Kisah lahirnya Silali bermula dari Si Boru Pandan Somalos boru Limbong (istri Toga Siregar). Diceritakan, istri Toga Siregar resah dan ingin segera memiliki anak laki-laki karena selama ini selalu melahirkan anak perempuan. Sedangkan istri klan Nainggolan Parhusip sebaliknya, selalu melahirkan anak laki-laki dan ingin mempunyai anak perempuan. Pada suatu kesempatan tanpa diduga mereka sama-sama mengandung dan secara kebetulan pula mereka melahirkan pada waktu yang bersamaan. Namun, Si Boru Pandan Somalos boru Limbong kembali melahirkan anak perempuan dan istri Nainggolan Parhusip melahirkan anak laki-laki lagi. Akhirnya dibantu Sang Si Baso (yang membantu persalinan), istri Siregar dan istri Parhusip kemudian sepakat untuk mengadakan pertukaran untuk mencapai keinginan tadi. Manahan Laut (anak Parhusip) akhirnya menjadi Silali, sebagai gantinya anak perempuan Siregar yang bernama Sitatap Birong menjadi anak dari Parhusip. Demikianlah pertukaran terjadi bahkan tanpa sepengetahuan suami mereka. Dan atas dasar kesepakatan itu mereka merahasiakannya; rahasia/husip.
Pertukaran anak ini menjadi suatu perjanjian (bahasa Batak Toba: padan). Bukan hanya marga Nainggolan Parhusip dengan marga Siregar Silali saja, tetapi padan ini dipegang dan dihormati seluruh keturunan Toga Siregar dan Toga Nainggolan. Hingga kini, Siregar dan Nainggolan tidak boleh menikah satu sama lain.