Arias mengikuti Partido Liberación Nacional (PLN), partai demokrasi sosial utama Kosta Rika. Ia berhasil memenangkan jabatan presiden pada 1986. Masa jabatan Arias menyaksikan transformasi ekonomi Kosta Rika dari yang berdasarkan hasil bumi tradisional (kopi dan pisang) kepada yang lebih berfokus pada pertanian non-tradisional (misalnya bunga eksotik, dan buah-buahan) dan pariwisata. Beberapa orang dalam PLN mengkritik administrasinya yang meninggalkan ajaran demokrasi sosial partai ini dan memperkenalkan model ekonomi neoliberal.
Arias menerima Penghargaan Perdamaian Nobel 1987 untuk kerjanya ke arah penandatanganan Persetujuan Esquipulas II. Ini adalah rencana memperkenalkan 'demokrasi' dan perdamaian di tanah genting Amerika Tengah selama masa huru-hara besar dan pengaruh luar pada pertengahan Perang Dingin. Sebagian karena jatuhnya blok komunis yang dipimpin Uni Soviet yang telah mendukung pemerintahan kiri dan kekacauan di Amerika Tengah, penandatanganan perjanjian memang diikuti oleh berakhirnya sebagian besar perang di Amerika Tengah.
Arias kemudian menyeru pada tingkat integrasi yang lebih tinggi di daerah Amerika Tengah dan mempromosikan pembentukan Parlemen Amerika Tengah (Parlamento Centroamericano). Sampai kini, satu-satunya negara Amerika Tengah yang belum menandatangani persetujuan ini ialah Kosta RiKa. Arias juga memodifikasi sistem pendidikan negeri ini. Tindakan terpenting dalam hal ini ialah pengenalan kembali ujian akademis di akhir sekolah dasar dan menengah.
Setelah sebuah kontroversi oleh Mahkamah Konstitusi yang membatalkan konstitusi yang melarang mantan presiden kembali mencalonkan diri, pada 2004 Arias mengumumkan bahwa ia ingin berpacu kembali untuk jabatan presiden, dalam pemilu Februari 2006. Awalnya pemilu ini terlalu cepat. Sebulan kemudian, pada 7 Maret, setelah penghitungan secara manual, hasil resmi menunjukkan Arias mengalahkan lawannya Otton Solis dengan 18.169 suara (1,2% dari suara yang valid).