Лодка совершила 7 боевых походов. Потопила 4 судна суммарным водоизмещением 1 356 брт (все в пятом походе)[1].
Пятый боевой поход
U-209 вышла из Киркенеса 5 августа 1942 года. Первоначально она патрулировала район Баренцева моря к северо-востоку от мыса Канин Нос. Для содействия операции Wunderland, 14 августа командование направило её патрулировать район пролива Карские ворота, а 16 августа — к Югорскому Шару для преследования обнаруженных авиаразведкой советских судов[2].
Утром 17 августа 1942 года в двух милях от северного побережья острова Матвеева в Баренцевом море, U-209 обнаружила невооружённый караван советских судов, в составе буксирного парохода «Комсомолец» с баржей «П-4» на буксире и буксирного парохода «Норд», который вёл на буксире неисправный буксирный пароход «Комилес» и баржу «Литер-Ш». Караван под общим руководством капитана портаНарьян-Мар А. С. Козловского осуществлял рейс из посёлка Хабарово в Нарьян-Мар в интересах НКВД, перевозил груз и пассажиров[3], большинство которых составляли заключённые Югорлага, размещённые на барже «П-4»[4].
Артиллерийским огнём и торпедами U-209 потопила «П-4», «Литер-Ш» и «Комилес». «Комсомолец» загорелся и выбросился на берег у северной оконечности острова Матвеева. Пароходу «Норд» удалось уйти. Из 328 человек, находившихся на уничтоженных судах каравана, погибло 305 человек[5].
В этом бою U-209 истратила все снаряды к 88-мм орудию. Узнав об этом, командование согласовало её встречу с U-456 для передачи части боезапаса последней на U-209. Подлодки встретились днём 19 августа в проливе Костин Шар, но подверглись атаке советских тральщиков ТЩ-39, ТЩ-58 и мотобота «Полярник», открывших артиллерийский огонь, отвечать на который могла только U-456. Попаданий ни одна из сторон не добилась, немецкие подлодки ушли от преследования по поверхности, пользуясь преимуществом в скорости. Вечером того же дня к западу от полуострова Гусиная Земля U-456 передала 80 снарядов на U-209[6].
26 августа, патрулируя район Югорского Шара, U-209 потерпела аварию: от удара о льдину погнулся командирский перископ, в результате его стало невозможно опустить. Бродда запросил разрешение вернуться на базу, но его патрулирование считалось важным для обеспечения операции Wunderland, поэтому возвращение пришлось отложить. Утром 28 августа U-209 обстреляла посёлок Ходовариха и замеченные на берегу грузовики. В посёлке возник пожар, но здание радиостанции, бывшее основной целью атаки, не пострадало. В тот же день U-209 завершила патрулирование и 1 сентября 1942 года пришла в Нарвик[7].
Седьмой боевой поход и гибель
Вышла в поход 6 апреля 1943 года из Киля. 4 мая во время патрулирования в Северной Атлантике к югу от Гренландии U-209 подверглась атаке глубинными бомбами с канадского гидросамолёта типа «Каталина». 6 мая она смогла связаться с U-954 из района с примерными координатами 52° с. ш. 38° з. д.HGЯO и через неё передала рапорт о серьёзных повреждениях, включая выход из строя основного передатчика. Вскоре после этого командование приказало U-209 возвращаться на базу, но подлодка больше не отозвалась и 19 мая была объявлена пропавшей без вести. Возможно, причиной гибели U-209 стала авария при погружении, вызванная полученными повреждениями. Вместе с подлодкой погиб весь экипаж (46 человек)[8].
4 мая 1943 года к югу от мыса Фарвель, Гренландия, в районе с координатами 56°38′ с. ш. 42°38′ з. д.HGЯO лодка была атакована глубинными бомбами с канадского гидросамолёта типа «Каталина» и получила значительные повреждения. До 1991 года считалось, что в результате этой атаки была потоплена U-630.
Бишоп К. Подводные лодки кригсмарине. 1939—1945. Справочник-определитель флотилий = Kriegsmarine U-boats 1939—1945. — М.: Эксмо, 2007. — 192 с. — (Военная техника III Рейха). — ISBN 978-5-699-22106-6.
Сергеев А. А.Операция «Wunderland» // Германские подводные лодки в Арктике 1941-1942 (рус.). — М.: ЗАО «Русский Издательский Дом», 2003. — С. 198—204. — 304 с. — ISBN 5-9900099-1-7.
Титова Т. В. "Особая папка" бывшего партийного архива о войне в Арктике (рус.) // Северные конвои : Исследования, воспоминания, документы : альманах. — Архангельск, 2000. — Вып. 4. — С. 256—290. — ISBN 5-85879-070-4.
Роувер Ю. Субмарины, несущие смерть. Победы подводных лодок стран гитлеровской Оси = Jürgen Rohwer. Axis submarine successes 1939—1945. — М.: ЗАО Изд-во Центрполиграф, 2004. — 416 с. — 2000 экз. — ISBN 5-9524-1237-8.