Proses kualifikasi untuk Piala DuniaFIFA2006 diawali dengan pengundian babak awal yang dilaksanakan di Zürich pada Desember2003. 197 tim dari 6 konfederasi di bawah naungan FIFA dialokasikan untuk merebut 31 tempat yang tersedia berdasarkan kekuatan dari tim di masing–masing konfederasi.
Distribusi tempat
Distribusi tempat di putaran final adalah sebagai berikut.
Zona Asia, di bawah naungan AFC: 39 tim bertarung untuk memperebutkan 4 atau 5 tempat. (5 tempat jika berhasil mengalahkan wakil dari CONCACAF).
Zona Afrika, di bawah naungan CAF: 51 tim bertarung untuk memperebutkan 5 tempat.
Zona Amerika Utara, Tengah, dan Karibia, di bawah naungan CONCACAF: 34 tim bertarung untuk memperebutkan 3 atau 4 tempat. (4 tempat jika berhasil mengalahkan wakil dari AFC.
Zona Amerika Selatan, di bawah naungan CONMEBOL: 10 tim bertarung untuk memperebutkan 4 atau 5 tempat. (5 tempat jika berhasil mengalahkan wakil dari OFC).
Zona Oseania, di bawah naungan OFC: 12 tim bertarung untuk memperebutkan 0 atau 1 tempat (1 tempat jika berhasil mengalahkan wakil dari CONMEBOL).
Zona Eropa, di bawah naungan UEFA: 51 tim bertarung untuk memperebutkan 13 tempat. (Jerman terkualifikasi secara otomatis sebagai tuan rumah, sehingga membuat Zona Eropa mendapatkan 14 tempat).
Total 194 tim bermain, setidaknya dalam satu pertandingan, 847 pertandingan kualifikasi dimainkan, dan 2.464 gol tercetak (rata–rata 2,91 per pertandingan).
Catatan kualifikasi
Untuk kali pertama, juara bertahan, Brasil, tidak terkualifikasi secara otomatis. Jerman, selaku tuan rumah penyelenggara tetap meraih tempat otomatis. Pada tahun 1934, juara bertahan Uruguay menolak untuk untuk berpartisipasi dan tuan rumah penyelenggara, Italia terkualifikasi. Namun, dalam turnamen–turnamen antara tahun 1938 hingga 2002, tuan rumah penyelenggara dan juara bertahan memiliki jatah otomatis.
Pembagian tempat pada awalnya di antara ke-6 konfederasi memberikan wakil dari Zona Oseania satu tempat penuh pada putaran final. Namun, hal ini dilihat sebagai “pemberian” tempat kepada Australia karena sejauh itu Australia merupakan tim sepak bola terkuat di zona tersebut. Keputusan ini dipertimbangkan ulang pada Juni2003 dan pertandingan play-off antara wakil dari Zona Oseania dengan wakil dari Zona Amerika Selatan kembali diadakan.
Pengundian untuk 5 dari 6 turnamen kualifikasi dilaksanakan di Frankfurt, Jerman pada 5 Desember2003, sementara kualifikasi untuk Zona Amerika Selatan dilaksanakan dalam sebuah grup tunggal. Kualifikasi sendiri dimulai sejak September2003 untuk Zona Amerika Selatan, Oktober2003 untuk Zona Afrika, November2003 untuk Zona Asia, Februari2004 untuk Zona Amerika Utara, Tengah, dan Karibia, serta Agustus2004 untuk Zona Eropa.
Asia menempatkan 4 wakil pada putaran final, yakni Arab Saudi, Jepang, Korea Selatan, dan Iran selaku dua tim terbaik dari masing-masing grup pada babak final. Bahrain kalah dalam play-off antarkonfederasi melawan Trinidad dan Tobago selaku wakil CONCACAF.
Kedua tim peringkat ketiga dari setiap grup bermain pada pertandingan play-off, di mana pemenangnya melaju ke play-off antarkonfederasi. Pertandingan pertama diulang karena kesalahan dalam perwasitan.
Oseania menempatkan 1 wakil setelah menang pada play-off antarkonfederasi.
Dua tim berperingkat terbaik dari Zona Oseania bermain satu sama lain kandang–tandang untuk mewakili OFC dalam pertandingan play-off dengan wakil dari CONMEBOL.
Pada 12 dan 16 November 2005, lima pertandingan play-off dilaksanakan dengan sistem kandang-tandang, di mana para pemenang mendapatkan lima tempat tersisa.
Catatan 3: Tidak termasuk kehadiran oleh Cekoslowakia. Jika ke-duanya dihitung, ini merupakan kehadiran ke-9 mereka, dan kehadiran terakhir mereka adalah pada edisi 1990
Catatan 4: Tidak termasuk kehadiran oleh Yugoslavia. Jika ke-duanya dihitung, ini merupakan kehadiran ke-10 mereka. Ini merupakan kali pertama dan kemungkinan besar akan menjadi kehadiran terakhir dengan nama ini. Pada turnamen kualifikasi sebelumnya mereka menggunakan nama Republik Federal Yugoslavia, dan ke-dua bagian dari negara tersebut akhirnya berpisah pada Juni 2006.
