Ia merupakan anak kesembilan dari sepuluh bersaudara pasangan R. Soempeno Reksosamodra dan R. Ngt. Wasiah Soempeno Reksosamodra.
Setelah menamatkan sekolah dasar HIS Muhammadiyah pada tahun 1937, ia kemudian melanjutkan sekolah menengah di MULO Muhammadiyah, Yogyakarta dan selesai pada tahun 1940. Keinginan yang kuat untuk menjadi guru membuatnya melanjutkan ke HIK Muhammadiyah, sebuah sekolah guru untuk tingkat menengah. Sekolah ini diselesaikannya pada tahun 1943. Sebenarnya Pranoto Reksosamodra sejatinya seorang guru sekolah menengah, sebelum ia terjun menjadi tentara Pembela Tanah Air (PETA) menjelang kemerdekaan Indonesia. Gegap-gempita menjelang proklamasi kemerdekaan, membuat calon guru ini terpanggil menjadi tentara pembela tanah airnya.
Tahun 1943, ia masuk Pendidikan Militer Renseital (PETA) di Magelang dan Kanbu Kyoikutai (PETA) Bogor. PETA lalu menjadi cikal bakal TNI. Selanjutnya pemuda Pranoto bergabung meniti karier militer mulai dari komandan peleton, komandan kompi, komandan batalion sampai komandan resimen infanteri dengan berbagai pengalaman perang gerilya di wilayah Jawa Tengah. Diawali dengan menempuh pendidikan di Sekolah Staf Komandan Angkatan Darat (SSKAD) 1957, ia kemudian menjadi Kepala Staf Tentara dan Teritorium (T&T) IV Kodam Diponegoro. Kemudian Pranoto berturut-turut menjadi Panglima Kodam III 17 Agustus Sumatera Barat (1958), Panglima Kodam IV Diponegoro (1959-1961), sampai pada akhirnya menjadi Asisten III Menteri Panglima Angkatan Darat bidang Personalia (1962-1965).
Nasib malang pelan-pelan mulai melingkungi kehidupannya. Selanjutnya, oleh sebab yang Pranoto sendiri pun tak ketahui, atas perintah Menteri Panglima Angkatan DaratSoeharto, dengan surat perintah penangkapan/penahanan No.37/2/1966, tertanggal 16 Februari1966, ia ditahan di Blok P, Kebayoran Baru, Jakarta dengan tuduhan terlibat dalam G30S. Sejak hari itu, tanpa pemeriksaan apalagi pengadilan, Jenderal Pranoto Reksosamodra mengalami penahanan selama 15 tahun, sampai dibebaskan pada 16 Februari1981. Selama itu pula, perlahan segala hak yang melekat sebagai anggota TNI Angkatan Darat tak lagi diterimanya, bahkan hilang sepenuhnya sejak tahun 1975. Ini semua berlangsung tanpa surat pemberitahuan resmi sama sekali.
