Ketika Dinasti Yuan runtuh, banyak orang-orang Mongol dan juga Muslim yang datang menetap di Tiongkok. Kebanyakan dari keturunan mereka mengambil nama Tionghoa dan menjadi bagian dari budaya Tiongkok.[1] Saat pemerintahan Ming selanjutnya (1368-1644), orang-orang Muslim benar-benar mengambil budaya Tionghoa. Banyak dari mereka menjadi fasih berbahasa Cina dan menggunakan nama Tionghoa dan ibu kota, Nanjing, menjadi pusat pembelajaran Islam.
Pada masa pemerintahan Dinasti Ming, jumlah penduduk Muslim merosot dengan cepat di kota pelabuhan. Hal ini disebabkan oleh penutupan semua perdagangan ke dunia luar melalui jalan laut kecuali perdagangan yang dikontrol dengan ketat oleh pemerintah.
^Richard Bulliet, Pamela Crossley, Daniel Headrick, Steven Hirsch, Lyman Johnson, and David Northrup. The Earth and Its Peoples. 3. Boston: Houghton Mifflin Company, 2005. ISBN 0-618-42770-8