PDGFRB

PDGFRB
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 1GQ5, 1H9O, 1SHA, 2L6W, 2PLD, 2PLE, 3MJG
Ідентифікатори
Символи	PDGFRB, CD140B, IBGC4, IMF1, JTK12, PDGFR, PDGFR-1, PDGFR1, KOGS, PENTT, platelet derived growth factor receptor beta
Зовнішні ІД	OMIM: 173410 MGI: 97531 HomoloGene: 1960 GeneCards: PDGFRB
Пов'язані генетичні захворювання
гострий мієлоїдний лейкоз, juvenile myelomonocytic leukemia, infantile myofibromatosis, Kosaki overgrowth syndrome, acroosteolysis-keloid-like lesions-premature aging syndrome[1]
Реагує на сполуку
cediranib, crenolanib, linifanib, Масітиніб, Нінтеданіб, Пазопаніб, semaxanib, сунітиніб, vatalanib, Нінтеданіб, іматиніб, Масітиніб, Бекаплермін, famitinib, orantinib, PD166285, MLN-518, imatinib mesylate[2]
Онтологія гена Молекулярна функція • vascular endothelial growth factor binding • kinase activity • platelet-derived growth factor-activated receptor activity • transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity • signaling receptor binding • ATP binding • protein kinase activity • platelet-derived growth factor binding • platelet activating factor receptor activity • transferase activity • platelet-derived growth factor receptor binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • protein tyrosine kinase activity • protein kinase binding • platelet-derived growth factor beta-receptor activity • nucleotide binding • phosphatidylinositol 3-kinase binding • phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity • enzyme binding Клітинна компонента • цитоплазма • мембрана • focal adhesion • клітинне ядро • apical plasma membrane • лізосома • екзосома • integral component of membrane • клітинна мембрана • lysosomal lumen • intrinsic component of plasma membrane • GO:0016023 cytoplasmic vesicle • cell surface • комплекс Ґольджі • integral component of plasma membrane • внутрішньоклітинна мембранна органела • receptor complex Біологічний процес • positive regulation of MAP kinase activity • positive regulation of phospholipase C activity • cell migration involved in vasculogenesis • cardiac myofibril assembly • positive regulation of smooth muscle cell migration • protein phosphorylation • response to lipid • positive regulation of phosphoprotein phosphatase activity • positive regulation of reactive oxygen species metabolic process • metanephric glomerular mesangial cell proliferation involved in metanephros development • positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade • cell chemotaxis • inner ear development • metanephric S-shaped body morphogenesis • positive regulation of mitotic nuclear division • platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway • positive regulation of collagen biosynthetic process • phosphatidylinositol metabolic process • transmembrane receptor protein tyrosine kinase signaling pathway • cell migration involved in coronary angiogenesis • metanephric comma-shaped body morphogenesis • positive regulation of chemotaxis • positive regulation of DNA biosynthetic process • protein autophosphorylation • platelet-derived growth factor receptor signaling pathway • response to toxic substance • positive regulation of metanephric mesenchymal cell migration by platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway • regulation of actin cytoskeleton organization • response to retinoic acid • фосфорилювання • response to hyperoxia • retina vasculature development in camera-type eye • metanephric glomerulus morphogenesis • metanephric mesenchymal cell migration • Загоєння ран • cellular response to platelet-derived growth factor stimulus • negative regulation of apoptotic process • response to fluid shear stress • response to estrogen • хемотаксис • metanephric mesenchyme development • response to hydrogen peroxide • positive regulation of smooth muscle cell proliferation • response to estradiol • GO:0007243 intracellular signal transduction • GO:1904578 response to organic cyclic compound • smooth muscle cell chemotaxis • positive regulation of cell migration • aorta morphogenesis • MAPK cascade • positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase activity • metanephric glomerular capillary formation • multicellular organism development • positive regulation of calcium ion import • glycosaminoglycan biosynthetic process • positive regulation of cell population proliferation • positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway • positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase signaling • peptidyl-tyrosine phosphorylation • cell migration • GO:0072468 сигнальна трансдукція • positive regulation of Rho protein signal transduction • G protein-coupled receptor signaling pathway • phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process • positive regulation of hepatic stellate cell activation • positive regulation of fibroblast proliferation • positive regulation of apoptotic process • GO:0010260 старіння людини • male gonad development • lung growth • negative regulation of platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway • phosphatidylinositol-mediated signaling • positive regulation of protein kinase B signaling • hematopoietic progenitor cell differentiation • positive regulation of MAPK cascade Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	5159	18596
Ensembl	ENSG00000113721	ENSMUSG00000024620
UniProt	P09619	P05622
RefSeq (мРНК)	NM_002609 NM_001355016 NM_001355017	NM_001146268 NM_008809
RefSeq (білок)	NP_002600 NP_001341945 NP_001341946	NP_001139740 NP_032835
Локус (UCSC)	Хр. 5: 150.11 – 150.16 Mb	Хр. 18: 61.18 – 61.22 Mb
PubMed search	[3]	[4]
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

PDGFRB (англ. Platelet derived growth factor receptor beta) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 5-ї хромосоми.[5] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 106 амінокислот, а молекулярна маса — 123 968[6].

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MRLPGAMPAL		ALKGELLLLS		LLLLLEPQIS		QGLVVTPPGP		ELVLNVSSTF
VLTCSGSAPV		VWERMSQEPP		QEMAKAQDGT		FSSVLTLTNL		TGLDTGEYFC
THNDSRGLET		DERKRLYIFV		PDPTVGFLPN		DAEELFIFLT		EITEITIPCR
VTDPQLVVTL		HEKKGDVALP		VPYDHQRGFS		GIFEDRSYIC		KTTIGDREVD
SDAYYVYRLQ		VSSINVSVNA		VQTVVRQGEN		ITLMCIVIGN		EVVNFEWTYP
RKESGRLVEP		VTDFLLDMPY		HIRSILHIPS		AELEDSGTYT		CNVTESVNDH
QDEKAINITV		VESGYVRLLG		EVGTLQFAEL		HRSRTLQVVF		EAYPPPTVLW
FKDNRTLGDS		SAGEIALSTR		NVSETRYVSE		LTLVRVKVAE		AGHYTMRAFH
EDAEVQLSFQ		LQINVPVRVL		ELSESHPDSG		EQTVRCRGRG		MPQPNIIWSA
CRDLKRCPRE		LPPTLLGNSS		EEESQLETNV		TYWEEEQEFE		VVSTLRLQHV
DRPLSVRCTL		RNAVGQDTQE		VIVVPHSLPF		KVVVISAILA		LVVLTIISLI
ILIMLWQKKP		RYEIRWKVIE		SVSSDGHEYI		YVDPMQLPYD		STWELPRDQL
VLGRTLGSGA		FGQVVEATAH		GLSHSQATMK		VAVKMLKSTA		RSSEKQALMS
ELKIMSHLGP		HLNVVNLLGA		CTKGGPIYII		TEYCRYGDLV		DYLHRNKHTF
LQHHSDKRRP		PSAELYSNAL		PVGLPLPSHV		SLTGESDGGY		MDMSKDESVD
YVPMLDMKGD		VKYADIESSN		YMAPYDNYVP		SAPERTCRAT		LINESPVLSY
MDLVGFSYQV		ANGMEFLASK		NCVHRDLAAR		NVLICEGKLV		KICDFGLARD
IMRDSNYISK		GSTFLPLKWM		APESIFNSLY		TTLSDVWSFG		ILLWEIFTLG
GTPYPELPMN		EQFYNAIKRG		YRMAQPAHAS		DEIYEIMQKC		WEEKFEIRPP
FSQLVLLLER		LLGEGYKKKY		QQVDEEFLRS		DHPAILRSQA		RLPGFHGLRS
PLDTSSVLYT		AVQPNEGDND		YIIPLPDPKP		EVADEGPLEG		SPSLASSTLN
EVNTSSTISC		DSPLEPQDEP		EPEPQLELQV		EPEPELEQLP		DSGCPAPRAE
AEDSFL

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до трансфераз, кіназ, рецепторів, білків розвитку, тирозинових протеїнкіназ, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як хемотаксис, альтернативний сплайсинг, поліморфізм. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами. Локалізований у клітинній мембрані, мембрані, цитоплазматичних везикулах, лізосомі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Roberts W.M., Look A.T., Roussel M.F., Sherr C.J. (1988). Tandem linkage of human CSF-1 receptor (c-fms) and PDGF receptor genes. Cell. 55: 655—661. PMID 2846185 DOI:10.1016/0092-8674(88)90224-3
• Zhang Z., Henzel W.J. (2004). Signal peptide prediction based on analysis of experimentally verified cleavage sites. Protein Sci. 13: 2819—2824. PMID 15340161 DOI:10.1110/ps.04682504
• Kazlauskas A., Cooper J.A. (1989). Autophosphorylation of the PDGF receptor in the kinase insert region regulates interactions with cell proteins. Cell. 58: 1121—1133. PMID 2550144 DOI:10.1016/0092-8674(89)90510-2
• Sorkin A., Westermark B., Heldin C.H., Claesson-Welsh L. (1991). Effect of receptor kinase inactivation on the rate of internalization and degradation of PDGF and the PDGF beta-receptor. J. Cell Biol. 112: 469—478. PMID 1846866 DOI:10.1083/jcb.112.3.469
• Kazlauskas A., Kashishian A., Cooper J.A., Valius M. (1992). GTPase-activating protein and phosphatidylinositol 3-kinase bind to distinct regions of the platelet-derived growth factor receptor beta subunit. Mol. Cell. Biol. 12: 2534—2544. PMID 1375321 DOI:10.1128/MCB.12.6.2534

Примітки

1. Захворювання, генетично пов'язані з PDGFRB переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
2. Сполуки, які фізично взаємодіють з Platelet derived growth factor receptor beta переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
3. Human PubMed Reference:.
4. Mouse PubMed Reference:.
5. HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:8804 (англ.) . Архів оригіналу за 27 березня 2015. Процитовано 5 вересня 2017. [Архівовано 2015-03-27 у Wayback Machine.]
6. UniProt, P09619 (англ.) . Архів оригіналу за 26 серпня 2017. Процитовано 5 вересня 2017.

Див. також

• Хромосома 5

Портал «Біологія»   Портал «Хімія»