Márquez memulai kariernya dengan Atlas pada tahun 1996, bermain di lebih dari 70 pertandingan dengan klub itu sebelum pindah ke Prancis pada tahun 1999 bermain dengan AS Monaco, di mana ia memenangkan gelar liga. Pada tahun 2003 Márquez ditransfer ke FC Barcelona, di sana ia bermain di lebih dari 200 pertandingan dan memenangkan berbagai kejuaraan, termasuk empat gelar La Liga, tiga titel Supercopa de España, dua gelar Liga Champions UEFA, dan satu Copa del Rey, Piala Super UEFA dan trofi Piala Dunia Antarklub FIFA. Pada tahun 2006, ia menjadi pemain Meksiko pertama yang memenangkan Liga Champions saat Barcelona mengalahkan Arsenal di final. Pada tahun 2010 Márquez bergabung dengan New York Red Bulls, di mana ia menjadi tokoh kontroversial.[2][3][4] Setelah meninggalkan klub pada tahun 2012, ia pindah kembali ke Meksiko, kali ini bermain untuk Club León.
Pada tahun 2014, Marquez membuat sejarah dengan menjadi pemain pertama yang menjadi kapten tim nasional dalam empat edisi berturut-turut Piala Dunia FIFA, kapten Meksiko pada edisi turnamen tahun 2002, 2006, 2010, dan 2014.[5]
