Wali Kota dalam tugas pemerintahannya dibantu oleh wakil kepala daerah dengan posisi kedua sebagai pendamping Wali Kota yang umumnya disebut Wakil Wali Kota. Wakil Wali Kota Gunungsitoli merupakan seorang politisi yang terpilih secara demokratis melalui pemilihan umum secara langsung oleh rakyat yang digelar setiap lima tahun sekali. Posisi ini pertama kali dibentuk pada tahun 2011 dengan pejabat pertamanya adalah Aroni Zendratö.