Mis en service le , l'Unterseeboot 206 reçoit sa formation de base dans la 3. Unterseebootsflottille à Kiel jusqu'au , où il rejoint son unité de combat, toujours dans la 3. Unterseebootsflottille, à Saint-Nazaire.
L'Unterseeboot 206 a effectué trois patrouilles dans lesquelles il a coulé deux navires marchands pour un total de 3 283 tonneaux et un navire de guerre de 925 tonnes, durant un total de 68 jours en mer.
Sa troisième patrouille commence à la base sous-marine de Saint-Nazaire le toujours sous les ordres de Herbert Opitz, promu au grade de Kapitänleutnant depuis le . Après deux jours en mer, l'U-206 est porté disparu à partir du dans le Golfe de Gascogne, à l'ouest de Saint-Nazaire à une position géographique approximative de 47° 05′ N, 2° 40′ O. Il a probablement coulé dans le champ de mines britannique Beech mouillées par un avion de la Royal Air Force.
Les 46 membres d'équipage sont également portés disparus.
L'U-206 a opéré avec les Wolfpacks (meute de loups) durant sa carrière opérationnelle :
Grönland ( - )
Kurfürst ( - )
Seewolf ( - )
Breslau ( - )
Navires coulés
L'Unterseeboot 206 a coulé deux navires marchands pour un total de 3 283 tonneaux et un navire de guerre de 925 tonnes au cours des trois patrouilles (68 jours en mer) qu'il effectua.
Chris Bishop, historien militaire (trad. de l'anglais par Christian Muguet), Les sous-marins de la Kriegsmarine : 1939-1945 : le guide d'identification des sous-marins [« The spellmount submarine identification guide : Kriegsmarine U-boats 1939-1945 »], Paris, Éd. de Lodi, , 192 p. (ISBN978-2-84690-327-1, OCLC470721805, BNF41298980)
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