Laut Halmahera merupakan salah satu perairan yang memiliki peranan yang sangat penting bagi perkembangan iklim Indonesia. Wilayah perairan Laut Halmahera merupakan jalur ARLINDO yang menjadi bagian dari sirkulasi arus global.[2]
Direncanakan pada awal tahun 2032, pemerintah Indonesia sudah mulai melakukan studi kelayakan untuk pembangunan jembatan bersama Kereta Cepat atau LRT yang akan melintasi bersama dengan selat ini, yaitu pembangunan Jembatan Laut Halmahera antara Pulau Halmahera di barat, Waigeo dan Irian Jaya di timur.