Maluku Utara merupakan daerah otonomi provinsi hasil pemekaran wilayah dari Maluku yang sebelumnya menjadi salah satu Kabupaten Maluku Utara di Maluku. Pemerintahan di Maluku Utara melibatkan pimpinan daerah yang menjalankan kebijakan terkait birokrasi, ekonomi, sosial, pendidikan, kesehatan, pembangunan infrastruktur, dan lainnya, serta menyusun peraturan daerah bersama dengan Dewan Perwakilan Rakyat Daerah Provinsi Maluku Utara. Pimpinan daerah terdiri atas gubernur dan didampingi oleh wakil gubernur. Gubernur Maluku Utara pada awalnya dipilih oleh anggota DPRD Provinsi Maluku Utara dan akhirnya dipilih secara langsung melalui pemilihan umum pada 2008.
Setelah resmi berdiri sebagai provinsi, Kementerian Dalam Negeri menunjuk Surasmin sebagai penjabat gubernur dan setelahnya digantikan oleh Muhyi Effendie pada tahun 2000. Lalu, pergantian kepemimpinan kembali dilakukan setelah pemerintah pusat mengangkat Sinyo Harry Sarundajang menjadi penjabat gubernur hingga gubernur defintif dilantik di akhir 2002. Thaib Armaiyn menjadi gubernur definitif pertama yang terpilih melalui pemilihan di DPRD Provinsi Maluku Utara, sekaligus gubernur pertama Maluku Utara yang terpilih melalui pemilihan umum secara langsung.
Dalam tumpuk pemerintahan, seorang kepala daerah yang mengajukan diri untuk cuti atau berhenti sementara dari jabatannya kepada pemerintah pusat, maka Menteri Dalam Negeri menyiapkan penggantinya yang merupakan birokrat di pemerintah daerah atau bahkan wakil gubernur, termasuk ketika posisi gubernur berada dalam masa transisi. Berikut merupakan daftar pengganti sementara untuk jabatan Gubernur Maluku Utara.