Dari tahun 1966 hingga 1979 Sujudi merupakan Kepala Bagian Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia (FKUI). Ia kemudian menjadi rektor Universitas Indonesia pada tahun 1985-1994. Antara penghargaan yang pernah ia peroleh adalah Bintang Mahaputra Adipradana pada tahun 1996 dan Soka University Award of Highest Honor dari Universitas Soka, Jepang.[1]
Kematian
Ia meninggal pada tanggal 23 Juni2007 akibat serangan jantung.[2] Saat meninggal, ia menjabat sebagai guru besar emeritus Bagian Mikrobiologi FKUI dan merupakan sesepuh Perhimpunan Persahabatan Indonesia-Jepang serta Ketua Transfusi Darah dan Rumah Sakit Palang Merah Indonesia. Selain itu, ia juga sedang menjabat sebagai Komisaris Utama PT Millenium Pharmacon Internasional, anggota Dewan Penasihat Komite Kemanusiaan Indonesia, dan Komisaris Utama PT Kosala Agung Metropolitan. Ia meninggalkan seorang istri, tiga anak, dan enam cucu dan dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Kalibata.[1]