Sekitar pukul 07.05 WIB , bom meledak di dalam ruangan Gereja Santa Anna di Jalan Laut Arafuru Blok A7/7, Duren Sawit. Pada saat hampir bersamaan sekitar pukul 07.00 WIB , bom juga meledak di lapangan parkir Gereja Huria Kristen Batak Protestan (HKBP) Jatiwaringin.[1][2]
Ledakan di Gereja Santa Anna terjadi ketika pastor tengah menyampaikan homili, demikian juga di Gereja HKBP Jatiwaringin, ledakan bom di Parkiran Gereja terjadi ketika Alm.Pdt. Makmur G.H. Tampubolon, S.Th sedang menyampaikan khotbah pada Ibadah Minggu yang sedianya dimulai Pkl.06.00 WIB namun mengalami keterlambatan sehingga Ibadah pada pagi itu baru dimulai Pkl.06.15 WIB.
Ketika ledakan terjadi di Parkiran Gereja, seluruh jemaat Gereja HKBP Jatiwaringin saat itu masih berada di dalam ruang Gereja dikarenakan Ibadah Minggu pagi itu masih berlangsung. Korban luka di Gereja HKBP Jatiwaringin sebanyak 1 orang, 1 mobil hancur, dikarenakan bom ditempatkan di bawah sebuah mobil milik jemaat, dan beberapa mobil jemaat lainnya rusak.
Dalam sidang 19 Februari 2004, Hakim Zainal Abidin Sangadji pada Pengadilan Negeri Jakarta Timur menjatuhkan vonis penjara selama 12 tahun kepada terdakwa Noor Misauri, seorang warga negara Malaysia.[3][4]
