Sebelum mengumumkan skuad akhir, beberapa tim mengumumkan skuad sementara yang beranggotakan 23 hingga 33 pemain, tetapi skuad akhir beranggotakan 23 pemain harus sudah ditetapkan pada 15 Mei 2006. Penggantian untuk pemain yang cedera diperbolehkan hingga 24 jam sebelum pertandingan pertama tim di Piala Dunia. Pemain yang ditandai (c) adalah kapten tim. Informasi klub adalah yang digunakan oleh FIFA.[1]
Serhiy Fedorov (#3) terkena cedera sebelum turnamen dimulai. Penggantinya, Vyacheslav Shevchuk, juga terkena cedera segera setelah tiba sebagai pengganti. Oleksandr Yatsenko kemudian dipanggil untuk menggantikan keduanya.
^Valencia sedang dipinjamkan ke Recreativo Huelva pada saat turnamen berlangsung. "Luis Valencia". Official FIFA World Cup website. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2006-06-18. Diakses tanggal 18 June 2006.
^Reasco telah setuju untuk bergabung dengan São Paulo setelah turnamen selesai. "Neicer Reasco". Official FIFA World Cup website. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2006-06-18. Diakses tanggal 18 June 2006.
^Ballack telah setuju untuk bergabung dengan Chelsea ketika kontraknya dengan Bayern Munich berakhir pada 1 Juli. "Ballack cheered by Chelsea challenge". UEFA. Union of European Football Associations. 15 May 2006. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2006-05-26. Diakses tanggal 18 June 2006.
^Kosowski sedang dalam masa pinjaman di Southampton selama turnamen berlangsung. Ia menjadi pemain bebas transfer setelah turnamen berakhir. "Kosowski wants last farewell". football.co.uk. 25 April 2006. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2006-05-12. Diakses tanggal 18 June 2006.
^Bak menjadi pemain bebas transfer pada saat turnamen berakhir.
^Krzynówek bergabung dengan Wolfsburg setelah turnamen berakhir. "Leverkusen capture Swiss starlet". UEFA. Union of European Football Associations. 16 May 2006. Diakses tanggal 21 June 2006.
^Rasiak berstatus sedang dalam masa pinjaman di Southampton selama turnamen berlangsung, dan bergabung dengan klub tersebut secara permanen setelah turnamen berakhir. "Poland looking to add extra polish". UEFA. Union of European Football Associations. 2 May 2006. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2006-05-26. Diakses tanggal 21 June 2006.
^Żewłakow bergabung dengan Olympiacos setelah turnamen berakhir. "Iuliano returns to Italy". UEFA. Union of European Football Associations. 30 January 2006. Diakses tanggal 21 June 2006.
^Bosacki dipanggil setelah Damian Gorawski mendapat cedera dan harus dicoret dari skuad "Injuries spell late squad changes". Official FIFA World Cup website. 8 June 2006. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2006-06-28. Diakses tanggal 21 June 2006.
^Bridge sedang dalam masa pinjaman di Fulham selama turnamen berlangsung. "Nélson fit for Mersey mission". UEFA. Union of European Football Associations. 2 March 2006. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2006-05-25. Diakses tanggal 21 June 2006.
^Caniza bergabung dengan Atlas setelah turnamen berakhir.
^Larsson telah menyetujui pra-kontrak dengan Helsingborg, dan bergabung dengan mereka setelah turnamen berakhir. "Larsson looks to bow out in style". UEFA. Union of European Football Associations. 16 May 2006. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2006-07-10. Diakses tanggal 21 June 2006.
^Svensson telah setuju untuk bergabung dengan Rangers setelah turnamen berakhir. "Rangers move delights Svensson". UEFA. Union of European Football Associations. 26 May 2006. Diakses tanggal 21 June 2006.
^Källström telah setuju untuk bergabung dengan Lyon setelah turnamen berakhir. "Lyon land Swede Källström". UEFA. Union of European Football Associations. 27 May 2006. Diakses tanggal 21 June 2006.
^Hislop bergabung dengan Dallas FC setelah turnamen berakhir.
^Saviola sedang dalam masa pinjaman di Sevilla selama turnamen berlangsung.
^Scaloni was on loan to West Ham United in the run-up to the tournament
^"Petković quits in World Cup row". UEFA.com. Union of European Football Associations. 6 June 2006. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2012-07-10. Diakses tanggal 28 April 2011. Dušan Petković has withdrawn from Serbia and Montenegro's FIFA World Cup squad following accusations he was only called up due to nepotism. The 31-year-old OFK Beograd defender was drafted in as a replacement for injured striker Mirko Vučinić by coach Ilija Petković, who is also the player's father. However, he did not fly to Germany with the squad, saying 'The pressure was too much for me, my father and my team-mates.'
^Setelah Petković dicoret, Serbia dan Montenegro menjadi satu-satunya tim yang hanya mempunyai 22 pemain selama turnamen berlangsung.
^Vukić sedang dalam masa pinjaman di Partizan selama turnamen berlangsung.
^Ljuboja sedang dalam masa pinjaman di Stuttgart selama turnamen berlangsung, dan bergabung dengan mereka secara permanen setelah turnamen berakhir.
^Stojković telah setuju untuk bergabung dengan Nantes setelah turnamen berakhir.
^Ricardo menjadi pemain bebas transfer setelah turnamen berakhir.
^Akwá menjadi pemain bebas transfer setelah turnamen berakhir.
^Marques sedang dalam masa pinjaman di Hull City selama turnamen berlangsung.
^Nekounam bergabung dengan Osasuna setelah turnamen berlangsung.
^Salcido bergabung PSV Eindhoven setelah turnamen berakhir.
^Akoto tidak pernah bermain untuk Admira Wacker sejak akhir 2005 karena perselisihan kontrak, dan sedang berlatih bersama klub Austria Schwechat sebelum turnamen berlangsung.
^Asier Del Horno awalnya masuk ke skuad akhir, namun terkena cedera menjelang turnamen dimulai. Pernía bergabung dengan Atlético Madrid setelah turnamen berakhir.
^Mehdi Meriah awalnya masuk ke skuad akhir, tetapi terkena cedera seminggu sebelum turnamen berlangsung, dan digantikan oleh Guemamdia.
^Menggantikan Issam Jomaa yang terkena cedera sebelum keberangkatan.
^Saidi sedang dalam masa pinjaman di Lecce selama turnamen berlangsung.
