Rini Widyantini memulai karier pegawai negeri sipil pada 2 Juli 1997 sebagai Analis Kebijakan pada Asisten Deputi Urusan Pelaksanaan Kebijakan Kementerian Pendayagunaan Aparatur Negara. Pada 2 Desember 2000, ia diangkat menjadi Kepala Subbidang Penyusunan Kebijakan Kelembagaan Non Departemen. Pada 14 Mei 2001 ia diangkat menjadi Kepala Bidang Penyusunan Kebijakan
Kelembagaan Non Departemen. Pada 25 Januari 2002 ia digeser menjadi Kepala Bidang Desain Kelembagaan Non Departemen. Enam tahun kemudian, pada 6 Mei 2008 ia diangkat menjadi Asisten Deputi Kelembagaan Perekonomian. Pada 12 Januari 2009 ia diangkat menjadi Asisten Deputi Kelembagaan Perekonomian I. Pada 8 Juni 2010 ia diangkat menjadi Asisten Deputi Perumusan Kebijakan Kelembagaan.[2]
Pada 2011 Rini diangkat menjadi Staf Ahli Menteri PANRB Bidang Hukum. Pada 2012 ia diangkat menjadi Deputi Bidang Kelembagaan. Pada 2013 ia diangkat menjadi Deputi Bidang Kelembagaan dan Tata Laksana. Sembilan tahun kemudian, pada 3 Januari 2022 ia diangkat menjadi Sekretaris Kementerian PANRB.[2][3] Pada 9 Januari 2020, ia diangkat menjadi Komisaris PT Pegadaian.[4]