U-564 належав до німецьких підводних човнів типу VIIC, найчисельнішого типу субмарин Третього Рейху, яких було випущено 703 одиниці. Службу розпочав у складі 1-ї навчальної флотилії ПЧ. 1 червня 1941 року продовжив службу у бойовому складі цієї флотилії.
З червня 1941 до червня 1943 року U-564 здійснив 9 бойових походів в Атлантичний океан, в яких провів 398 днів[2]. За цей час човен потопив 18 суден, сумарною водотоннажністю 95 544 GRT і 1 військовий корабель (британський корвет«Зінніа», 900 тонн), а також пошкодив чотири судна (28 907 GRT).
9 червня U-564 вийшов з військово-морської бази у свій останній похід разом з чотирма іншими підводними човнами, U-185, U-358, U-634 і U-653. О 18:59 13 червня патрульні літаки Королівських ПС «Сандерленд» помітили човни та атакували їх у Біскайській затоці поблизу мису Фіністер. Один літак націлився на U-564 і скинув бомби, але був збитий зенітним вогнем, загинули усі 11 членів екіпажу британського літака. U-564 зазнав серйозних пошкоджень і у супроводі U-185 повернув назад. 14 червня1943 року їх виявив британський бомбардувальник«Вітлі», який розпочав стежити за U-Boot. U-564 через уже отримані пошкодження не міг зануритися. О 16:45 «Вітлі» атакував U-564. Два підводні човни відкрили зенітний вогонь, завдавши певної шкоди британському літаку, але глибинні бомби бомбардувальника завдали невиправних пошкоджень U-564, і о 17:30 той затонув. Пошкоджений «Вітлі» був змушений здійснити вимушену посадку на воду, де французький траулер врятував екіпаж. З числа екіпажу U-564 загинули 28 матросів, вижили 18, включаючи командира. U-185 підібрав їх і через дві години переправила на німецький есмінець Z24.
Gröner, Erich; Jung, Dieter; Maass, Martin (1991). Die Schiffe der Deutschen Kriegsmarine und Luftwaffe 1939-45 und ihr Verbleib von Erich Gröner. Bearbeitet von Dieter Jung und Martin Maass. München, J. F. Lehmanns Verlag, (1972).
Gröner, Erich; Jung, Dieter; Maass, Martin (1991). U-boats and Mine Warfare Vessels. German Warships 1815—1945. 2. Translated by Thomas, Keith; Magowan, Rachel. London: Conway Maritime Press. ISBN 0-85177-593-4.
Блэйр К.Подводная война Гитлера (1939—1942): Охотники = Clay Blair: Hitler's U-Boat War. T. 1: The Hunters, 1939—1942. Nowy Jork: Random House, 1996 / Пер. с англ. A.B. Николаева, И.А. Николаева. — М. : ООО «Издательство АСТ»; СПб.: Terra Fantastica, 2001. — 640 с. — (Военноисторическая библиотека) — 7000 прим. — ISBN 5-17-004952-8.(рос.)
Sharpe, Peter (1998). U-Boat Fact File. Great Britain: Midland Publishing. ISBN 1-85780-072-9.