Вперше згадується у документах 27 грудня 1424 року. Разом із батьком і братами склав 29 березня 1425 року в Сєрадзі присягу вірності королеві Владиславові Яґайлу, пообіцявши, що тенутиОльштин і Бобровники не дістануться нікому, крім монарха, а в разі його смерті — лише королевичу Владиславу або королеві Ядвізі[2].
Наприкінці травня 1436 року став першим осібним підкоморієм люблінським, який не поєднував цей уряд із урядом підкоморія сандомирського. Перебував на посаді до кінця лютого 1439 року[3].
25 квітня 1438 року в Новому Корчині Ян зі Щекочинів став членом конфедерації Збіґнєва Олешьніцького[pl], спрямованої проти каштеляна бецькогоСпитка з Мельштина[2]. За різними даними, з кінця 1438 чи з травня 1439 року став старостою люблінським[4]. У лютому 1439 року був призначений також стольником сандомирським[5]. Обидві посади обіймав до кінця життя.
Як довірена особа при дворі, Щекоцький серед інших супроводжував у травні 1440 року королевича Казимира до Литви. Там він виступав проти проголошення останнього у Вільні 29 червня цього ж року, всупереч намірам польського двору, великим князем литовським[2].
З весни 1441 року Ян перебував у оточенні короля Владислава в Угорщині. У травні 1442 року, під час повернення до Польщі, військо під час постою в Егері було атаковане відділами чехів і німців. Упродовж збройної сутички Ян Щекоцький і Ян Гінча з Рогова[pl] були поранені. Протягом 1443—1446 років як асесор чи учасник судового процесу регулярно з'являвся на рочках судових земських у Любліні, як староста брав участь у судах над люблінськими міщанами[2].
У червні 1447 року Щекоцький декілька днів приймав у себе в Любліні Казимира Ягеллончика, який прямував на коронацію до Кракова; за інформацією Яна Длугоша, останній його за це щедро винагородив. У липні супроводжував короля під час об'їзду Великопольщі, пізніше відбув із монархом до Русі, зокрема, відвідав Львів[2].
На Люблінському з'їзді в грудні 1452 року Ян зі Щекоцинів разом із Яном Куропатвою був призначений одним із керівників походу затяжних військ проти князя освенцимськогоЯна IV[pl], який спільно з князем тошецькимПшемиславом[pl] вторглися на польсько-сілезьке пограниччя. На початку 1453 року учасники походу взяли в облогу замок у Освенцимі й змусили князя Яна віддати в заставу все Освенцимське князівство до виплати компенсації за збитки[6].
У липні 1454 Ян зі Щекоцинів був у Ґрудзьондзі, на спільному з'їзді Казимира IV Ягеллончика з сановниками Пруссії. Потім був призначений командиром військового відділу, що складався з близько 400 вершників, який узяв участь у військових діях проти тевтонських лицарів. Імовірно, саме тоді й у зв'язку з цим завданням він був призначений надвірним маршалком (виступає з цим титулом від 22 вересня 1454 року до 13 січня 1455 року за одночасного перебування на цій посаді Яна Бейзата з Мокрського)[7]. Влітку 1454 року керував надвірними хоругвами під Мальборком, підтримуючи сили Прусського союзу[pl] під час облоги міста, проте 1 серпня зазнав значних втрат у сутичці з захисниками замку. Дізнавшись про поразку під Хойницями[pl] (18 вересня), не чекаючи наказу короля, вранці 21 вересня лицарі в паніці покинули облогу та відступили до Хелмінської землі. Наприкінці вересня Щекоцький перебував у Ґрудзьондзькому замку, ймовірно, вже як місцевий староста (вперше з цим титулом згадується 13 січня 1455 року). Він листувався з великим магістром Тевтонського орденуЛюдвігом фон Ерліхсгаузеном, зокрема, щодо звільнення в'язнів[2].
1457 року супроводжував короля під час його урочистого в'їзду до Ґданська. 12 жовтня 1458 року привісив свою печатку до акту польсько-тевтонського перемир'я, укладеного в Прабутах. 26 січня 1459 року востаннє згадується як староста ґрудзьондзький[2].
Ян Щекоцький підтримував контакти з людьми різних політичних поглядів, але переважно з тими, хто був пов'язаний з королівським двором. Його стосунки з родиною були добрими, він встановив близькі відносини з Яном Куропатвою, Дзєрславом[pl] і Яном Ритв'янськими та Пілецькими, а також з деякими представниками місцевої ієрархії Люблінської землі[2].
Ян зі Щекоцинів ще був живий на переломі 1461 i 1462 років. Згадується як померлий у люблінських земських книгах 18 січня 1462 року[2].
Маєтності
29 листопада 1426 року батько Яна Щекоцького заповів синам свої маєтки в Краківській і Люблінській землях. Останній протягом усього життя писався «зі Щекоцинів», хоча не був власником цього міста. Після смерті батька 1433 року Ян із братами провели поділ дідичних маєтностей, в результаті якого йому дістався ключ Войцеховський у Люблінській землі, до складу якого входили: Войцехув, Машкі, Сварочин, Палікіє та Бонткі (частина Машків). Йогшо резиденцією був збудований батьком мурований двір у Войцехові[2].
↑Urzędnicy dawnej Rzeczypospolitej XII—XVIII wieku: spisy. T. IV, Urzędnicy małopolscy XII—XV wieku: spisy / pod red. Antoniego Gąsiorowskiego; oprac. Janusz Kurtyka [et al]; Polska Akademia Nauk. Biblioteka Kórnicka. Instytut Historii. Kórnik: Biblioteka Kórnicka, 1990, s. 143—144.
↑Urzędnicy dawnej Rzeczypospolitej XII—XVIII wieku: spisy. T. IV, Urzędnicy małopolscy XII—XV wieku: spisy / pod red. Antoniego Gąsiorowskiego; oprac. Janusz Kurtyka [et al]; Polska Akademia Nauk. Biblioteka Kórnicka. Instytut Historii. Kórnik: Biblioteka Kórnicka, 1990, s. 292.
↑Urzędnicy dawnej Rzeczypospolitej XII—XVIII wieku: spisy. T. IV, Urzędnicy małopolscy XII—XV wieku: spisy / pod red. Antoniego Gąsiorowskiego; oprac. Janusz Kurtyka [et al]; Polska Akademia Nauk. Biblioteka Kórnicka. Instytut Historii. Kórnik: Biblioteka Kórnicka, 1990, s. 217.
↑Urzędnicy dawnej Rzeczypospolitej XII—XVIII wieku: spisy. T. X, Urzędnicy centralni i nadworni Polski XIV—XVIII wieku: spisy / pod red. Antoniego Gąsiorowskiego ; oprac. Krzysztof Chłapowski [et al] ; Polska Akademia Nauk. Biblioteka Kórnicka. Instytut Historii. Kórnik: Biblioteka Kórnicka, 1992, s. 85.
Renata Trawka, Szczekocki Jan (zm. 1462), [w:] Polski słownik biograficzny, T. 47, Szaniawski Józef Kalasanty — Szeliga (Scheliga, Seliga) Franciszek, Kraków; Wrocław, Wydawnictwo Towarzystwa Naukowego Societas Vistulana, 2010—2011, s. 238—243.