1 Januari 2007- Adam Air Penerbangan 574 jatuh di Selat Makassar. Seluruh penumpang dan awak kabin yang berjumlah 102 tewas serta jasad seluruh penumpang dan bangkai pesawat tetap terkubur di dasar laut.
16 Januari 2007- rangkaian kereta api Bengawan jurusan Solo-Tanahabang terputus di Kecamatan Cilongok, Kabupaten Banyumas, Jawa Tengah. Lima orang penumpang dilaporkan tewas, ratusan lainnya luka-luka akibat insiden ini.
Februari
sejak 1 Februari 2007- Banjir di ibu kota Jakarta menewaskan lebih dari delapan puluh orang dan ratusan ribu lainnya terpaksa mengungsi. (Lihat pula: Banjir Jakarta 2007)
18 Februari 2007- Terjadi bencana angin lesus yang menerjang kawasan Lempuyangan, Yogyakarta yang berlangsung selama sekitar 15 menit. Akibat angin ini, ratusan rumah, pohon, kabel listrik, dan papan reklame porak-poranda diterjang angin bahkan menyebabkan lebih dari 30 orang terluka. (Lihat pula: Lesus Lempuyangan Februari 2007)
22 Februari 2007- Sedikitnya 25 orang tewas setelah KM Levina I jurusan Tanjung Priok–Pangkal Balam, Bangka yang mengangkut 291 penumpang terbakar di Selat Sunda.[3]. 4 orang di antaranya tewas saat melakukan investigasi pada bangkai kapal pada tanggal 25 Februari. Mereka tewas saat bangkai kapal tersebut tenggelam.
7 Maret 2007 - Kecelakan pesawat yang membawa korban jiwa kembali terjadi. Kali ini Garuda Indonesia Penerbangan 200 meledak ketika mendarat menyebabkan 22 penumpangnya meninggal.
April
21 April - Kereta api Serayu jurusan Senen-Kroya anjlok di Garut, Jawa Barat. Sebanyak tiga gerbong jatuh ke jurang sedalam 30 meter yang ada di pinggiran rel kereta. 40 orang terluka serta 6 orang lainnya luka berat
Mei
7-13 Mei - Indonesia Terbuka 2007 diadakan di Istora Senayan, Jakarta. Indonesia gagal memenangkan medali emas.
30 Mei - Insiden Alastlogo di Pasuruan, Jawa Timur akibat sengketa tanah antara militer dan petani.
Juni
Polisi menangkap Zarkasih dan Abu Dujana, yang dituduh mengepalai gerakan militan JI
11 Juli - KM Sinar Madinah tenggelam di perairan Laut Selatan Kabupaten Dompu, Nusa Tenggara Barat. Kapal tenggelam setelah dihempas gelombang setinggi lima meter. Tujuh orang awak kapal sempat terlilit jaring, namun enam orang berhasil menyelamatkan diri. Seorang anak buah kapal hilang bersama jaring yang melilit dirinya.
11 Juli - KM Wahai Star yang mengangkut sekitar 100 penumpang dan ribuan ton hasil bumi dari Leksula tujuan Ambon tenggelam di perairan antara Pulau Buru dan Ambon. (Lihat pula: Musibah KM Wahai Star)
Agustus
Kelompok Islam Hizb ut-Tahrir menyelenggarakan konferensi internasional yang menyerukan didirikannya kekalifahan tunggal di dunia Islam.
12 September - Terjadi gempa bumi lepas pantai di dekat provinsi Bengkulu. (Lihat pula: Gempa bumi Bengkulu 2007)
Oktober
18 Oktober - KM Asita III tenggelam di perairan Selat Kadatua, sekitar 10 mil dari Kota Baubau, Pulau Buton, Sulawesi Tenggara, 125 orang selamat, sedikitnya 31 orang meninggal dunia, dan 35 lainnya hilang.
Desember
Zarkasih yang dituduh mengepalai gerakan militan JI mulai disidangkan di Jakarta