Stasiun ini memiliki enam jalur kereta api dengan jalur 2 merupakan sepur lurus dari dan ke arah Kandangan, tetapi hanya jalur 2 dan 3 saja yang masih aktif hingga kini.
Sepur belok untuk langsiran lokomotif KA lokal yang rangkaiannya ditarik lokomotif
Jalur 4
Sepur badug untuk jalur parkir KA barang (nonaktif)
Jalur 5
Sepur badug untuk jalur parkir KA barang (jarang digunakan)
Jalur 6
Di sebelah utara Stasiun Indro terdapat percabangan menuju Pabrik Semen Gresik dan PT Petrokimia yang berawal dari jalur 1. Terdapat juga jalur menuju Stasiun Gresik yang bermula dari jalur 2, dengan trase jalur berlanjut melingkari Kota Gresik hingga bertemu dengan jalur utama di Stasiun Sumari. Namun, semua percabangan jalur tersebut kini telah tidak digunakan.
Sejarah
Jalur yang menuju Pabrik Semen Gresik sudah tidak digunakan karena adanya pemindahan pabrik ke Tuban serta habisnya kontrak dengan PT KAI pada tahun 2010.[4] Sementara itu, jalur menuju ke Pabrik Petrokimia juga tidak pernah digunakan. Jalur yang melingkari Kota Gresik sudah lama mati sejak tahun 1980-an dan nyaris tidak berbekas. Begitu pula jalur yang menuju Stasiun Gresik di sekitar Pelabuhan Gresik juga dinonaktifkan pada Oktober 1975. Di atas jalur tersebut berdiri banyak bangunan rumah warga, tetapi pada jalur ini masih banyak jejak dan bekas yang masih dapat terlihat di pinggir timur Jalan Harun Tohir.
Pada 9 September 2016, Stasiun Indro kembali diaktifkan untuk melayani pemberangkatan kereta api peti kemas.[5] Namun, pengoperasian kereta api tersebut dihentikan sejak April 2017 karena tunggakan yang belum dibayar oleh pihak pengelola jasa angkutan peti kemas kepada PT KAI.[6]
Pada 10 Februari 2021, Stasiun Indro kembali melayani penumpang dengan pengoperasian kereta api komuter tujuan Sidoarjo untuk mobilitas pekerja dan warga di sekitar kawasan industri Gresik.[7]
Pada 11 Oktober 2021, berjalan ujicoba KA Kontainer menuju stasiun Indro yang akhirnya resmi berjalan kembali, berjalan 2 hari sekali. Pada 15 Oktober 2021, angkutan peti kemas dari stasiun ini kembali diaktifkan setelah 4 tahun mati suri. Namun, perjalanan diberhentikan kembali per 4 April 2022 untuk sementara waktu, karena adanya perbaikan emplasemen yang rusak.[8]
Pada 22 April 2022, terdapat penambahan jadwal kereta api komuter di Stasiun Indro. Jadwal kedatangan dan keberangkatan dalam sehari menjadi sebanyak tiga kali.[9]
Insiden
Pada Tanggal 19 Januari 2008 pukul 09.30, lokomotif BB 301 42 angkutan semen Gresik mengalami PLH di kawasan stasiun Indro, rangkaian tersebut menabrak 1 unit truk trailer sehingga loko tersebut mengalami kerusakan parah dan dinyatakan afkir
^Subdit Jalan Rel dan Jembatan (2004). Buku Jarak Antarstasiun dan Perhentian. Bandung: PT Kereta Api (Persero).
^PT Kereta Api Indonesia (Persero) (21 Januari 2020). "Selayang Pandang Daerah Operasi 8 Surabaya"(PDF). e-PPID PT Kereta Api Indonesia. Diarsipkan dari versi asli(PDF) tanggal 2020-10-08. Diakses tanggal 5 Oktober 2020.