Gunungsitoli sebagai sebuah kota yang dimekarkan dari Kabupaten Nias pada 2008 memiliki kepala daerah yang umumnya disebut sebagai Wali Kota. Wali Kota Gunungsitoli merupakan seorang politisi yang terpilih bersama dengan wakil wali kota melalui pemilihan umum secara langsung yang digelar setiap lima tahun sekali. Pada umumnya, wali kota diusung oleh gabungan partai politik yang setidaknya memiliki kursi di Dewan Perwakilan Rakyat Daerah, serta dapat didukung oleh partai-partai politik non parlemen.