Universitas Borneo Tarakan disingkat sebagai UBT adalah sebuah perguruan tinggi negeri yang berkedudukan di Kota Tarakan, Kalimantan Utara. Kampus utama Universitas Borneo, terletak di Jl. Amal Lama No.1 Tarakan. Universitas Borneo didirikan oleh Yayasan Pinekindi pada tanggal 09 Oktober 1999 dan ditetapkan pada tanggal 30 Maret 2000 berdasarkan Surat Keputusan Yayasan Pinekindi Nomor: 011/YP/TRK/III/2000.
Universitas Borneo secara resmi mulai menyelenggarakan proses pendidikan pada tanggal 06 Juni 2001, sesuai dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional No. 37/D/O/2001. Saat ini Universitas Borneo menyelenggarakan Pendidikan Strata 1 (S-1) yang dilakukan oleh 6 (enam) Fakultas dengan 14 program studi. Rektor Universitas Borneo saat ini adalah Prof. Dr. Adri Patton, M.Si
Universitas Borneo Tarakan diubah statusnya menjadi negeri oleh Peraturan Presiden RI No. 19 yang dituangkan ke dalam Peraturan Presiden RI No. 65 Tahun 2010 Tentang Pendirian Universitas Bangka Belitung, Universitas Borneo Tarakan, dan Universitas Musamus yang ditetapkan di Jakarta pada tanggal 19 November 2010.