Daerah sekitar Laut Natuna merupakan salah satu daerah tujuan pariwisata di Indonesia. Pulau Bawah yang ada di Kepulauan Anambas termasuk dalam 5 Pulau Tropis Terbaik Asia. Sedangkan Pantai Trikora dan Pantai Lagoi di Pulau Bintan adalah pantai tujuan para turis asing, khususnya turis dari Singapura dan Malaysia. Keindahan bawah Laut Natuna sendiri menjadi jamuan bagi para pecinta snorkeling dan diving.
Perikanan adalah kegiatan ekonomi terpenting di Laut Natuna. Para nelayan banyak menggantungkan hidupnya dari laut ini. Salah satu jenis ikan langka yaitu Ikan Napoleon juga banyak ditemukan di perairan ini.
Karena letaknya yang berada di perbatasan, potensi perikanan yang melimpah di Laut Natuna sering dicuri oleh kapal-kapal asing ilegal. Kapal-kapal ini biasanya berasal dari negara Malaysia, Kamboja, dan Vietnam. Oleh karena itu, perairan Laut Natuna merupakan wilayah fokus bagi TNI AL, khususnya yang berpusat di Ranai, dan Kementerian Kelautan dan Perikanan Indonesia. Laut Natuna menjadi tempat pertama ditenggelamkannya kapal asing yang mencuri ikan atas arahan Presiden Indonesia, Joko Widodo dan Susi Pudjiastuti.
