawa Timur Ario Soerjo, dokter pro-kemerdekaan Moewardi, serta beberapa petugas polisi dan tokoh-tokoh agama.^[44]

Pemerintah Indonesia tampaknya mengabaikan upaya beberapa pemimpin FDR untuk mengakhiri konflik.^[45] Operasi militer dipimpin oleh Kolonel Gatot Soebroto dan Nasution, dan mereka berjanji akan menyelesaikan kekacauan dalam waktu dua minggu. Hatta bersikeras untuk menghentikan pemberontakan dan merebut Madiun sesegera mungkin sebelum Belanda mulai turun tangan.^[46] Pemerintah memulai pembersihan antikomunis dari Jogjakarta dan Solo. Pada tanggal 30 September, pemerintah mengirimkan Letkol Sadikin, Brigade Divisi Siliwangi, untuk mengerahkan pasukannya dan menguasai Madiun. Untuk menghindari konflik dengan TNI, pimpinan FDR/PKI mulai mundur ke daerah pegunungan. Di bawah komando Amir Sjarifoeddin, mereka melarikan diri dari Madiun dan menuju ke sebuah desa kecil Kandangan di mana mereka dapat menemukan amunisi dan senjata (sebuah toko yang dibangun ketika Sjarifoeddin menjadi Perdana Menteri dan Menteri Pertahanan). Yang mengejutkan mereka, desa itu sudah diduduki oleh batalion Divisi Sungkono yang dipimpin oleh Mayor Sabarudin.^[47]

Pada tanggal 28 Oktober, pemerintah menangkap 1.500 orang dari unit militer pemberontak terakhir. Musso ditembak mati tiga hari kemudian pada 31 Oktober ketika dia bersembunyi di kamar kecil dan menolak untuk menyerah. Jenazahnya dibawa ke Ponorogo, untuk dipamerkan ke publik sebelum dibakar.^[48] Sebulan kemudian, pada 29 November, Djoko Sujono dan Maruto Darusman ditangkap. Sjarifoeddin menghadapi nasib yang sama ketika ditangkap pada 4 Desember.^[2] Tiga hari kemudian, pada 7 Desember 1948, Mabes TNI mengumumkan pemusnahan terakhir pemberontakan dan menyatakan bahwa sekitar 35.000 orang, sebagian besar tentara, telah ditangkap. Pada 19 Desember, Sjarifoeddin, Maruto Darusman, Djoko Sujono, Suripno dan para pemimpin FDR lainnya dieksekusi. Perkiraan korban adalah 24.000 total (8.000 di Madiun, 4.000 di Cepu dan 12.000 di Ponorogo, karena peristiwa tersebut mempengaruhi daerah tetangga).^[49]

Sementara sebagian besar pemimpin FDR/PKI ditahan dan dieksekusi, Soemarsono berhasil melarikan diri. Dia melarikan diri dari Madiun dan menuju utara ke wilayah Belanda. Dia akhirnya ditangkap oleh pasukan Belanda karena kepemilikan emas dan perbendaharaan secara ilegal. Meski awalnya pihak berwenang Belanda curiga atas keterlibatannya dalam Peristiwa Madiun, ia berhasil menipu mereka dengan menunjukkan identitas palsu. Dia dibebaskan pada 30 Juli 1949, tetapi ditangkap lagi pada 29 Oktober 1949, karena kasus penipuan identitasnya. Belanda terus menyelidiki latar belakangnya, dan pada 11 November 1949, mereka mengungkapkan identitas Soemarsono dan tindakan politiknya di Peristiwa Madiun. Pemerintah Belanda memutuskan untuk mengeksekusinya di Papua. Namun sebelum itu terjadi, Soemarsono kabur dari penjara pada 13 Desember 1949, dan berhasil lolos dari eksekusi. Ia kemudian melarikan diri ke Sumatera Utara dan tinggal di sana sebagai guru. Dia ditangkap lagi selama kampanye anti-Komunis yang diluncurkan oleh pemerintah Indonesia di bawah Soeharto pada tahun 1965.^[50]

• Gerakan 30 September
• Pembantaian di Indonesia 1965–1966