Universitas Pembangunan Nasional (UPN) "Veteran" semula adalah suatu lembaga pendidikan tinggi yang didirikan atas prakarsa para pejuang kemerdekaan Republik Indonesia dengan nama Akademi Pembangunan Nasional (APN) "Veteran" yang didirikan di Kota Yogyakarta, Daerah Istimewa Yogyakarta dengan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Urusan Veteran Nomor: 139/Kpts/1965, tanggal 2 Oktober 1958. Selanjutnya dalam rangka peningkatan APN "Veteran"' berdasarkan Surat Keputusan Menteri Urusan Veteran dan Demobilisasi Nomor: 140/Kpts/1965, tanggal 30 Juli 1965, APN "Veteran" resmi berganti nama menjadi Perguruan Tinggi Pembangunan Nasional (PTPN) "Veteran".[2]
Pada tahun 1965 atas usul beberapa anggota veteran yang berdomisili di luar Yogyakarta, terjadi pengintegrasian dari beberapa perguruan tinggi, yaitu Universitas Veteran Nasional Surakarta menjadi PTPN "Veteran" cabang Surakarta, Akademi Perusahaan Veteran Surabaya menjadi PTPN "Veteran" cabang Surabaya. Kemudian pada tahun 1967, menyusul Akademi Tekstil, Akademi Bank dan Akademi Tatalaksana Pelayaran Niaga "Jos Soedarso" yang bernaung di bawah Lembaga Pendidikan Kader Pembangunan (LPKP) yaitu suatu lembaga pendidikan yang diusahakan dan diasuh oleh para anggota veteran di Jakarta, menjadi PTPN "Veteran" cabang Jakarta, dengan Surat Keputusan Menteri Urusan Veteran dan Demobilisasi Nomor: 09/Kpts/Menvet/1967 tanggal 21 Februari 1967. Dengan demikian PTPN "Veteran" tersebar di empat kota besar yaitu Yogyakarta sebagai pusatnya, sedangkan Surakarta, Surabaya, dan Jakarta menjadi cabang-cabangnya.[2]
Dalam perkembangan selanjutnya, PTPN "Veteran" Surakarta yang hanya terdiri dari dua fakultas yaitu Fakultas Geografi dan Fakultas Kedokteran, berdasarkan Surat Keputusan Menhankam/Pangab Nomor: Skep/B/503/V/1973 tanggal 22 Mei 1973, Fakultas Geografi kemudian dihapuskan, sehingga PTPN "Veteran" cabang Surakarta hanya tinggal satu fakultas, yaitu Fakultas Kedokteran. Pada tahun 1975, satu fakultas tersebut akhirnya bergabung dengan Universitas Sebelas Maret (UNS) Surakarta.[2]
Dengan dihapuskannya Departemen Transmigrasi, Veteran dan Demobilisasi, yang semula adalah Departemen Urusan Veteran dan Demobilisasi, pengelolaan Perguruan Tinggi Pembangunan Nasional (PTPN) "Veteran" selanjutnya bernaung di bawah Departemen Pertahanan Keamanan atau Angkatan Bersenjata Republik Indonesia. Dalam rangka sebagai pengembangan PTPN "Veteran", melalui Surat Keputusan Menhankam/Pangab Nomor: Skep/1555/XI/1977 tanggal 5 November 1977, PTPN "Veteran" berubah namanya menjadi Unversitas Pembangunan Nasional "Veteran".[2]
Berdasarkan Surat Keputusan bersama (SKB) antara Menteri Pendidikan dan Kebudayaan dan Menteri Pertahanan dan Keamanan Nomor: 0307/0/1994, Kep/10/XI/1994 tanggal 29 November 1994, UPN "Veteran" terhitung mulai tanggal 1 April 1995, mengalami perubahan dari status Kedinasan menjadi Perguruan Tinggi Swasta (PTS). Dengan perubahan tersebut UPN "Veteran" yang semula pembinaannya bernaung di bawah Departemen Hankam, beralih tanggung jawab pembinaannya ke Yayasan Kejuangan Panglima Besar Sudirman (YKPBS) sesuai dengan Surat Keputusan Menhankam Nomor: Kep/03/II/1993 tanggal 27 Februari 1993.[2]
Seluruh kampus UPN Veteran Yogyakarta dilalui sejumlah jalur bus Trans Jogja. Di dekat Kampus 1 terdapat halte UPN dan Stikes Guna Bangsa yang melayani jalur 3A, 3B, 5A, dan 5B. Di utara Kampus 2 Babarsari terdapat halte Sahid J-Walk dan Dishub DIY yang melayani jalur 1B, 5A, 5B, dan 7. Hanya jalur 5A dan 5B yang menghubungkan kedua kampus.