Halaman ini memuat daftarcagar alam di Indonesia. Daftar ini tidak dimaksudkan sebagai suatu daftar yang lengkap atau selalu terbarui. Jika Anda melihat artikel yang seharusnya tercantum di sini, silakan sunting halaman ini dan tambahkan pranala ke artikel tersebut. Gunakan perubahan terkait untuk melihat perubahan terbaru dari artikel-artikel yang tercantum pada halaman ini.
Di Indonesia, secara garis besar cagar alam terbagi dalam Cagar Alam Daratan, baik tanah maupun perairan darat, cagar alam laut, dan cagar alam biosfer. Di pulau Jawa hanya dijumpai cagar alam daratan dan cagar alam laut.
Sampai dengan tahun 2008, di Indonesia telah ditetapkan sedikitnya 237 lokasi cagar alam, baik daratan maupun perairan, dengan luas keseluruhan mencapai 4.730.704,04 hektare. Cagar alam tersebut tersebar di berbagai wilayah di Indonesia.
Cagar Alam Batu Gajah; Simalungun, Sumatera Utara, 0,80 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 923/Kpts/Um/12/82, 27 Desember 1982.
Cagar Alam Batu Ginurit; Labuhan Batu, Sumatera Utara, 0,50 ha, ZB No. 390/1934, 17 September 1934.
Cagar Alam Liang Balik; Labuhan Batu, Sumatera Utara, 0,31 ha, ZB No. 221/1936, 1 November 1936.
Cagar Alam Lubuk Raya; Tapanuli Selatan, Sumatera Utara, 3.050,00 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor : 923/Kpts/Um/12/82, 27 Desember 1982.
Cagar Alam Martelu Purba; Langkat, Sumatera Utara, 195,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 471/Kpts-II/93, 9 Februari 1993.
Cagar Alam Dolok Saut-Surungan; Tapanuli Utara, Sumatera Utara, 39,00 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 923/Kpts/Um/12/82, 27 Desember 1982.
Cagar Alam Sei Ledong; Labuhan Batu, Sumatera Utara, 1.100,00 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 923/Kpts/Um/12/82, 27 Desember 1982.
Cagar Alam Sibolangit; Sibolangit, Sumatera Utara, 9,15 ha, ZB Tahun 1938 Nomor 37/PK, 10 Maret 1938.
Cagar Alam Dolok Sibual-Buali; Tapanuli Selatan, Sumatera Utara, 5.000,00 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 215/Kpts/Um/8/82, 4 Agustus 1982.
Cagar Alam Dolok Sipirok; Tapanuli Selatan, Sumut, 6.970,00 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 226/Kpts/Um/8/82, 4 Agustus 1982.
Cagar Alam Dolok Tinggi Raja; Simalungun, Sumatera Utara, 167,00 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 923/Kpts/Um/12/82, 27 Desember 1982.
Sumatera Barat
Cagar Alam Air Putih; Lima Puluh Koto, Sumatera Barat. 23.467,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI dan Perkebunan Nomor: 422/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Air Tarusan; Pesisir Selatan, Solok, Sumatera Barat, 25.177,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI dan Perkebunan No: 422/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Lembah Anai; Tanah Datar, Sumatera Barat, 221,00 ha, GB 25 ZB 765, 12 Agustus 1922, dan tambahan wilayah mencakup Sawah Lunto, Sijunjung, Solok, seluas 100.000,00 ha sesuai dengan Keputusan Menteri Kehutanan RI dan Perkebunan Nomor: 422/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999 – jadi total 100.221,00 ha.
Cagar Alam Arau Hilir; Pasaman, Sumatera Barat, 5.377,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 422/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Barisan I; Padang Pariaman, Tanah Datar, Solok, Kota Padang, Sumatera Barat, 74.821,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 422/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Baringin Sati; Tanah Datar, Sumatera Barat, 0,03 ha, GB No. 60 & ZB No. 683/1922, 12 Agustus 1922.
Cagar Alam Lembah Harau, Lima Puluh Koto, Sumatera Barat, 270,50 ha, GB No. 13/1933, 1 Oktober 1933.
Cagar Alam Malampah Alahan Panjang; Lima Puluh Koto, Pasaman, Sumatera Barat, 36.919,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 422/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Maninjau Utara-Selatan; Agam, Pariaman, Sumatera Barat, 22.106,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 422/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Pangean I; Sawah Lunto, Sijunjung, Solok, Sumatera Barat, 12.200,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 422/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Pangean II; Sawah Lunto, Sijunjung, Solok, Sumatera Barat, 33.580,10 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 222/Kpts-II/2000, 2 Agustus 2000.
Cagar Alam Rimbo Panti; Pasaman, Sumatera Barat, 2.550,00 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 348/Kpts/Um/1/79, 7 Januari 1979.
Cagar Alam Gunung Sago; Tanah Datar, Lima Puluh Koto, Sumatera Barat, 5.486,00 ha, Kepu-tusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 422/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Gunung SinggalangTandikat; Agam, Tanah Datar, Sumbar, 9.658,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 422/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Riau
Cagar Alam Pulau Berkey; Rokan Hilir, Riau, 500,00 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 13/Kpts/Um/3/68, 13 Maret 1968.
Cagar Alam Bukit Bungkuk; Kampar, Riau, 20.000,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 173/Kpts-II/1986, 6 Juni 1986.
Jambi
Cagar Alam Hutan Bakau Pantai Timur; Tanjung Jabung, Jambi, 4.126,60 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 14/Kpts-II/2003, 7 Januari 2003.
Cagar Alam Sungai Batara; Tanjung Jabung Barat, Jambi, 1.000,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 421/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Buluh Hitam; Bungo Tebo, Jambi, 700,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 421/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Cempaka; Bungo Tebo, Jambi, 1.000,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 421/Kpts-II/ 1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Durian Luncuk I; Sarolangun Bangko, Jambi, 73,74 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 820/Kpts-II/1997, 30 Desember 1997.
Cagar Alam Durian Luncuk II; Batanghari, Jambi, 41,37 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 821/Kpts-II/ 1997, 30 Desember 1997.
Cagar Alam Gua Ulu Tingko; Sarolangun Bangko, Jambi, 1,00 ha, GB 6 Staatsblad 1919, 21 Februari 1919.
Sumatera Selatan
Cagar Alam Bungan Maskikim; Lahat, Sumatera Selatan, 1,00 ha, GB No. 83/1919 Staatsblad 392, 19 Juli 1919.
Bengkulu
Cagar Alam Air Alas. Bengkulu Selatan, Bengkulu. 59,50 ha, Kep Menteri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Desember 1985
Cagar Alam Air Rami I Reg 87; Bengkulu Utara, Bengkulu, 233,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Desember 1985.
Cagar Alam Air Rami I Reg 87A; Bengkulu Utara, Bengkulu, 38,99 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Desember 1985.
Cagar Alam Air Seblat; Bengkulu Utara, Bengkulu, 89,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI No: 385/Kpts-II/1985, 27 Desember 1985.
Cagar Alam Sungai Bahelo; Bengkulu Utara, Bengkulu, 674,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Desember 1985.
Cagar Alam Wang I/II; Rejang Lebong, Bengkulu, 0,22 ha, ZB No. 36/1932 Staatsblad 465, 27 Agustus 1932.
Cagar Alam Despatah I/II; Rejang Lebong, Bengkulu, 0,26 ha, ZB No. 36/1932 Staatsblad 465, 27 Agustus 1932.
Cagar Alam Dusun Besar; Bengkulu Utara, Bengkulu, 1.777,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 383/Kpts-II/1985, 27 Desember 1985.
Cagar Alam Kioyo I dan II; Bengkulu Utara, Bengkulu, 305,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Desember 1985.
Cagar Alam Klowe; Bengkulu Utara, Bengkulu, 7.271,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Desember 1985.
Cagar Alam Konak; Rejang Lebong, Bengkulu, 0,80 ha, GB No. 9/1932, 14 Mei 1932.
Cagar Alam Tanjung Laksaha; Bengkulu Utara, Bengkulu, 445,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Desember 1985.
Cagar Alam Manna; Bengkulu Utara, Bengkulu, 1,50 ha, ZB No. 36/1932 Staatsblad 435, 27 Agustus 1932.
Cagar Alam Danau Menghijau; Rejang Lebong, Bengkulu, 139,80 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 482/Kpts-II/1999, 29 Juni 1999
Cagar Alam Muko-Muko I; 230,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Desember 1985.
Cagar Alam Muko-Muko II Reg 100, Bengkulu Utara, Bengkulu, seluas 130,00 ha sesuai dengan Keputusan Menteri Kehutanan RI No-mor : 385/Kpts-II/1985, 27 Desember 1985.
Cagar Alam Pager Gunung I/II; Rejang Lebong, Bengkulu, 0,21 ha, ZB No. 36/1932 Staatsblad 465, 27 Agustus 1932.
Cagar Alam Pager Gunugn III/IV/V; Rejang Lebong, Bengkulu, 0,60 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 649/Kpts-II/1999, 19 Agustus 1999.
Cagar Alam Pasar Ngalam Reg 92; Bengkulu Selatan, Bengkulu, 265,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Desember 1985.
Cagar Alam Pasar Seluma Reg 93; Bengkulu Selatan, Bengkulu, 159,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Desember 1985
Cagar Alam Pasar Telo Reg 94; Bengkulu Selatan, Bengkulu, 487,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Desember 1985
Cagar Alam Taba Pananjung; Bengkulu Utara, Bengkulu, 3,70 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 430/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Talang Ulu; Rejang Lebong, Bengkulu, 0,57 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 648/Kpts-II/1999, 19 Agustus 1999.
Cagar Alam Danau Tes; Rejang Lebong, Bengkulu, 3.230,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Desember 1985
Lampung
Cagar Alam Laut Pulau Anak Krakatau; Lampung Selatan, Lampung, 13.735,10 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 85/Kpts-II/1990, 7 November 1990.
Kepulauan Riau
Cagar Alam Pulau Burung; Kepulauan Riau, 200,00 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 13/Kpts/Um/3/68, 13 Maret 1968.
Cagar Alam Pulau Laut; Kepulauan Riau, 400,00 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 13/Kpts/Um/3/68, 13 Maret 1968.
Cagar Alam Bantarbolang; Pemalang, 24,10 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Bekutuk; Blora, 25,00 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 595/Kpts/Um/9/79, 21 September 1979.
Cagar Alam Gunung Butak; Rembang, 25,40 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 79/Menteri Kehutanan RI-II/2004, 11 Maret 2004.
Cagar Alam Cagar AlamBAK I/; Blora, 30,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Gunung Celering; Jepara, 1.379,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 755/ Kpts-II/1989, 16 Desember 1989.
Cagar Alam Curug Bengkawah; Pemalang, 1,50 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Telog Dringo; Banjarnegara, 26,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Gunung Gebugan-Ungaran; Semarang, 1,80 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Getas; Semarang, 1,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Guci; Pemalang, 2,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Karang Bolong; Cilacap, 0,50 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam KELING I/II/III; Jepara, 61,70 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/ 1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Kembang; Jepara, 1,80 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Pegunungan Cemara; Kebumen, Wonosobo, & Banjarnegara, 1.500,00 ha.
Cagar Alam Moga; Pemalang, 1,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Nusakambangan; Cilacap, 1.205,00 ha. Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Pager Wunung Daruprono; Kendal, 33,20 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 115/Menteri Kehutanan RI-II/2004, 19 April 2004.
Cagar Alam Karangsambung; Kebumen, 228,20 ha,Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Pantodomas; Wonosobo, 4,10 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam PESON SUBAH I; Batang, 10,40 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 82/Menteri Kehutanan RI-II/2004, 10 Maret 2004.
Cagar Alam PESON SUBAH II; Batang, 100,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam PRINGOMBO I/II; Banjarnegara, 58,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Telogo Ranjeng; Pemalang, 18,50 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Sepakung; Semarang, 10,00 ha, Keputusan Menhu Nomor: 74/Menteri Kehutanan RI-II/2004, 10 Maret 2004.
Cagar Alam SUBVAK 18C/19B; Tegal, 6,60 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Telaga Sumurup; Banjarnegara, 20,10 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Ulo Lanang Kecubung; Batang, 69,70 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 106/Menteri Kehutanan RI-II/2004, 14 April 2004.
Cagar Alam VAK 53 COMAL; Pemalang, 24,10 ha, GB No. 2980.
Jawa Timur
Cagar Alam Gunung Abang; Pasuruan, 50,40 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 458/Kpts/ Um/7/78, 24 Juni 1978.
Cagar Alam Nusa Barong; Jember, 6.100,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/ Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Pulau Bawean; Surabaya, 725,00 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 762/Kpts/Um/12/1979, 5 Desember 1979.
Cagar Alam Besowo Gadungan; Kediri, 7,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/ Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Ceding; Bondowoso, 2,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/ 1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Corah Manis Sempolan; Jember, 16,80 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Kawah Ijen Merapi Unggup-Unggup; Banyuwangi, 2.468,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Janggangan Regojampi I/II; Banyuwangi, 7,50 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Sungai Kolbu Iyang Plateu; Bondowoso, 18,80 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Manggis Gadungan; Kediri, 12,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/ Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Gua Nglirip; Bojonegoro, 3,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Pancur Ijen I/II; Bondowoso, 3,95 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Gunung Picis; Ponorogo, 27,90 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam SaobiI–Kangean; Sumenep (Madura), 430,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Pulau Sempu; Malang, 877,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Gunung Sigogor; Ponorogo, 190,50 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Watangan Puger I-VI; Jember, 2,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/ Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam Wijaya Kusuma; Cilacap, 1,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Yogyakarta
Cagar Alam TELUK BARON; Gunung Kidul, 2,00 ha, GB 379/321/16, 24 Maret 1933.
Jakarta
Cagar Alam PULAU BOKOR; Jakarta Utara, 18,00 ha, GB No. 60/1921 Staatsblad 683, 16 November 1921.
Nusakambangan
Cagar Alam Wijayakusuma; Nusakambangan, 24 Juli 1923, 1 Ha. SK Tunjukan Menteri Kehutanan No. SK.359/Menhut-II/2004, 1 Oktober 2004.
Kepulauan Nusa Tenggara
Bali
Cagar Alam BATUKARU I/II/III; Tabanan, 1.762,80 ha, SK Menteri Pertanian RI Nomor: 716/Kpts/Um/9/74, 29 September 1974.
Nusa Tenggara Timur
Cagar Alam MAUBESI; Belu, Nusa Tenggara Timur,1.830,00 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 394/Kpts/Um/5/81, 7 Mei 1981.
Cagar Alam GUNUNG MUTIS; Timor Tengah Selatan, Nusa Tenggara Timur, 12.000,00 ha, SK Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 423/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam PERHALU; Kupang, Nusa Tenggara Timur, 1.000,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 196/Kpts-II/1993, 27 Februari 1993.
Cagar Alam TAMBORA; Ende, Nusa Tenggara Timur, 1.000,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 423/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam WATU ATA; Ngada, Nusa Tenggara Timur, 4.898,80 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 432/Kpts-II/1992, 5 Mei 1992.
Cagar Alam WAY WUUL/MBURAK; Manggarai, Nusa Tenggara Timur, 1.484,84 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 437/Kpts-II/1996, 9 Agustus 1996.
Cagar Alam WOLO TADO, NGEDE NALO MERAH, SIUNG; Ngada, Nusa Tenggara Timur, 4.016,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 429/Kpts-II/1992, 5 Mei 1992.
Cagar Alam PULAU KOMODO; Manggarai, Nusa Tenggara Timur, 390 km²
Nusa Tenggara Barat
Cagar Alam PULAU PANJANG; Sumbawa, Nusa Tenggara Barat, 1.641,25 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 399/Kpts-II/1986, 21 April 1986.
Cagar Alam SANGIANG; Sumbawa, Nusa Tenggara Barat, 7.492,25 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 418/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam TAMBORA SELATAN; Dompu, Nusa Tenggara Barat, 23.840,81 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 418/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam TANAH PEDAUH; Sumbawa, Nusa Tenggara Barat, 543,50 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 348/Kpts/Um/8/75, 20 Agustus 1975.
Cagar Alam TOFO KOTA LAMBU; Sumbawa, Nusa Tenggara Barat, 3.333,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 418/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Kepulauan Maluku
Wilayah Kepulauan Maluku terletak pada posisi 2°30′−9° LS sampai. 124°−135° BT memiliki 18 lokasi cagar alam (13 kawasan berada dalam wilayah provinsi Maluku dan 5 lokasi berada di kawasan provinsi Maluku Utara) dari 237 kawasan yang ditetapkan sebagai cagar alam di seluruh Indoneaia.
Papua memiliki 24 cagar alam alam yang 12 di antaranya terdapat di provinsi Papua Barat dan sisanya, 12 kawasan terdapat di provinsi Papua. Dari ke-24 cagar alam tersebut, hanya satu lokasi yang berupa cagar alam laut sedangkan 23 kawasan lainnya merupakan cagar alam darat atau yang biasa disebut sebagai cagar alam saja.