Kementerian Perhubungan mempunyai tugas menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang transportasi untuk membantu Presiden dalam menyelenggarakan pemerintahan negara. Dalam melaksanakan tugas, Kementerian Perhubungan menyelenggarakan fungsi:[2]
perumusan, penetapan, dan pelaksanaan kebijakan di bidang penyelenggaraan pelayanan, keselamatan, dan keamanan transportasi, serta peningkatan aksesibilitas, konektivitas, dan kapasitas sarana dan prasarana transportasi;
koordinasi pelaksanaan tugas, pembinaan, dan pemberian dukungan administrasi kepada seluruh unsur organisasi di lingkungan Kementerian Perhubungan;
pengelolaan barang milik/kekayaan negara yang menjadi tanggung jawab Kementerian Perhubungan;
pengawasan atas pelaksanaan tugas di lingkungan Kementerian Perhubungan;
pelaksanaan bimbingan teknis dan supervisi atas pelaksanaan urusan Kementerian Perhubungan di daerah;
pelaksanaan analisis dan rekomendasi kebijakan transportasi;
pelaksanaan pengembangan sumber daya manusia transportasi; dan
pelaksanaan dukungan yang bersifat substantif kepada seluruh unsur organisasi di lingkungan Kementerian Perhubungan.
Pusat Pengembangan Sumber Daya Manusia Perhubungan Darat;
Pusat Pengembangan Sumber Daya Manusia Perhubungan Laut;
Pusat Pengembangan Sumber Daya Manusia Perhubungan Udara; dan
Pusat Pengembangan Sumber Daya Manusia Aparatur Perhubungan
Terdapat sejumlah staf ahli yang bertugas memberikan telaahan kepada Menteri Perhubungan mengenai masalah tertentu sesuai bidang keahliannya. Dalam melaksanakan tugasnya, secara administratif dikoordinasikan oleh Sekretaris Jenderal.
Staf Ahli Bidang Teknologi dan Energi Perhubungan
Staf Ahli Bidang Hukum dan Reformasi Birokrasi Perhubungan
Staf Ahli Bidang Logistik dan Multimoda Perhubungan
Staf Ahli Bidang Kawasan dan Lingkungan Perhubungan
Staf Ahli Bidang Keselamatan dan Konektivitas Perhubungan
Terdapat pula beberapa pusat yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Menteri Perhubungan melalui Sekretaris Jenderal.
Pusat Data dan Teknologi Informasi
Pusat Pengelolaan Transportasi Berkelanjutan
Pusat Fasilitasi Kemitraan dan Kelembagaan International