Dinasti Qing (1644–1911). Penguasa Qing adalah orang Manchu, bukan Han, dan mereka sendiri merupakan minoritas di Tiongkok. Dinasti Qing mengalami lima pemberontakan Muslim. Pemberontakan pertama dan terakhir disebabkan oleh pertikaian sektarian antara aliran-aliran Muslim Sufi saingan.
Pemberontakan anti-Qing
Muslim loyalis Ming
Ketika Dinasti Qing menyerbu Dinasti Ming pada tahun 1644, para loyalis Ming Muslim di Gansu yang dipimpin oleh para pemimpin Muslim, Milayin[1] dan Ding Guodong mengobarkan pemberontakan pada tahun 1646 melawan Qing selama Pemberontakan Milayin untuk mengusir Qing dan mengembalikan Pangeran Ming Yanchang Zhu Sichuan ke takhta sebagai kaisar.[2] Para loyalis Ming Muslim didukung oleh Sultan Hami Sa'id Baba dan putranya Pangeran Turumtay.[3][4][5] Para loyalis Ming Muslim disertai oleh orang Tibet dan Tionghoa Han dalam pemberontakan ini.[6] Setelah pertempuran sengit, dan perundingan-perundingan, sebuah perjanjian perdamaian disepakati pada tahun 1649, dan Milayan dan Ding secara nominal berjanji setia kepada Qing dan diberi pangkat sebagai anggota militer Qing.[7] Ketika para loyalis Ming lainnya di Tiongkok selatan bangkit kembali dan Qing dipaksa untuk menarik pasukan mereka dari Gansu untuk melawan mereka, Milayan dan Ding sekali lagi mengangkat senjata dan memberontak melawan Qing.[8] Para loyalis Ming Muslim kemudian dihancurkan oleh Qing dengan 100.000 dari mereka, termasuk Milayin, Ding Guodong, dan Turumtay terbunuh dalam pertempuran.
Cendekiawan Muslim Hui Konfusianisme, Ma Zhu (1640-1710) ikut membantu para loyalis Ming selatan melawan Qing.[9] Zhu Yu'ai, Pangeran Ming Gui ditemani oleh para pengungsi Hui ketika dia melarikan diri dari Huguang ke perbatasan Burma di Yunnan dan sebagai tanda pembangkangan mereka terhadap Qing dan kesetiaan kepada Ming, mereka mengubah nama marga mereka menjadi Ming.[10]
Pemberontakan awal di Xinjiang, Shaanxi, dan Gansu
Dari tahun 1755—1757, Kaisar Qianlong berperang dengan Kekhanan Zunghar di barat laut. Dengan penaklukan Dzungaria, ada upaya untuk membagi wilayah Xinjiang menjadi empat sub kekhanan di bawah empat pemimpin yang berada di bawah kaisar. Demikian pula, Qing mengangkat para anggota yang sebelumnya merupakan anggota dari klan Ak Taghliq di Khoja Turkistan Timur, sebagai penguasa di Cekungan Tarim barat, di selatan Pegunungan Tianshan. Namun, pada tahun 1758-1759, pemberontakan terhadap pengaturan ini pecah di utara dan selatan pegunungan Tian Shan. Kemudian di oasis Ush di selatan Danau Balkhash pada tahun 1765.
Pemberontakan Ush pada tahun 1765 oleh suku Uighur melawan Manchu terjadi setelah wanita Uighur diperkosa beramai-ramai oleh para pelayan dan putra pejabat Manchu, Su-cheng.[11][12][13]
Forbes, Andrew ; Henley, David (2011). Traders of the Golden Triangle (chapter on Du Wenxiu, the Panthay Rebellion and the founding of Panglong in Burma). Chiang Mai: Cognoscenti Books. ASIN: B006GMID5K
Kim Hodong, "Holy War in China: The Muslim Rebellion and State in Chinese Central Asia, 1864-1877". Stanford University Press (March 2004). ISBN0-8047-4884-5.
Keim, Jean (1954). Les Musulmans Chinois. France Asie.
Gernet, Jacques. A History of Chinese Civilization. 2. New York: Cambridge University Press, 1996. ISBN0-521-49712-4