Les transports dans le département français des Pyrénées-Orientales possèdent des caractéristiques très différentes selon la micro-région considérée. Dans l'est du département, Perpignan est placée sur un axe de circulation essentiel en Europe : des flots importants de voyageurs et de marchandises franchissent la frontière franco-espagnole dans le département, principalement par voie routière sur l'autoroute A9. Perpignan est également un pôle de centralité pour les différentes petites agglomérations de l'est du département, auquel celles-ci sont reliées par plusieurs voies rapides périurbaines. En revanche, l'ouest du département, peu peuplé et au relief marqué, apparaît assez isolé, la route nationale 116 et le Train jaune constituant ses voies d'accès presque uniques.
Le principal axe du département est l'autoroute A9, qui relie la vallée du Rhône à la Catalogne via Perpignan. Avec 34 000 véhicules/jour à la frontière en 2019[2] (45 000 véhicules/jour entre Narbonne et Perpignan), le col du Perthus est le premier point de passage routier entre la France et l'Espagne, juste devant l'autoroute autoroute A63 dans le Pays basque.
Le tunnel routier du Puymorens (qui relie l'Ariège aux Pyrénées-Orientales) a la particularité d'être à péage. La Région Occitanie doit reprendre la gestion de cette route au .
Route reliant l'enclave espagnole de Llívia au reste du territoire espagnol à travers le territoire français. Déclassée dans les années 1970 en RD 68. Avant l'adhésion de l'Espagne au marché unique puis à la convention de Schengen, la « route neutre » pouvait en principe être empruntée sans contrôle douanier aux frontières en vertu du Traité des Pyrénées de 1659.
Déclassée dans les années 1970 en RD 117 dans le département. La RN 117 est alors redéfinie comme route de Toulouse à Bayonne, ne passant plus dans les Pyrénées-Orientales.
Alternative à la RN 20 ne passant pas par le tunnel routier du Puymorens (donc gratuite). La Région Occitanie doit reprendre la gestion de cette route au .
« Route des Pyrénées » créée dans les années 1930. Elle possédait plusieurs troncs communs avec d'autres routes nationales, en particulier la RN 20 et la RN 116. Déclassée dans les années 1970 en RD 618 pour ses tronçons propres.
Pour désenclaver la Cerdagne, deux lignes d'intérêt général aux caractéristiques exceptionnelles sont construites au début du XXe siècle : la ligne de Cerdagne ou « Train jaune », à voie métrique électrifiée par troisième rail, qui possède le point le plus élevé du réseau ferré national (1 592 m au col de la Perche), et la partie méridionale de la ligne de Portet-Saint-Simon à Puigcerda (frontière), dont le tunnel du Puymorens était lors de sa construction le deuxième plus long entièrement situé en France (5 414 m). La ligne de Carcassonne à Rivesaltes, qui dessert le Fenouillèdes à partir de 1901-1904, possède des caractéristiques beaucoup plus communes.
La ligne de Narbonne à Port-Bou (frontière), qui ne possédait pas les fortes rampes ayant justifié l'électrification précoce d'une partie du réseau du Midi, n'est électrifiée qu'au début des années 1980. En 2010, la ligne de Perpignan à Figueras permet d'accélérer les liaisons à grande vitesse vers l'Espagne, Perpignan étant désormais desservie par des TGV Paris-Barcelone.
Cartes du réseau ferroviaire dans le département
Le réseau ferroviaire à son apogée en 1930.
Le réseau ferroviaire de nos jours.
Carte animée de l’évolution du réseau ferroviaire.
La principale gare de voyageurs est la gare de Perpignan, avec une fréquentation annuelle de 1 390 000 voyageurs en 2019[3]. Cette gare est notamment desservie par des TGV inOui la reliant à Paris (certains sont prolongés vers Barcelone) et des TER Occitanie (liO).
Les principales lignes ferroviaires sont la ligne de Narbonne à Port-Bou (frontière), l'une des deux principales lignes reliant la France à l'Espagne avant l'essor des trains à grande vitesse, et la LGV Perpignan-Figueras qui double la première au sud de Perpignan — et dont le trafic ne dépasse pas deux allers-retours voyageurs quotidiens depuis fin 2022[4]. Il existe un projet de ligne nouvelle Montpellier - Perpignan, dont la réalisation est envisagée à long terme.
Voie unique électrifiée en courant continu 1500 V, ouverte aux trafics de fret et de voyageurs. La ligne a été mise à double voie sur ses quatre premiers kilomètres jusqu'à la bifurcation vers la LGV Perpignan-Figueras.
De la limite de l'Aude à Cases-de-Pène : voie unique non-électrifiée n'accueillant aucun trafic commercial mais voyant circuler les trains touristiques du Train du pays Cathare et du Fenouillèdes.
De Cases-de-Pène à Rivesaltes : voie unique non-électrifiée ouverte au seul trafic de fret (et aux trains touristiques du Train du pays Cathare et du Fenouillèdes).
Il existe d'autres réseaux de transports en commun urbains dans le département, certains dans des communes n'ayant pas le statut d'autorités organisatrices de la mobilité (AOM).