Kerajaan Klungkung berdiri setelah penyerangan kembali I Gusti Agung Maruti yang berkuasa di Gelgel tahun 1686 masehi. Panglima Perang Dewa Agung Jambe merebut kembali Gelgel dari kekuasaan I Gusti Agung Maruti adalah Rakriyan Gusti Ngurah Kubontubuh (Kyayi Jumbuh Karo) dibantu oleh Kyayi Paketan, Ki Gusti Panji Sakti dari Buleleng, I Gusti Nyoman Pemedilan, Pemecutan Badung, I Gusti Hyang Taluh, Ki Dukuh Pemedilan, I Gusti Sukahet, I Gusti Dauh dan I Gusti Ngurah Sidemen. Setelah Gelgel dapat direbut kembali oleh Dewa Agung Jambe, kemudian atas saran I Gusti Ngurah Sidemen, Kerajaan dipindahkan ke Puri Semarajaya Klungkung dengan Patih Agung yang masih setia yaitu Rakriyan Gusti Ngurah Kubontubuh di Jero Agung Kepatihan, Pekandelan Klungkung.
Kerajaan Klungkung berakhir dengan perang Puputan Klungkung tahun 1908 sebagai kerajaan terakhir di Bali yang melakukan perlawanan dengan cara puputan dalam mempertahankan eksistensinya sebagai kerajaan yang merdeka terhadap meluasnya praktik politik kolonial Belanda di Nusantara.[3]
Sistem Sosial
Sebagai sebuah kerajaan secara struktur tampak unsur-unsur yang saling mengait di dalamnya. Hubungan antara kepemimpinan raja, Dewa Agung sebagai penjelmaan Wisnu (gusti) dengan rakyat (kaula) atau bagawanta dengan raja dan rakyatnya sisya. Stratifikasi sosial yang dipengaruhi oleh Hinduisme dengan pembagian yang mirip dengan kasta-kasta di India. Tradisi-tradisi kerajaan seperti: tawan karang, mesatia, penobatan raja, hubungan dengan kerajaan-kerajaan lainnya, kerja sama antara kerajaan-kerajaan Bali dalam menghadapi musuh dari luar, hubungan kerajaan Klungkung dengan pemerintah Hindia Belanda. Tradisi-tradisi Majapahit seperti pusaka-pusaka keraton seperti keris dan tombak, asal usul keturunan raja bersal dari Majapahit.
Masyarakat kerajaan di Klungkung memperlihatkan ciri masyarakat yang bertingkat-tingkat sesuai dengan golongan yang ada. Dalam situasi sosio-kultural seperti inilah kelompok elite yang memimpin tumbuh dan dibesarkan serta berpengaruh di masyarakat. Pengaruh yang sangat kuat tampak jelas dalam peran yang dimainkan oleh elite politik dan religius senantiasa bisa dikembalikan pada golongan brahmana. Raja-raja yang memerintah sampai raja terakhir yaitu Dewa Agung Jambe dengan para kerabatnya yang memegang kekuasaan disatu pihak dan Bagawanta dipihak lain memiliki posisi sentral dalam pemerintahan di Klungkung, posisi sentral kelompok pemimpin ini diperkuat lagi dengan adanya bentuk-bentuk kepercayaan yang bersifat magis.
Kepercayaan terhadap kekuatan magis dan kitos tentang tokoh pemimpin terutama sangat menonjol sekitar pribadi raja, Dewa Agung, yang dianggap sebagai penjelmaan Wisnu. Benda-benda pusaka seperti keris, tombak dan meriam I Seliksik memegang peranan penting dalam menambah kewibawaan raja yang memerintah.[4]
Hindia Belanda mulai mengurangi kedaulatan Kerajaan Klungkung dan ingin memasukkan ke dalam wilayahnya. Pada tanggal 24 Mei1843, diadakan perjanjian penghapusan tradisi tawan karang Kerajaan Klungkung. Perjanjian ini telah menimbulkan rasa tidak senang dikalangan pejabat kerajaan. Ditambah dengan sebab-sebab lainnya, seperti perampasan dua buah kapal yang kandas di Bandar Batulahak (Kusamba). Keterlibatan laskar Klungkung dalam perang antara Buleleng dengan Militer Belanda di Jagaraga tahun 1848-1849 mempertajam permusuhan antara pihak Belanda dengan pihak Kerajaan Klungkung. Permusuhan dan rasa tidak puas Dewa Agung Istri Balemas memuncak, dan akhirnya meletus menjadi perang terbuka yaitu Perang Kusamba tahun 1849. Pada perang itulah Jenderal Michiels, pimpinan ekspedisi militer Belanda, tewas.
Dari peristiwa perang Kusamba, menurut sumber penulis Belanda, ialah munculnya tokoh wanita yaitu Dewa Agung Istri Balemas sebagai seorang wanita yang sangat benci dan menentang intervensi Belanda dan ia dianggap pemimpin golongan yang senantiasa menggagalkan perjanjian perdamaian dengan pihak Belanda.
Diawal Abad ke-20, disodorkan lagi perjanjian tentang Tapal Batas antara Kerajaan Gianyar dengan Kerajaan Klungkung, tepatnya pada tanggal 7 Oktober1902. Setelah penandatanganan perjanjian Tapal Batas timbul perselisihan antara Kerajaan Klungkung dengan Gubernemen mengenai Daerah Abeansemal, Vasal Kerajaan Klungkung yang berada di daerah Kerajaan Gianyar. Dukungan raja Klungkung dilakukan semasa meletusnya perang Puputan di Kerajaan Badung tahun 1906.
Perjanjian tanggal 17 Oktober1906 tentang kedaulatan Gubernemen atas Kerajaan Klungkung telah menurunkan status kenegaraan dan politik Kerajaan Klungkung sebagai sesuhunan raja-raja Bali. Hal ini memperkuat sikap menentang Dewa Agung Jambe II dan kalangan pembesar kerajaan yang memuncak pada perlawanan Puputan Klungkung tahun 1908, yang menyebabkan kehancuran kerajaan dengan terbunuhnya raja Dewa Agung Jambe II beserta banyak pengikutnya.
Pada 25 Juli1929, pemerintah Hindia Belanda merestorasi kepemimpinan Kerajaan Klungkung dengan mengangkat Dewa Agung Oka Geg sebagai Regent. Selanjutnya setelah kemerdekaan Republik Indonesia, Klungkung hanya berstatus sebagai sebuah kabupaten di dalam pemerintahan Provinsi Bali.
