Лодка совершила 6 боевых походов, потопила одно судно водоизмещением 42 252 брт и один вспомогательный военный корабль водоизмещением 4 443 брт, повредила 2 судна суммарным водоизмещением 10 067 брт. Невосстановимо повредила 1 судно водоизмещением 9 577 брт.
С 8 ноября по 12 декабря1939 состоялся второй поход U-28. В этом походе лодке были даны инструкции установить минное поле возле порта города Суонси. По пути в БристольU-28 потопила два судна: датский (по другим данным Нидерландский) танкерMV Sliedrecht (5000т) и британское грузовое судноSS Royston Grange (5100т). После этого U-28 установила минное поле и вернулась в порт в Германии. Хотя минные поля и не имеют немедленного успеха, но 60 дней спустя на нем подорвалось британское грузовое судноSS Protesilaus (9600т), которое было вынуждено выброситься на берег и, в результате, было признано невосстановимым[2].
С 8 июня по 7 июля1940 состоялся четвёртый поход U-28. Она была отправлена в Западные подходы и вернулась со средними показателями, потопив 3 судна: финское грузовое судноSS Sarmatia, греческое SS Adamandios Georgandis и британское судно-обманка[англ.]HMS Prunella (X02) (суммарно 10300т)[4]. Ирландское правительство потребовало объяснений от Германии за потопление нейтрального греческого судна SS Adamandios Georgandis: "Весь груз которого составляло зерно исключительно для потребления на острове Эре"[5]. Оно направлялось из Росарио (Аргентина) в Корк с грузом пшеницы, когда было торпедировано и потоплено[6] к юго-западу от Ирландии в районе с координатами 43°21′ с. ш. 11°09′ з. д.HGЯO.
5-й поход
С 11 августа по 17 сентября1940U-28 выходила в пятый поход и он оказался самым продуктивным для капитан-лейтенантаГюнтера Кунке (нем.Kapitänleutnant Günter Kuhnke. В августе субмарина торпедировала и уничтожила два грузовых судна: норвежское SS Eva (тяжело повредив его, в результате судно выбросилось на мель и не восстанавливалось) и британское SS Kyno (суммарно 5500брт). 10 сентябряU-28 обнаружила и начала преследование конвоя OA-210[англ.]. 11 сентября в темноте U-28 атаковала конвой и увеличила свой счет на два уничтоженных больших грузовых судна: британское SS Mardinian и датское SS Maas (13000брт каждое), а также нанесла тяжелые повреждения британскому SS Harpenden (было заявлено как неремонтопригодное, однако было отремонтировано и возвращено в строй в 1941 как SS Empire Stour[7].) (10000т), доведя суммарный счет Кунке за поход до пяти судов и 30000т. Однако во время послевоенного анализа датское грузовое судно дало ему всего 2000т, а поврежденное британское - 4700т, что, в совокупности с предыдущими потоплениями, сократило его счет до четырёх кораблей и 9945т. По возвращении в Лорьян за свою службу Кунке был награждён Железным крестом[8].
6-й поход
Шестой поход U-28 вернул её из Лорьяна в Германию. Однако по причине сильного волнения и плохой погоды, U-28 потопила всего лишь половину корабля (2694т). (U-28 и U-31 поделили счет за потопление грузового суднаSS Matina).
U-28 потоплена 17 марта1944 года у пирса подводных лодок в Нойштадте, в районе с координатами 54°07′ с. ш. 10°50′ в. д.HGЯO в результате происшествия. Во время тренировочных упражнений лодка проходила под макетом грузового судна, используемого как цель. Командир-студент не заметил неподвижный корабль, и, в результате рубка подводной лодки была оторвана. Центральный пост был затоплен, однако остальные отсеки не пострадали. Команда смогла спастись медленно выравнивая давление в лодке и выплыть на поверхность. Поднята в марте 1944 года. Списана 4 августа1944 года. За время службы команда подводной лодки не потеряла ни одного человека.
13 ноября1940 года U-28 встретила вражескую субмарину в Северной Атлантике. Были зафиксированы два взрыва за кормой, предположительно явившиеся результатом её безуспешной атаки на U-28.
Бишоп К. Подводные лодки кригсмарине. 1939—1945. Справочник-определитель флотилий = Kriegsmarine U-boats 1939—1945. — М.: Эксмо, 2007. — 192 с. — (Военная техника III Рейха). — ISBN 978-5-699-22106-6.
Роувер Ю. Субмарины, несущие смерть. Победы подводных лодок стран гитлеровской Оси = Jürgen Rohwer. Axis submarine successes 1939—1945. — М.: ЗАО Изд-во Центрполиграф, 2004. — 416 с. — 2000 экз. — ISBN 5-9524-1237-8.