Partai ini merupakan hasil penggabungan dari dua partai yang bernama PNI yang sempat berdiri pada era reformasi, yaitu PNI di bawah pimpinan Bachtar Oscha Chalik dan PNI di bawah pimpinan Irawan Sunario. Saat penggabungan partai akhir Desember 1998 yang lalu, Irawan Sunario mengungkapkan, penyatuan PNI adalah suatu keharusan. PNI pimpinan Bachtar Oscha Chalik ini memang bertujuan menghimpun kembali anggota PNI yang terpencar-pencar.[1][2]
Pemilihan umum 1999
Partai ini mengikuti pemilihan umum legislatif tahun 1999 dan mendapatkan suara sebanyak 345.629 suara atau 0,33 persen suara dan mendapatkan satu kursi di DPR.