Stasiun ini memiliki empat jalur kereta api dengan jalur 1 merupakan sepur lurus, jalur 2 dan 3 yang digunakan untuk persilangan maupun penyusulan antarkereta api, serta jalur 4 yang kini jarang sekali digunakan.
Jalur 3 sampai 4 dahulu digunakan untuk kegiatan bongkar muat peti kemas dari Tanjung Priok maupun Kalimas—kereta api tersebut hanya beroperasi sekali dalam dua hari.[3] Namun, adanya suatu perencanaan dalam pembangunan frontage roadWaru–Buduran mengakibatkan kegiatan tersebut dipindahkan sepenuhnya ke Stasiun Kalimas, Surabaya, sejak awal 2015.[4]
Layanan kereta api
Berikut ini adalah layanan kereta api yang berhenti di stasiun ini sesuai Gapeka 2023.[5]