Leluhur marga Nababan adalah Borsak Mangatasi, anak ketiga Toga Sihombing. Keturunan lainnya berturut-turut dari yang paling tua, yakni Borsak Jungjungan (Silaban), Borsak Sirumonggur (Lumbantoruan), dan Borsak Bimbinan (Hutasoit).
Semula, Sihombing bermukim di Pulau Samosir. Namun, Sihombing beserta keempat anaknya (Silaban, Lumbantoruan, Nababan, Hutasoit) berpindah ke seberang Danau Toba, ke wilayah yang bernama Tipang. Daerah ini berada di pinggir pantai selatan Danau Toba, dengan pesisir yang sempit dan dikelilingi perbukitan yang cukup tinggi di sebelah selatannya. Bakkara, tempat pemukiman para Si Singamangaraja turun temurun, berada tidak jauh dari Tipang.
Di kemudian hari, keturunan Toga Sihombing juga menyebar dari Tipang di pesisir Danau Toba ke dataran yang lebih tinggi di Humbang. Keturunan Nababan yang membuka kampung di Sipultak adalah Ompu Domi Raja Nababan. Dari Sipultak, kemudian berpindah ke Balige, dan kembali lagi ke Sipultak.
Ompu Domi Raja mempunyai 2 orang anak laki-laki, yaitu Sandar Nagodang yang menyebar ke Lumban Patik, dan Tuan Sirumonggur yang menyebar ke Sitabotabo. Dari kedua daerah inilah, secara bertahap keturunan Nababan berpencar di berbagai daerah di dataran tinggi Humbang, yaitu:
Nagasaribu, Lintongnihuta, dan sekitarnya
Butar Toruan (Lumbantongatonga, Paniaran, dan Lumban Motung), dan sekitarnya
Lumbantoruan di Lintong Nihuta, Sipultak, Butar Dolok, Bahalbatu, Sibaragas, dan sekitarnya.
Hutasoit di Silait-lait, HCB, Lintongnihuta, dan sekitarnya.
Seiring pertumbuhan populasi marga Nababan yang cepat, keluarga-keluarga Nababan yang baru menyebar ke berbagai tempat lainnya, terutama sejak masa revolusi kemerdekaan Indonesia. Beberapa di antaranya banyak yang menyebar ke Sidikalang, Dairi, Kutacane, Aceh Tenggara, Silangkitang, Pahae Jae, Hitetano, Habinsaran, Porsea dan ke kota-kota besar di Sumatera dan pulau lainnya di Indonesia.
